GEO数据库挖掘,基因表达矩阵的下载与生成(R语言)
Combat:多个表达数据的合并与批次矫正,GEO数据库合并、TCGA数据合并(R语言sva包简单实现)
GEO数据库数据整理:安捷伦双通道芯片的数据提取与清洗,表达矩阵有负值,表达矩阵标准化(GEO数据库挖掘系列课程)
illumina平台文件的表达矩阵整理:GEO表达矩阵有负值,GEO无表达数据,limma包,GEO原始数据提取与标准化
PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与cytoNCA插件)
KEGG通路图:基因logFC通路图标记自定义颜色简单实现(R语言)
GEO数据库中平台没有基因名称,解决方案+1
蛋白质名称转换为Gene symbol:简单快速将长长的蛋白质名称转换成基因名称,网络药理学蛋白质ID转换,转换率高
生信教学:limma差异分析标准化箱式图热图标记火山图
R语言使用最多9个数据库进行miRNA靶基因预测,mRNA的miRNA预测(miRNA-mRNA交互)
讲在前面:GEO疑难杂症的处理,表达矩阵有负值、探针平台无基因名称、双通道芯片测序数据的提取、Agilent、affy、Illumina平台数据提取与处理
生信教学:10分钟解读与复现2022年发表的数据库纯生信sci,再小也是肉
生信教学:GSEA富集分析及其结果解读,R语言
ceRNA网络构建:快速使用R语言构建ceRNA网络(circRNA-miRNA-mRNA)
KEGG富集分析简单实现:使用R语言对基因列表进行功能途径的富集分析
单基因GSEA富集分析简单实现:使用R语言对表达矩阵进行单基因GSEA富集分析
差异分析结果的解读
CB-dock2:免费的在线分子对接工具(盲对接)
GO富集分析简单实现:使用R语言对基因列表进行分子功能、细胞结构、生物过程富集分析
scTenifoldKnk 单细胞基因模拟敲除教程,一台笔记本实现基因表达敲除?!