iMeta | 跨超多重靶向测序设计软件
multiPrime：一款可靠、高效的靶向测序工具
MultiPrime: A Reliable and Efficient Tool for Targeted Next-Generation Sequencing
DOI： https://doi.org/10.1002/imt2.143
发表时间：2023年10月19日
第一作者：夏涵，张哲，骆晨，魏康飞
通讯作者：杨军波（1806389316@pku.edu.cn），官远林，David CC Lam
合作作者：李绪明，穆西玉，段美林，朱传龙等
主要单位：
西安交通大学
予果生物（北京）科技有限公司
中国农业科学院深圳农业基因组研究所
香港科技大学
亮点
• MultiPrime是一款用户友好的引物设计工具，可以从输入序列一步到位获得适用于多重tNGS技术的引物池。
• MultiPrime的简并引物设计允许一定量的错配存在，提高了在检测广谱序列方面的灵敏度和特异性；
• MultiPrime在运行时间、单对引物覆盖范围和最终引物池中引物数量方面优于其他工具；
• MultiPrime应用范围广泛，可以用于检测单个或多个基因、外显子、反义链、RNA或其他特定的DNA片段。
摘要
MultiPrime是一款自动化设计最小引物池的新工具，适用于对特定的微生物群落或基因进行针对性的靶向测序。MultiPrime通过容忍错配设计简并引物，提高引物覆盖率的同时确保高度的兼容性和特异性。我们使用包含8种病毒的43,016条序列的数据集来评估multiPrime的性能。研究结果表明，multiPrime在多个方面的性能上都优于传统工具，包括运行时间、单个引物覆盖范围和最终引物池中引物数量等，此外，由multiPrime设计的引物池可以成功地扩增出目标片段。我们还将multiPrime的应用扩展到了30种病毒，并在80个临床样本中验证了其设计的引物池的有效性。针对这些引物扩增产物的测序结果显示出94%的灵敏度和89%的特异性，这些结果证明了MultiPrime是一款强大且实用的工具，可以应对针对不同微生物群落或基因的靶向测序挑战。
