中科院生态中心邓晔组冯凯：微生物组生态网络与iNAP分析平台
亮 点
● iNAP针对不同分类学水平的微生物物种，提供了物种域内关联和跨域间物种关联的网络分析流程，即分子生态网络分析平台（MENAP）和跨域生态网络分析平台（IDENAP）
● 为便于微生物组学数据的生态网络分析，iNAP提供了SparCC、eLSA、SPIEC-EASI和基于RMT理论的Pearson/Spearman相关性等构建关联的方法
● iNAP平台免费注册，操作简单，无需生物信息分析和编程知识，即可快速方便的完成网络分析
摘 要
iNAP是可用于微生物组学研究中，生成和分析生态网络的在线分析平台，主要由网络构建和网络分析两个部分组成，同时集成了多个分析工具。网络构建包含多种方法，主要有基于随机矩阵理论（RMT）的相关性方法（Pearson/Spearman），针对组成数据的稀疏相关性（SparCC），局部相似性方法（eLSA ）和稀疏逆协方差估计（SPIEC-EASI）。网络分析则提供了网络拓扑结构属性和环境因素与网络结构的关联分析。从微生物组数据到网络分析结果，iNAP包含分子生态网络分析（MENAP）和跨域物种生态网络分析（IDENAP）的完整分析流程，分别对应于多个分类水平下微生物物种的域内和域间互作关系。本文我们以 IDENAP 为例描述了详细流程，并展示利用数据集进行网络分析的全部操作步骤。平台上也提供了从本地分析到在线操作转换的辅助分析工具。因此，iNAP 作为一个提供多种网络分析方法和工具的易于操作的在线平台，可以帮助研究人员更好地了解微生物群落构建机制。
iNAP 可在 http://mem.rcees.ac.cn:8081 免费注册
Feng, Kai, Xi Peng, Zheng Zhang, Songsong Gu, Qing He, Wenli Shen, et al. 2022. “iNAP: an integrated Network Analysis Pipeline for microbiome studies.” iMeta 1: e13. https://doi.org/10.1002/imt2.13
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