MEGA是一款免费的生物信息学软件，可以用于分子进化的各个方面，包括序列比对、构建进化树、分子时钟分析、种群遗传学、序列分类等。除了一般的序列文件，MEGA还可以用于处理分子标记数据、SNP数据、基因组数据等。总的来说，MEGA使用最广泛的功能主要为：多序列比对以及构建进化树。
系统发育树（Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。
以下内容分享了如何利用 MEGA软件完成多序列比对以及构建系统发育树。
1、Mega 11软件安装
在科研根号三回复“ 软件131 ”下载Mega 11 安装包。
扫码后回复 软件131
双击【MEGA_11.0.11_win64_setup】开始安装。
选择I accept the agreement，点击Next，选择软件安装位置。
点击Next，然后勾选Create a desktop shortout（创建桌面快捷方式），点击Next。
点击Next，点击Instal。
等待一会安装结束，点击Finish。
2、下载多序列文件
序列文件的下载步骤为：进入NCBI官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/），选择Nucleotide核酸数据库，输入目的基因名称点击search。在弹出的页面中，选择物种类别，以及核酸类别。然后对弹出的页面信息进行初步甄别，看是否是我们需要检索的内容。
确定后在右侧菜单中，物种筛选人类，以此来缩小检索范围。
找到目的基因条目后，点击打开，页面一直往下翻，找到CDS，点击CDS按钮，点击右下角FASTA进入下一页面。
点击send to，选择Complete Record，选择File，下载项选择FASTA，最后点击Create File将序列文件下载到电脑本地。
也可以使用NCBI数据库中的BLAST在线工具（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）得到同源序列并下载完整的FASTA序列。
在上一个页面直接点击右边工具栏中的--Run BLAST，直接跳转到BLAST工具页面。
点击BLAST按钮，开始检索同源序列。
跳转到这个页面之后需要等一会才会出现结果页面，在线检索结果需要时间。
之后出现的这个页面就是显著对齐序列的结果页。找到自己感兴趣的序列，可以多选条目，点击Download--FASTA (completesequence)，下载序列文件。
3、多序列比对
在NCBI下载的序列，文件扩展名是【.txt】，我们需要将文件扩展名更改为【.fas】，这样才能才MEGA内打开这个文件。如果你是把序列保存到word内了，也是直接将文件的扩展名更改为【.fas】。
打开MEGA软件，菜单栏File--Open A File/Session，打开蛋白序列文件。
在弹出的对话框选择Align。
接下来对齐序列。菜单栏点击Alignment--Align by MUSCLE。
在弹出的对话框选择【OK】。
设置保持默认，然后点击【OK】。
等待一会，序列就对齐啦。得到比对好的结果，下一步就是构建进化树。
4、构建发育树
菜单栏点击 Data --Phylogenetic Analysis，MEGA会开始转换发育树构建的文件，随后关闭窗口即可。
回到 MEGA 主窗口。
选择 Analyses ，选择 Phylogeny 中的某一项，即可开始建树。
4.1 Construct/Test Neighbor-Joining Tree--构建 NJ 树
定义：生物进化距离，邻接法。
方法：邻接连接将距离矩阵作为输入，指定每对分类群之间的距离。该算法以完全未解析的树开始，其拓扑对应于星型网络的拓扑，并迭代地将相邻点合并成新的点（相邻是指两个分类单位在某一无根分叉树中仅通过一个节点相连），直到树完全解析并且所有分支长度都已知。
特点：优点就是速度快，所以可以快速分析大型数据集。
接下来调整参数：（有些参数需要按个人需求修改）
Test of Phylogeny（发育测试方法）选择Bootstrap method（鲁棒性测试方法）
No. of Bootstrap Replications（检验次数）修改为1000
Substitutions Type选择Amino acid
Model/Method选择Jones-Taylor-Thornton (JTT) model
Gaps/Missing Data Treatment（修剪方式）选择Pairwise deletion
Number of Threads选择8
以下Tree Explore是发育树构建完成的结果页面。在这个窗口可对发育树进行调整或美化。如更改字体和字体的颜色、给不同分支做标记。
左侧Layout中可快速调整树的宽度和高度，点击Tree Style或菜单栏View—Tree/Branch Style可选择不同的树样式。
4.2 Construct/Test Maximum Likelihood Tree--构建ML树
定义：统计特征，最大似然法。
方法：选取一个特定的替代模型来分析给定的一组序列数据，使得获得的每一个拓扑结构的似然率都为最大值，然后再挑出其中似然率最大的拓扑结构作为最优树（所以分析时间比较长）。
特点：最大似然法具有很好的统计学理论基础，是一个比较成熟的统计学方法。选择合理的模型后，最大似然法可以推导出一个效果很好的进化树结果。但是对于相似度很低的序列，NJ往往出现Long-branch attraction（LBA，长枝吸引现象），有时严重干扰进化树的构建。
构建ML树的方法和构建 NJ 树的方法一样，只是分析时间比较长。
5、导出进化树文件
导出为Newick格式，之后可以在iTOL，Evolview，Figtree等工具中对发育树进行更细致的调整，比如添加分类颜色，标记，和条形图、热图的组合等。
也可以通过Image菜单导出SVG或PDF格式的矢量图，一般来说SVG的清晰度更好。之后可以用Adobe illustrator软件对发育树进行底色的添加。
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