ViWrap：用于从宏基因组中识别、归类和预测病毒的宿主关系的模块化工具
ViWrap: A modular pipeline to identify, bin, classify, and predict viral-host relationships for viruses from metagenomes
DOI：https://doi.org/10.1002/imt2.118
发表时间：2023年5月30日
第一作者：周之超(Zhichao Zhou)
通讯作者：Karthik Anantharaman (karthik@bact.wisc.edu)
合作作者：Cody Martin, James C. Kosmopoulos
主要单位：
美国威斯康星大学麦迪逊分校细菌学系
亮点
· ViWrap整合了最先进的工具和数据库，用于对来自宏基因组和基因组的病毒进行全面的表征和研究。
· ViWrap提供了一个高度灵活、模块化、可定制和易于使用的流程，适用于各种应用和场景。
· ViWrap实现了标准化和可重复的病毒宏基因组学、基因组学、生态学和进化学的流程。
摘要
病毒越来越被认识为人类和环境微生物组的重要组成部分。然而，微生物组中的病毒由于培养困难和缺乏足够的模型系统而难以研究。因此，从宏基因组中识别和分析未培养病毒基因组的计算方法引起了广泛关注。这样的生物信息学方法有助于从不同环境中产生的大规模测序数据集中筛选病毒。虽然已经开发了许多用于推动从宏基因组中研究病毒的工具和数据库，但缺乏集成工具，能够包括病毒研究的各个不同环节的全面工作流程和分析平台。在这里，我们开发了ViWrap，这是一个用Python编写的模块化流程。ViWrap将多种工具的功能整合到一个平台中，以实现病毒分析的各个步骤，包括识别、注释、基因组分组、物种和属水平聚类、分类学分配、宿主预测、基因组质量的表征、综合总结和直观的结果可视化。总体而言，ViWrap为来自宏基因组、病毒组和微生物基因组的病毒的广泛和严格的表征提供了一个标准化和可重复的流程。我们的方法具有使用多种不同选项进行各种应用和场景的灵活性，并且其模块化结构可以根据需要轻松添加其他功能。ViWrap的设计旨在便于广泛使用，以研究人类和环境系统中的病毒。ViWrap可通过GitHub（https://github.com/AnantharamanLab/ViWrap）公开获取。有关软件的详细描述、使用方法和结果解释可以在该网站上找到。
Zhichao Zhou, Cody Martin, James C. Kosmopoulos, Karthik Anantharaman. 2023. ViWrap: A modular pipeline to identify, bin, classify, and predict viral–host relationships for viruses from metagenomes. iMeta 2: e118. https://doi.org/10.1002/imt2.118
