《恶魔城被夺走的刻印/圣教密令》的舞台设定在19世纪初的黑暗年代：突然消失的吸血鬼的死敌贝尔蒙特一族，应运而生的エクレシア教会组织，魔王复活的先兆，鲜为人知的研究以及对抗魔王的方法。剧情的背景虽然还是设定在系列的大环境下，但又开拓了一个新的篇章。
这是研究员留下的研究记录……
从中世纪开始便复活了很多次，并让人们陷入恐怖的魔王“德拉古拉”每次复活的时候，便会出现一位使用着神圣的皮鞭战斗着的“贝尔蒙特一族”。他们为人们击退了黑暗，保证了人类繁荣地发展。
但是在19世纪初，贝尔蒙特族的消息却不知道为何完全断绝了。
抵抗黑暗的力量彻底丧失的时候，时间的权利者们为抵抗“德拉古拉”而不断地探索着对抗方法。我们这个组织“艾库雷西亚”便是这么一个特殊时期而成立的属于一种对抗手段的组织。同期，与我们志同道合的组织也相继成立，我们的辛勤研究也有了不少成果。
但是在我们成果还没有得到满意结果的时候，这些组织就解散了……而在这个时候，艾库雷西亚的长老“巴罗”却正好发现了对抗德拉古拉的惊人成果。
游戏的故事背景被设定在1792（《月下夜想曲》的时代背景）到1999之间，不过官方目前还没有对此做出详细的解释。除此之外，Konami方面还透露游戏中将会有一名隐藏角色可以使用，不过有关他的详细情报没有在此次活动上公开。
自打《恶魔城：苍月的十字架》（Castlevania: Dawn of Sorrow）和《恶魔城：废墟的肖像》（Castlevania: Portrait of Ruin）这两款作品在Nintendo DS平台上发布后，接下来即将上市的第三部作品是《恶魔城：被夺走的封印》（Castlevania: Order of Ecclesia）。
这位看起来超凡脱俗颇有些贵族少女气质的女主角名叫夏诺雅（Shanoa），隶属于一个名为“圣教密令”的神秘组织。该组织长年以来一直致力于对抗德拉古拉伯爵及其手下的邪恶羽，特别是在贝尔蒙特家族缺阵的时候。
