iMeta | 王梦芝/周平/杨庆勇等-跨组织多物种草食动物全组织转录组数据库HTIRDB
全组织转录组数据库以提供七种草食动物（105种不同组织）的跨物种、跨组织的比较转录组分析及相关结果的可视化呈现与深度解读
研究简报
期刊：iMeta（IF 23.8）
原文链接DOI：https://doi.org/10.1002/imt2.267
2025年1月28日，扬州大学王梦芝，新疆农垦科学院周平，华中农业大学杨庆勇等在iMeta在线发表了题为“The HTIRDB: a resource containing a transcriptional atlas for 105 different tissues from each of seven species of domestic herbivore”的文章。
本研究构建了第一个大规模的草食动物全组织转录组数据库（HTIRDB）,应用于草食动物转录组数据收集、处理及管理，并开展比较转录组分析，提供跨物种、跨组织比较转录组数据的可视化呈现。其具有以下特点：（1）大规模和全面的数据存档和分析（整合了来自七个物种、每个物种个体105个不同组织样品总计1642条自测序转录组数据及28，710条高质量公共转录组数据）；（2）表达谱的可视化呈现（电子荧光图解、热图等）；（3）提供基因索引、突变、可变剪辑索引，基因功能富集分析等生信分析工具；（4）界面友好、易于生信分析的初学者使用。HTIRDB的建立将给草食动物转录组研究带来极大便利，有助于揭示不同草食动物适应在适应不同环境变化的过程中产生的不同生物学特征背后的关键调控通路及作用机制。
第一作者：丁洛阳、王逸凡、张林娜、罗诚方、吴非凡、黄一鸣
通讯作者：周平（zhpxqf@163.com）、杨庆勇（yqy@mail.hzau.edu.cn）、王梦芝（mzwang@yzu.edu.cn）
合作作者：甄永康、陈宁、王立民、宋莉、Kelsey Pool、Dominique Blache、Shane K Maloney、刘东旭、杨植全、黄小燕、李闯、于翔、张振斌、陈逸飞、薛纯、顾亚兰、黄卫东、阎璐、韦文君、王昱苏、张谨莹、张益凡、孙一权、戴睿、王升博、招欣乐、王浩东
主要单位：扬州大学动物科学与技术学院、新疆农垦科学院省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室、华中农业大学信息学院、贵州大学生命科学学院、西澳大学农业研究院
图文摘要
本文将介绍草食动物全组织转录组数据库（HTIRDB，https://yanglab.hzau.edu.cn/HTIRDB#/）的搭建及其功能。本研究团队通过在七种草食动物（牛、绵羊、驴、山羊、马、兔、梅花鹿），通过标准化的采样方法，在每个物种动物个体中分别采集了约105个组织样品，用于三代转录组测序，合计产生了1642条自测序转录组数据。此外，还收录了28,710条相关的高质量公共转录组数据，用于跨组织、跨物种的比较转录组分析后，构建了HTIRDB。HTIRDB提供了比较转录组数据分析工具用于识别管家基因、组织特异性基因、物种特异性基因和物种保守基因，基因表达量的可视化呈现（电子荧光图解、热图、数据表格）及基因索引、突变、可变剪辑、新的转录本索引，基因功能富集分析等生信工具。HTIDB使用了用户友好型界面，方便用户探索不同组织和不同物种间的基因表达水平。截至目前，HTIRDB是可自由访问的最大的草食动物全组织转录组数据库。
