iMetaOmics | 浙江大学宗鑫组揭示两猪种宿主-肠道菌群互作差异
比较多组学分析揭示品种对猪结肠宿主-微生物相互作用的影响
Comparative multi-omics analyses reveal the breed effect on the colonic host-microbe interactions in pig
DOI： https://doi.org/10.1002/imo2.8
发表时间：2024年7月4日
第一作者：黄亮、罗世琪
通讯作者：宗鑫（zongxin@zju.edu.cn）
合作作者：刘舒琦、靳明亮、汪以真
主要单位：
浙江大学动物科学学院动物分子营养学教育部重点实验室
浙江大学动物科学学院农业部东部动物营养与饲料重点实验室
亮点
• JXB和DLY的结肠基因表达特征在代谢和炎症反应中高度富集。
• DLY中优势菌群主要为乳酸菌，而JXB中毛螺杆菌科为主要的优势菌群。此外，Pacebacteria、Streptophyta和Aerophobetes被鉴定为与PI3K-Akt介导的免疫应答相关的关键细菌。
• 含Ig样结构域蛋白参与调节肠道菌群代谢，而ITIH2、PAEP和TDRD9参与NLR介导的肠道菌群免疫应答。
摘要
肠道菌群失调常导致免疫相关疾病、消化不良或腹泻。本研究以中国本地猪品种嘉兴黑猪（JXB）为研究对象，对其进行宏基因组和转录组综合分析，揭示其肠道微生物群基因和肠道组织基因表达通路的相互作用。在JXB猪和杜洛克×长×大（DLY）猪之间共发现452个差异表达基因（DEGs）和174个细菌门。进一步分析发现，JXB和DLY在结肠基因表达特征上的差异主要富集在代谢和炎症反应上，其中乳酸菌和毛螺杆菌科分别在DLY和JXB中富集。值得注意的是，在两种猪品种中均发现Pacebacteria、Streptophyta和Aerophobetes参与了PI3K-Akt介导的免疫反应；此外它们只在JXB猪中促进其肠道代谢。相对，宿主可通过Ig样结构域蛋白、ITIH2、PAEP和TDRD9等基因调节微生物代谢和免疫应答。综上所述，我们的研究结果揭示了两个猪品种中肠道微生物群对宿主基因的共同调控和特定调控。
