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0.单细胞测序数据多种格式读取，GEO数据库下载以及读取方法【单细胞分析第一课】

8.4万

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2023-11-19 00:14:41

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单细胞实战入门必看系列第一讲~ 加到单细胞合集里边吧，放在开头，希望大家学习单细胞都能从0到1~ 代码见评论~ 单细胞txt、csv、h5格式多样本读取整合代码也有的，代码讲解见此视频：https://www.bilibili.com/video/BV1vE42137U8/

单细胞分析

单细胞测序

单细胞转录组

散装生信散哥发消息

分析/服务器/问题解答V: zzr05280628，代码和示例数据可见小店和评论区置顶。分析发文思路见公众号:散装生信

单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析流程和思路（单细胞测序数据分析常规流程）

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0.单细胞测序数据下载以及读取方法【单细胞分析第一课】

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01.多种格式批量读取（txt、csv、h5格式多样本读取整合）

16:08

02. 多样本harmony整合去批次

44:57

03. harmony整合多样本重制版【代码精炼，全是干货】

19:05

04. CCA降维锚定整合多样本

09:28

05. 细胞注释精讲

37:31

06. Seurat V5和V4数据结构讲解，单细胞分析报错解答

13:00

07. 差异分析火山图+GO/KEGG富集分析+GSEA分析

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08. 如何做出理想的Umap降维聚类图

14:33

09. R语言导入CNS的figture图提取配色|单细胞Umap图的美化

13:48

10. 提取特定基因在umap图上表达情况，不只是FeaturePlot

14:08

11. 单细胞数据中增加分组以及用选定分组来进行差异分析【单细胞转录组数据分析】

21:59

12. monocle2拟时序分析

21:09

13. 细胞通讯/细胞互作分析_cellchat分析

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14. 单细胞分析常见图（热图，分组小提琴图，分组umap图，分组FeaturePlot，细胞比例图，气泡图等）

09:26

15. 细胞亚群再聚类细胞注释

20:20

16. 单细胞测序数据分析 DoubletFinder祛除双细胞

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17. inferCNV鉴定恶性细胞/肿瘤细胞

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18. 单细胞测序数据分析上皮癌细胞注释思路

12:27

19. 单细胞分析 CytoTRACE推断细胞分化程度/细胞干性，推断monocle2拟时序分析起点

09:25

20. GSVA/ssGSEA单细胞评分/打分，自定义基因集打分/制作gmt文件，msigdb通路数据库介绍

14:51

21. AddModuleScore单细胞评分/打分，自定义基因集打分

06:03

22. AUcell单细胞评分/打分，单细胞分析标准流程19

19:30

23. 单细胞SingleR自动注释/人工注释要点讲解，单细胞数据分析标准流程20

18:16

24. monocle3单细胞轨迹分析/拟时序分析，单细胞分析标准流程21

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25. 单细胞分析之vinlon基因小提琴图上添加显著性p值，单细胞分析标准流程22

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26. 单细胞组间差异分析全流程：不同celltype中分组差异分析

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27. 单细胞虚拟敲除，scTenifoldKnk单细胞虚拟基因敲除详细教程

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28. 单细胞思路，用Roe分析筛选关键细胞亚群（张院士团队首创）

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