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iMeta | 加拿大渥太华大学Daniel Figeys组-宏蛋白质组学分析工具集iMetaLab Suite

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2022-05-28 21:19:40

未经作者授权，禁止转载

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Leyuan Li, Zhibin Ning, Kai Cheng, Xu Zhang, Caitlin M. A. Simopoulos, Daniel Figeys. 2022. iMetaLab Suite: A one-stop toolset for metaproteomics. iMeta n/a: e25. https://doi.org/https://doi.org/10.1002/imt2.25 摘要宏蛋白质组学是一个相对新兴的领域，主要研究人类、动物、植物和环境的复杂微生物组中的蛋白质组成。宏蛋白质组学研究所需的生物信息学工作流程包含蛋白质鉴定（数据库搜索）、蛋白质定量到下游的功能和分类分析。由于这其中蕴含的难度和挑战性，一定程度上限制了其他领域微生物组研究人员对宏蛋白组学的易获取性。为了克服这些挑战，我们开发了一套名为iMetaLab Suite的工具集。iMetaLab Suite包括以下部分。1）MetaLab Desktop自动化数据库搜索软件，为微生物组的蛋白质鉴定和定量提供便利；2）iMetaReport自动化报告，在数据库搜索后自动展示搜索结果和数据集概况；3）iMetaShiny交互式在线工具集，涵盖了宏蛋白组学中最常用的功能、分类和统计分析。关键词：微生物组，宏蛋白质组学，生物信息学，数据库搜索，统计分析，可视化亮点 ● 为研究者提供一站式宏蛋白质组学解决方案 ● 提供数据库搜索及包含物种分类和功能信息的自动化报告 ● 包含常用宏蛋白质组学分析的交互式在线工具

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