Pymol-蛋白结合口袋结构比较(pocket alignment)

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2020-12-05 07:50:28
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对于蛋白小分子结合来说,一般结合口袋结构相似的蛋白倾向于结合物理化学性质相似的配体。为了比较结构,我们通常会用pymol对需要比较的蛋白进行alignment。当两个蛋白整体结构相差很多的情况下,align整体蛋白结构无法完美的align两个蛋白的结合口袋。没办法align,那怎么研究相似性呢?
药物研发,CADD,AIDD,全网同名
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