<基础生态学>知识梳理—分子生态
雪之下雪乃乄
2021年06月12日 17:01
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分子生态学

1.冷热适应:

(1)冷休克蛋白(CSP)、抗冻蛋白(AFP)对冷的适应

(2)热休克蛋白(HSP)对热的适应

2.抗旱适应(CBF1基因、RD基因)

3.Wahlund效应:种群纯合子较高导致种群偏离哈代温伯格平衡

4.估计遗传多样性的参数:

(1)等位基因多样性/A:每一基因座上等位基因的平均数量

(2)种群种多态座位的比例/P

(3)观测杂合度/H0:某基因座位上杂合子个体数占总个体数的比例

(4)基因多样度(h)/平均期望杂合度(He):

计算公式: h = 1 — Ξ(xi)2

xi—等位基因i的频率

(5)核苷酸多样度:任意随机两个序列间每微店的平均核苷酸差异数π

公式: π = Ξ(fi)*(fj)*(Pij)

fj和fi—DNA序列的第i种与第j种类型的频率

Pij—DNA序列的第i种与第j种类型间不同核苷酸的比值

5.影响遗传多样性的因素:

(1)遗传漂变与有效种群大小(Ne):

I 有效种群大小的计算(性比不均的种群):Ne = (4*Nef*Nem)/(Nef+Nem)

Nef—参与繁殖的雌体的有效数量

Nef—参与繁殖的雄体的有效数量

II VRS(繁殖成功率的变化)对有效种群大小的影响:

公式:Ne = (4Ne—2)/(VRS + 2)

III 种群大小的长期波动对于有效种群大小的影响

公式:Ne = t/(1/Ne1+1/Ne2+1/Ne3+······+1/Net)

t—所观测的总的世代数

Ne1—第一世代的有效种群大小,以此类推

IV 种群大小的估测方式——根据种群基因频率变动:

公式:Fc = (1/K)*Ξ(xi—yi)/[(xi+yi)2/(2—xi*yi)]

Ne = t/2[ Fc — 1/(2S0)— 1/(2St)]

K—基因的总数 i—特定基因分别在时间点x和y的频率

t—世代时间 S0—0世代的样本数 St—t世代的样本数

V若干世代种群杂合度的计算:

公式:Ht = [1 — 1/(2Ne)]t * H0

(2)瓶颈效应

(3)自然选择

(4)繁殖—近交系数:

公式:F = (Hs—Hi)/Hs

Hs—期望的种群处于HWE状态下的杂合子的频率

Hi—调查时刻种群内杂合基因型的频率

F = 0没有任何近交 F = 1 种群完全近交

6.种群的遗传分化—F统计法