0.单细胞测序数据多种格式读取,GEO数据库下载以及读取方法【单细胞分析第一课】

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2023-11-19 00:14:41
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单细胞实战入门必看系列第一讲~ 加到单细胞合集里边吧,放在开头,希望大家学习单细胞都能从0到1~ 代码见评论~ 单细胞txt、csv、h5格式多样本读取整合代码也有的,代码讲解见此视频:https://www.bilibili.com/video/BV1vE42137U8/
分析/服务器/问题解答V: zzr05280628,代码和示例数据可见小店和 评论区置顶。分析发文思路见公众 号:散装生信
单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析流程和思路(单细胞测序数据分析常规流程)
36:06
0.单细胞测序数据下载以及读取方法【单细胞分析第一课】
12:59
01.多种格式批量读取(txt、csv、h5格式多样本读取整合)
16:08
02. 多样本harmony整合去批次
44:57
03. harmony整合多样本重制版【代码精炼,全是干货】
19:05
04. CCA降维锚定整合多样本
09:28
05. 细胞注释精讲
37:31
06. Seurat V5和V4数据结构讲解,单细胞分析报错解答
13:00
07. 差异分析火山图+GO/KEGG富集分析+GSEA分析
18:11
08. 如何做出理想的Umap降维聚类图
14:33
09. R语言导入CNS的figture图提取配色|单细胞Umap图的美化
13:48
10. 提取特定基因在umap图上表达情况,不只是FeaturePlot
14:08
11. 单细胞数据中增加分组以及用选定分组来进行差异分析【单细胞转录组数据分析】
21:59
12. monocle2拟时序分析
21:09
13. 细胞通讯/细胞互作分析_cellchat分析
34:59
14. 单细胞分析常见图(热图,分组小提琴图,分组umap图,分组FeaturePlot,细胞比例图,气泡图等)
09:26
15. 细胞亚群再聚类 细胞注释
20:20
16. 单细胞测序数据分析 DoubletFinder祛除双细胞
15:13
17. inferCNV鉴定恶性细胞/肿瘤细胞
23:53
18. 单细胞测序数据分析 上皮癌细胞注释思路
12:27
19. 单细胞分析 CytoTRACE推断细胞分化程度/细胞干性,推断monocle2拟时序分析起点
09:25
20. GSVA/ssGSEA单细胞评分/打分,自定义基因集打分/制作gmt文件,msigdb通路数据库介绍
14:51
21. AddModuleScore单细胞评分/打分,自定义基因集打分
06:03
22. AUcell单细胞评分/打分,单细胞分析标准流程19
19:30
23. 单细胞SingleR自动注释/人工注释要点讲解,单细胞数据分析标准流程20
18:16
24. monocle3单细胞轨迹分析/拟时序分析,单细胞分析标准流程21
14:04
25. 单细胞分析之vinlon基因小提琴图上添加显著性p值,单细胞分析标准流程22
04:17
26. 单细胞组间差异分析全流程:不同celltype中分组差异分析
11:17
27. 单细胞虚拟敲除,scTenifoldKnk单细胞虚拟基因敲除详细教程
16:06
28. 单细胞思路,用Roe分析筛选关键细胞亚群(张院士团队首创)
10:16
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