基于Mfuzz算法进行高通量数据时间序列/基因表达模式聚类分析

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2023-10-25 19:40:41
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Mfuzz包最初是为处理基因表达或蛋白表达谱数据而开发的一种聚类方法,核心算法基于模糊c均值聚类(Fuzzy C-Means Clustering,FCM),用于在具有时间序列特征的转录组、蛋白质组数据中分析基因或蛋白表达的时间趋势,并将具有相似表达模式的基因或蛋白划分聚类,帮助了解这些生物学分子的动态模式以及与功能的联系。 本分享相关代码基于R包“ClusterGVis”(github:https://github.com/junjunlab/ClusterGVis), 由于此程序包的依赖项太多,在许多情况下可能无法顺利安装。因此,为了进行时间序列分析,进哥提取了关键函数并创建了这个shiny app,供大家参考学习使用 建议大家先尝试一下安装这个包,如出现无法解决的问题可以学习如何去解析这个包的相关函数,还不行的话可以从这儿获取:https://www.jingege.wang/bilibili-code/ 也欢迎大家加入科研互助群:https://www.jingege.wang/jingle_science/
王进个人网站 www.jingege.wang
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