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大老爹 {c10}
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战争带来的好处之一是，城市到处散布着尸体，而很多尸体里面有着可以回收的Adam。战争爆发之后，Adam的需求可谓如火箭般上升。为了满足Adam的需求，如今在Ryan工业工作的Suchong，把小妹妹改造成了“食尸者”，从那些战死的人的体内提取Adam。考虑到如果让小妹妹们没有任何保护的出现在街道上收集Adam，她们将面对非常大的危险，Suchong提议配给每个小妹妹的一个保镖，名叫“大老爹”(big daddy)。这些大老爹们会一直跟随小妹妹，并且攻击任何妄图伤害他们之中任意一个的人。
Suchong小心翼翼的向Andrew Ryan提出了这个方案。他知道，要变成一个大老爹意味着一条不归路，他担心会找不到志愿者。Andrew Ryan却向他保证说没有问题。随后他开始让人“志愿”报名。大老爹计划开始了，在Point Prometheus建立起一个大老爹/小妹妹制造车间。
志愿者们的皮肤和器官被移植进一套巨大的潜水服里。Ryan出于“节省”的目的，让Suchong重复使用那些服装以便节省材料。重复使用是一件非常恶心而且不太实际的事情，因为很难从这些“过期”的大老爹的衣服里除去紧紧贴在上面的人肉。
志愿者们要经历一个痛苦的声音改造过程，以及被植入一种特别的信息素从而散发出吸引小妹妹的气味。然后再注射一种质粒，将他们彻底变为一种没有思想，唯一目的是保护小妹妹不受伤害的“机器人”。通过多种在Optimized Eugenics发明的质粒，潜水服里的人的力量和敏捷被大幅增强了，但是不再有人性和心智。他们可以轻松的举起重物，他们钢铁般的外套被设计成可以承受6英里深的海底压强，从而可以在他们履行任务的时候有效保护他们。
Failsafe Armored Escorts组装车间里生产了两种型号的大老爹：Bouncer装备着巨大的钻头，Rosie则拿着一门火炮和地雷。相对于Rosie，Bouncer被改造得更多：他们的头被改造得奇形怪状。Bouncer戴着的头盔上开了很多小窗，就像昆虫的复眼一般；而Rosie只是戴着一个类似于传统的潜水头盔般的东西。另外，两种大老爹都有各自的精英版，更大而且更壮。
大老爹通过发出像鲸鱼般的嗡鸣声来交流，因为他们的喉咙已经被改造过了。为了市民们能容易的判断出大老爹的行为从而对自己采取一定的保护措施，他们的头盔上安装了一些小灯泡来显示他们当前状态。绿色表示大老爹是没有攻击性不会伤人的，这时可以对其进行一些必要的维修和保养。黄色表示他们处在高度戒备状态，保卫着小妹妹或者正搜寻小妹妹。红色表示他们被激怒了或者是战斗中。
不再拥有Fontaine的小妹妹孤儿院意味着没有了小妹妹的来源，Ryan工业改为绑架Rapture的年轻小女孩然后改造为小妹妹。这些被绑架的小女孩之一名叫Masha Lutz，是Sam Lutz和Mariska Lutz的女儿。这一对夫妇一直住在Neptune's Bounty的Fighting McDonaghs旅店，不知疲倦的寻找着他们失去的女儿。
在Little Wonders Educational Facility(小神童教育中心)，被绑架的小女孩们被强迫进行一系列的精神训练，从而和大老爹们产生一种无法切断的精神联系。Suchong也发明了一种保护这种联系的质粒联系起大老爹和小妹妹。有一天，在Artemis Suites他的实验室里，因为实验失败而十分沮丧的Suchong正在录音时被一个小妹妹打断了。他一个耳光将小妹妹打得老远，换来的是被一位Bouncer大老爹的钻头穿过了胸膛。但是这个证明了这种质粒确实非常有用，Ryan于是能够在没有Suchong的帮助下，继续生产大老爹。
Ryan在Rapture里建设了一个管道网以便小妹妹们行动，并立法控告一切干扰她们行为的活动。小妹妹亲切的称呼她们的随从大老爹为“泡泡先生”(Mr.Bubbles)。她们也把死尸习惯的称为“天使”。一看到一个天使，她们就用一个大针管来抽取尸体内的使用过Adam，然后吃下去，再在体内将其转化为可以使用的新鲜Adam。Ryan同时也设立的第一个Gatherer's Gardens售货机来满足大众对质粒的需求。作为行销手段，这种售货机的外表是非常可爱的小妹妹。
一天，Lutz夫妇看到了他们的女儿，但他们都快认不出她了，她正在Fontaine渔业附近从一些尸体身上抽取一些类似血液的东西，然后就和一个大老爹走开了。这对夫妇随后抱着对方服药自尽。
新年骚乱的几周后，Diane McClintock从手术中恢复了，给她进行美容手术的事Rapture最有名的整形外科医生Steinman。在她康复的这一段时间里，Rapture变了太多，当她看到围绕在Apollo Square被处决的人们，她震惊了。她来到Ryan面前质问他为何要处死无辜的人。Ryan回答道，没有什么无辜或者不无辜的人，只有站在他一边和不站在他一边的人。从那时起，Ryan表现得对McClintock不再感兴趣，而她将此归罪于恐怖分子留在她脸上的疤痕。最后，McClintock决定去找Atlas和他的手下，控告他们毁掉了她的生活。
当她来到Apollo Square时，McClintock见证了Ryan的卫士将一个企图逃跑的妇女活活烧死的经过。她贿赂了一个卫士让她进入Hestia Chambers，在那里，她开始同情那些人的遭遇的生活状况。后来，那里的人们渐渐的开始信任她了，尽管她是Ryan的情妇，他们还是带了她去见Atlas。不久，McClintock成为了Atlas的亲信，而且参加了**以及同Ryan的“修补者”进行了好些冲突。一天，她一边在录音她们是怎样成功打败Ryan的一个大老爹并且从小妹妹身上收获大量Adam，一边进入了Atlas的办公室，那时Atlas正在以Fontaine的身份录一段演讲。为了不让自己身份暴露，Atlas，也就是Fontaine当场杀掉了McClintock。
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天堂不再 {c11}
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"My city was betrayed by the weak..."
- Andrew Ryan
随着内战的继续，对Adam的需求大大超过了它的产量。冲突的双方都没有足够的Adam来帮助自己的战士治疗由Adam本身带来的不可避免的损伤。结果是，Ryan的部下经受着肉体和精神上双重伤害，导致了大面积的犯罪行为以及遍及整个Rapture的精神错乱。“修补者”们开始戴上Kashmir酒店里新年夜被丢下的兔子面具，以便遮盖他们畸形的面部。Atlas的队伍则经受着跟深的痛苦，因为他们不再控制Fontaine未来实验室，于是也不再有小妹妹来提供Adam。Peach Wilkins和他的部下把自己锁在Fontaine渔业的冷冻库里，使自己免遭Ryan和Fontaine的伤害，因为在Wilkins看来，Fontaine仍然健在。
因为Atlas的“修补者”例行公事般的扫荡着城市的各个机关，导致没有几个机关部门还在工作，城市渐渐瘫痪了。没有人来修补，城市开始大面积的漏水。McDonagh请求Ryan把Fontaine未来实验室还给Atlas，作为一个和解的手段。但是Ryan无视他的请求，继续用更多更狠的质粒装备他的军队。这场军备竞赛，在大家看来，Atlas要输了。
这时出现了很多暗杀者想除掉Ryan。
McDonagh发誓要杀掉Ryan从而将Rapture从Ryan设定的毁灭之路上挽救回来。他失败了，被烧死并被钉在了Ryan为“怀疑者”所建立的恐怖的战利品室里。
Anya Andersdotter，一位女鞋设计师，和Mariska Lutz一样被Ryan工业的人掳走了自己的女儿，决定要暗杀Ryan。既失去了女儿又失去了对Ryan和Rapture所有的信心，她已经没有什么可以再失去的了。
同时，Kyburz，一位Hephaestus的高级工程师，也计划着杀掉Ryan。他通过长时间的监视发现Ryan将自己锁在自己的办公室里，而办公室外由“修补者”把守。Kyburz觉得唯一可以接近Ryan的方法就是引发Ryan防护门上的电缆断路，而这个可以通过EMP炸弹实现。
Andersdotter用了三周的时间色诱了一个工程师，她发现要找到Ryan，必须要使三号共振核超载。于是她来到了Lower Heat Loss Monitoring想获取更多的信息。通过一个叫Pablo Navarro的工程师，她来到了Kyburz的工具店。这时的Kyburz正为他即将完成的炸弹而变得神经兮兮，以至于认为她是Ryan派来监视他的。于是Kyburz向上反映她是Atlas的人。Ryan的"修补者"将Andersdotter拖了出去并把她的尸体挂在了Ryan的战利品室，就在McDonagh的对面。不幸的是，在炸弹完成之前，Kyburz也被杀了。
想要暗杀Ryan的人无一例外的失败了，一些被Ryan的防卫设施挡住了，一些则死于自相残杀。对Atlas来说，前途黯淡无光。于是他开始着手安排Jack Ryan的回归。
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欢迎来到Rapture {c12}
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他们告诉我：儿子，你很特殊。你生来就是为了做大事的。知道吗，他们是对的。
--Jack Ryan
从他记事起，Jack Ryan和他的家人一直在美国的一个农场里过着平静的生活。一天晚上，他忽然发现自己正坐在一架飞在大西洋上空的飞机上，带着一个包装好的礼物，礼物上面有一个便条：
父母致Jack
“拜托”到北纬63度2分，西经29度55分时打开
当飞机到达那个地点上空时，Jack打开了包装盒，里面是一把左轮手枪。不知道为什么，Jack挟持了飞机，在乘客们惊慌声中，飞机坠毁在大西洋里。
海水呛醒了Jack，他迅速地浮上了海面，小心的躲开身边坠机的残骸，向不远处一块小小的陆地游去，那里矗立着一座散发着不祥之光的灯塔。
Jack走进灯塔，仿佛是出于本能，他一步步走下楼梯，看到了一个开着门的球形潜水艇。他走了进去，拉动摇杆，潜水艇慢慢地沉了下去。在播放了一段事先录制的Andrew Ryan的演讲后，映入Jack眼前的是一个美丽的水下大都市，这就是被Ryan称为Rapture的地方。
忽然，从潜水艇壁上的对讲机里传出了两个分别叫Atlas和Jonhhy的人的谈话。Atlas看到了海面上燃烧的飞机碎片，并注意到有幸存者正乘着潜水艇进入Rapture，于是他让Johnny去码头迎接一下。Johnny来到了码头，却惨遭一个splicer杀害。而Jack的潜水艇正在此时到达码头，他亲眼目睹了这一幕。
“拜托”拣起一把扳手或者别的什么好不？
--Altas
Atlas让Jack拿起了那个小小的对讲机，他向Jack介绍了自己，并且保证会将Jack带到一个安全的地方。Jack踏出了潜水艇，并在离开Rapture码头的路上用一把扳手消灭了一个splicer。在一个破旧的阳台上，Jack发现了一个叫Gatherer's Garden的机器，他拿起上面的一针筒的红色plasmid，全打入了自己的体内。这时我们看到他的手腕上，纹着一段铁链。Jack的身体上出现了电火花和脉冲，他痛苦得跳下了阳台昏了过去。
“看，泡泡先生，这是一个天使。我可以看到有光从他的肚子里透出来。稍等一下…… 他还活着。那好吧，反正他等会就要变成一个天使的。”
--小妹妹
当Jack醒过来的时候，两个splicer正弯腰想给他致命一击，小妹妹和大老爹的出现救了Jack一命。小妹妹错把Jack认作是死尸，正要从他身体内回收Adam时才发现他还是活的。小妹妹离开了，Jack起身用刚学会的电能力离开了这里，来到废弃的Kashmir饭店。这时，Atlas恳求Jack帮他找回被截留在Neptune's Bounty里失散的亲人。
“那么，告诉我，朋友，那个杂种派你来的？克格勃还是中情局？告诉他们：Rapture不是什么供他们掠夺的沉船，Andrew Ryan也不是什么能被政府机构左右的哈巴狗。”
--Andrew Ryan
当Jack正准备去Neptune's Bounty时，Ryan的监视器发现了他，通往Neptune's Bounty的门被锁住了。在Atlas的建议下，Jack改道从Rapture的Medical Pavilion(医疗区)走，因为那里有一个通往Neptune's Bounty的紧急通道。而Ryan马上关掉了去医疗区的潜水艇，并通过一个电视机给了入侵者Jack一段宣言，他指控Jack不是克格勃就是中情局派出的特工，被派来妄图夺取Rapture的。Ryan不仅派出一队splicer来消灭Jack，并且下令给所有他手下的splicer，一旦通过监视器发现了Jack就要杀掉。而这些所谓的他“手下”的splicer，事实上是因为摄入了一种信息素而完全听从Ryan的指令。至于这种信息素，则是由Suchong博士发明并通过Rapture的空气提供系统散播到整个Rapture的。
Atlas及时打开了去医疗区的潜水艇的门，Jack也得以逃离那些蜂拥而来的Splicer们。
"亲爱的，你真的要去看一下医生Steinman……每个人都去找他！"
-- Marianne Delahunt, Mercury Suites的居民
最初的医疗区只是个看病的地方。病人看病，付钱，看好病那自然就要多付一点了。而当plasmid一流行，自我恢复能力的存在让医疗区变得不再那么有意义。但是使用plasmid增强自身能力的同时会在使用者的身上留下伤痕，于是医疗区只剩下了一个功能：整容。
Steinman博士是Rapture最著名的整容师，在他的名为“完美理想”手术室里，他给很多居民都作过手术。Adam的出现引出了无穷多种整容的可能性，Steinman兴奋得以至于疯掉了，在他看来，自己不再是一个医生，而应该算是个艺术家。他的精神失常表现在他常常和阿佛洛狄忒，他一直崇拜的女神，“对话”。阿佛洛狄忒说服他去追寻一种新式的美丽：“不对称”。结果是，他自作主张的给来就诊的人做了一个又一个“外科毕加索”式的整容，无视刀下正昏迷的病人的原意。打着追求完美的旗号，Steinman对自己的客户大肆动刀，而其中不少都死在了他手下。
Jack到达医疗区时，Atlas告诉他Steinman博士才有去Neptune's Bounty的钥匙。接下来，Jack用新学会的火技能和隔空取物技能克服了Steinman设置的障碍，杀了他也拿到了钥匙。
在Jack前往Neptune's Bounty的路上，他碰上了一个没有护卫的小妹妹。Atlas示意Jack“收割”掉小妹妹来获取大量Adam，当然这样也同时会要了小妹妹的命。Tenenbaum出现在了附近的一个阳台上，她恳求Jack不要这样做，她希望Jack能救下小妹妹，但这样的话，Jack就只能获得少量的Adam。Tenenbaum扔给Jack一个装有特制plasmid的瓶子，只要对小妹妹使用这种能力的话，小妹妹就不再被Adam所奴役。她同时也向Jack许诺，如果Jack按她说的去做的话，她会有所报答的。
权衡再三，Jack做出了自己的决定，然后向Neptune's Bounty前进了。
Neptune's Bounty曾是Rapture的渔民聚居区。现在则成了城市的犯罪中心之一。Fighting McDonaghs是当地的一个酒吧，给渔民们提供闲暇时的饮料和娱乐。有传言说Neptune's Bounty是由一个走私集团所控制，但是没人能给出任何证据来。
乘坐小潜水艇抵达Neptune's Bounty后，Jack来到了Fontaine渔业公司，但门是锁着的。原来Peach Wilkins为了逃离战争，把自己和自己的手下一群人锁在里面。Atlas已经事先通过对讲机让Peach Wilkins为Jack开门。Peach Wilkins先向Jack做了自我介绍，但Peach Wilkins并不知道Atlas就是Fontaine，于是他对Jack说，如果让他知道Jack是为Fontaine做事的话，就会毫不犹豫地杀掉Jack。接下来，Peach Wilkins让Jack帮忙找回一个照相机，并照几张splicer的照片，作为交换，他才会让Jack通过他的地盘去救Atlas的家人。
找照相机的路上，Atlas给Jack讲述了一个关于他妻子Moria和儿子Patrick的悲伤的故事。然而Jack并不知道这个所谓的“家庭”完全是虚构的，而这两个名字，则是Rapture的两个著名演员的名字。
Jack所找到的照相机是个非常特殊的装置，它能分析被拍摄对象的基因和细胞结构。Jack按要求拍摄了几张照片并送回给Peach Wilkins，后者也遵守诺言放了Jack进来，前提是Jack必须要解除所有的武器装备。Jack服从了，接下来自然是被Peach Wilkins一伙人打了个措手不及。因为Peach Wilkins就是认定Jack是在为Fontaine工作。只能使用plasmid的Jack成功的打败了他们，并找回了武器。他通过一条长长的隐秘隧道来到了Smuggler's Hideou。
Smuggler's Hideou是一个只有走私犯们才知道的潜水艇码头。Atlas宣称自己的家人正被困在一艘潜水艇里，他自己也正在向这边赶来。当Jack来到Atlas所指示的碰头地点时，Atlas指导Jack去搬动一个开关来开启大门，这样他才能进来。但是Ryan派来的splicer攻击了Atlas并引爆了他家人所在的潜水艇。Atlas发誓要向Ryan报仇，于是指导Jack通过边上的一扇偏门来到了Arcadia。
为什么不在Arcadia度过你的假期呢？全家都可以享受到的快乐！
--Rapture广告
Arcadia是Rapture所有生命的心脏，那里茂密的树林和灌木丛产生了生命所必需的氧气。她也是众多想在一天紧张的海底生活之后放松一下的人们心中安静的避风港。不喜欢灯红酒绿的Fort Frolic的度假者们往往会在这里找到他们向往的那一份安详和恬静。
Atlas让Jack去Arcadia的共交站。半路上，Jack碰上了一个叫Saturnine的邪教组织，它是由一群特殊的splicer组成的。这些精神错乱的人们认为他们的特殊能力并不是由基因改造来的，而是来自一些上古的神。Saturnine教的人们不仅会隐形，瞬间移动和喷火，而且以喝人血为乐。他们会唱一首“圣歌”：“雾为吾盾，火为吾矛。”
当Jack来到公交站**时，Ryan不仅关上了大门而且开始向Arcadia注入大量可以杀死所有植物的毒气。这样Jack就不能继续了，因为如果Arcadia的植物一旦死亡，就意味着整个Rapture将没有了氧气。Atlas建议Jack去Julie Langford的办公室看看，希望她能够帮上忙。
Julie Langford在来Rapture之前，曾在对日本的硫磺岛战役中立下功劳，她使用了一种特殊的方法使岛上的树迅速落叶枯萎，从而将隐藏的日军吓了出来。现在，身处大西洋下的她，则做着完全相反的事情。
在和Ryan的工作中，Langford发现可以用某种遗传工程手段来复活死亡的植物。她将其命名为“Lazarus Vector”(拉撒路媒介)，而这种物质正好可以复合被Ryan弄死的那些树木。在Jack为她找到了一些法国蔷薇的样本后，Langford让Jack进入了她的办公室，但是就在Jack进门之前，Ryan在她的办公室释放了毒气，毒死了Langford。临死的Langford在窗户上写下了她保险箱的密码。而在她的保险箱里，有Lazarus Vector的配方和一把通往Farmer's Market(农贸市场)的钥匙，在那里Jack可以找到所需要的原料。
Farmer's Market曾是Rapture最繁华的商业区。也是Rapture居民唯一可以购买新鲜农产品的地方。在那里大家可以找到西瓜、西红柿，奶酪甚至南瓜。居民们还可以在Worley's Winery酒吧里享受到美味的葡萄酒。Silverwing Apiary则是出产蜂蜜的地方。
在其巅峰时期，Farmer's Market确实是一个顾客往来不绝的成功之地。但是随着Rapture文明的日子渐渐走向尽头，Farmer's Market里的商品档次也日益下滑。商人们开始用一些假冒伪劣商品以次充好，这样他们就能获得更多的利润。商人不再通过正规渠道购买或者种植所需的原料，而是更多的向走私犯们买一些便宜货来代替。前面所说的Worley Winery酒吧开始在酒里掺纯净水。因为在Rapture并没有什么官方的质量标准，越来越多的商人开始效仿这类行为。
找到了所需要的原料之后，Jack回到了Langford的办公室，正当他将所有的原料放入制药的设备里等待最终结果的时候，Ryan趁机派出一批splicer去杀掉Jack。Jack成功挡住了一波又一波的进攻，也成功调制出了Lazarus Vector并释放到了空中，奄奄一息的树木复活了。Jack接下来进入了Rapture公交站，来到他的下一站，Fort Frolic。
大明星哦，天哪！ Ryan先生说他将会让我成为大明星！
--Mary-Catherine (**) Jolene
Fort Frolic是Rapture的娱乐场。在那里有高档的商店，赌场和戏院，还有为孤单寂寞的人提供的特殊服务。只要有钱，在Fort Frolic可以找到你想要的一切。以一个大大的庭院为中心，散布着众多的娱乐场所，譬如Sir Prize: Games of Chance赌场，Eve's Apple脱衣舞俱乐部以及Fleet Hall剧院。
如果你无法逃脱寒冷，那么就让寒冷在你心中生根。冰人来了，Sander宝贝，冰人我TMD来了。
--Martin Finnegan
Jack一抵达Fort Frolic，Sander Cohen就切断了Jack和Ryan，以及和Atlas之间的通讯。他承诺只要Jack帮他杀掉4个与他不和的同事Patrick, Cobb, Martin Finnegan和Hector Rodriguez，并拍下每具尸体的照片，然后贴到大厅里去，就可以让Jack离开Fort Frolic。Jack按Cohen的要求完成了他的“拼图”，而Cohen也遵守承诺让Jack离开了。
“拜托”去Ryan的办公室然后杀了这个婊子养的好不？
--Atlas
Jack接着来到了Hephaestus，他首先去了Kyburz的办公室，在那里他发现了Kyburz几乎快要完成的EMP炸弹。Jack把炸弹组装起来，放到了Hephaestus的核心。一声巨响之后，电力供应被切断了，这样Ryan的办公室前面环绕的电力屏障也就消失了。直到这个时候，Ryan才借着监听Jack和Atlas的对话，以及Jack所找到的所有录音带，从众多零散的线索整理出头绪来，发现了Jack的真实身份。
这位暗杀者越过了我的最终防线，现在他正在来杀我的路上。在这生命的最后，我想说的是，“人”和奴隶之间的区别到底是什么？钱？力量？都不是，一个“人”有选择的权利，而奴隶只能服从。你认为你拥有一段美好的过去。农场，你的家人，坠机，然后你来到了这里。但是这所谓的“家人”真的存在么？那架飞机真的是因为故障坠毁了么，是不是有可能是被某人劫持然后被迫坠海呢？是不是有些“东西”只是被造出来，然后如同梦游般的过着日子，直到有一天他那和蔼的主人说出一个简单的词语，他才被“激活”呢？一个“人”会听从别人的命令去杀戮么？奴隶呢？“人”可以自主，奴隶只会服从！“拜托”过来一下……停…… “拜托”，一个多么强有力的词语，一个多么熟悉的词语。“拜托”坐下好不好？“拜托”站起来好不？“拜托”跑起来……停……转过来…… “人”可以自主，奴隶只会服从！杀了我！“人”……可以……自主……奴隶……只会……服从……服从！
--Andrew Ryan
干得好，小子。现在是时候结束这场小小的化妆舞会了。从来就没有什么Atlas，小子，从来就没有。我用过的千万个身份之中的一个罢了。我还当过6个月的中国人呢。你为了做了这么多体力活，我想我欠你一个解释吧。我就是Frank Fontaine。我必须承认，我有过非常多的合作伙伴，至于你么…… 当然你已经知道，我一说“拜托”，你就会像我的一条小猎犬般的去咬人，这些都是老早以前训练好的。你已经帮我把Ryan杀掉了，这个机器验证完基因密钥之后，我就能控制整个Rapture了。以怨报德，你也许会这么说，但是你也知道，从来不要把朋友和生意混为一谈。谢谢你帮我做的一切，小子，别忘了等会见到Ryan之后代我问声好。
--Frank Fontaine
Ryan在Jack到来之前就启动了Rapture的自毁装置。Ryan向Jack揭示了Atlas从Jack一抵达Rapture起就在用“拜托”这么一个词语控制着Jack的一举一动。Ryan同时也暗示Jack就是自己的儿子。这也解释了为什么Jack不但可以自由使用被基因锁锁住的潜水艇在Rapture自由来往，而且可以使用那些复活机器。一段简短的演讲之后，Ryan使用同样的命令让Jack用一根高尔夫球棒杀掉了Ryan自己。Ryan的自杀有两个目的，首先，他死在自己的命令之下表明哪怕在生命的最后，他还是一切的控制者(他关掉了自己办公室里的复活机器，这样他就不会被复活了)；其次他也希望Jack意识到Jack自己其实只是一个奴隶、哈巴狗罢了，这样Jack就有可能去找Fontaine复仇。
Ryan一死，Atlas揭开自己的伪装，还原为Frank Fontaine。他“拜托”Jack关掉Rapture的自毁程序，Jack只能服从。一切结束之后，Fontaine把Jack扔在Ryan的办公室里，希望Ryan的保安设施能够除掉Jack。然而几个小妹妹的出现救下了Jack，她们带着Jack爬进了一个下水道。忽然，Jack脚下一空摔了下去昏倒了。
Jack在Olympus Heights下水道里的一个房间里醒了过来，他发现原来是Tenenbaum派了那些小妹妹来救了他。在他昏睡的时候，Tenenbaum帮他移除了部分精神控制插件，使他不再完全受Fontaine控制。但Fontaine启动了黄色应急程序，使得Jack的心跳慢慢的减弱直到死亡。Tenenbaum告诉Jack有一种代号192的解毒剂，正是当年Suchong为Fontaine发明黄色应急程序时制造的解药。幸运的是，她从Suchong那里偷了一点样品来，放在她原先居住的公寓里。
Jack只好去Mercury Suites住宅区寻找Tenenbaum偷来的样品，在路过Sander Cohen的公寓时，Jack顺手除掉了这个变态。Jack将Tenenbaum的公寓翻了个遍，却发现Fontaine早就来过了，而且把样品拿回自己的住处。Jack只好又闯入Fontaine曾经的住处，这才找到了Tenenbaum偷的那一点点解药。解药解除了黄色应急程序，但它的副作用使得Jack不再能够控制自己的超能力。Tennenbaum建议Jack去Artemis Suites住宅区Suchong的住处找找，应该可以找到足够的解药。服下第二瓶解药后，Jack完全摆脱了Fontaine的控制。Tenenbaum告诉Jack接下来应该要去Point Prometheus，在那里他可以找到那个“制造”了他的人，Fontaine。
在Point Prometheus，Jack果然看到了Fontaine，但是却没能追上他。Fontaine逃去了博物馆。要打开去博物馆的门，Tenenbaum告诉Jack他需要小妹妹的帮助，而为了让小妹妹听话，Jack只能把自己打扮成一个大老爹了。Jack在Point Prometheus各个建筑里来回奔波了好几趟，终于找到了足够的材料和装备把自己改造成了一个大老爹，或者说至少看上去像是一个大老爹了。大老爹Jack捶了捶墙上一个专供小妹妹出入的门洞，一个小妹妹出现了，蹦蹦跳跳的带领Jack去找Fontaine。
帮助Jack小妹妹虽然已经不再受Adam奴役，但是她们一看到尸体还是会忍不住地跑过去想要收集Adam。这也使得Jack一路上不得不提起十二分的精神来保护小妹妹，因为这些被治愈的小妹妹已经不是刀枪不入的了。最后，Jack和小妹妹终于来到了博物馆的最深处，小妹妹递给Jack一个针管，因为在接下来和Fontaine的战斗中，针管将是一个重要武器。Jack最后一次补充了弹药，现在在他面前的只有最后一个任务：除掉Frank Fontaine。
是我制造了你。是我把你送到了外面的世界。是我唤你回来，告诉你你的身份，展示给你看你自己的能力。甚至那些你“记忆中”的生活，也是我设计好了再种到你的脑子里去的。如果这还不叫亲人，那我就不知道什么是亲人了！
--Frank Fontaine
Jack从电梯里走出的时候，Fontaine正在一个Adam注射装置里，他正在向自己注射所有的Adam以及各种各样的超能力，而他自己也正在变成一个怪物。Tenebaum告诉Jack，唯一打败Fontaine的办法就是用小妹妹给他的针管抽取Fontaine体内的Adam。Jack最终成功抽取了Fontaine体内差不多所有的Adam，但是Fontaine也将Jack打倒在地。一群小妹妹出现了，扑向Fontaine并用她们手里的针筒将Fontaine活活刺死。
接下来发生的事情，谁也不知道。有人说小妹妹想把整个城市交给Jack，但是Jack拒绝了。他决定带着小妹妹们返回地面，让她们可以过上平常人的生活。这样Jack也真正有了一个家，他被这个家里的每一位成员深爱着，因为他是她们的拯救者。
她们要把这个城市给你，但是你拒绝了。你接下来怎么做的呢。就像我一直希望的那样，你救了她们。你让她们再次拥有了曾经被剥夺的一切。一个机会。去学习。去爱。去生活。那你获得了什么呢？你从来没有说过。但是我知道：一个家。
--Bridgette Tenenbaum
但是也有人说，在对Adam贪婪的追求之后，Jack统治着剩下的Rapture。当一个救援小队来到Rapture的灯塔附近想要搜寻坠机生还者时，Jack派出一队splicer屠杀了这些不受欢迎的访客，并将他们潜艇上的核武器据为己有……
她们给了你一切，对吧。但是就像我预料的那样，你用你的残忍来回报这一切。你拿走了所有你想要的，所有的ADAM，所有的能力。Rapture在颤抖，但是这并不能满足你。你父亲害怕世界上有人会偷走这个城市的秘密，但他没有料到是你。现在，你甚至拿到了这个世界上最恐怖的武器。
--Bridgette Tenenbaum
完
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Frequently Asked Questions {c13}
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1. Why did Atlas/Fontaine go through all the trouble of deceiving Jack?
The first, more obvious answer is that it's easier to get someone to do something if they believe in it and are motivated to achieve that goal. Instead of risking an insubordinate Jack fighting him every step of the way, Atlas wove a believable story to make Jack personally hate Ryan, and thus motivate him to kill him.
The second reason is that Atlas was simultaneously tricking Andrew Ryan, who he knew was listening into all of their radio communications. Ryan did not figure out that Atlas was actually Fontaine, and that Jack was actually his son, until moments before Jack reached him. If Ryan had known these things earlier, things would have played out much differently. Ryan could have exposed Atlas as Jack's slave driver, or refrained from blowing up the submarine if he knew that there was nobody inside.
2. Who blew up the submarine in Smuggler's Hideout?
Ryan did, thinking Atlas' family was really inside.
3. What do those tattoos on Jack's wrists represent?
The chain tattoos on Jack's wrists symbolize his role as a slave. Fontaine created Jack for the sole purpose of carrying out his wishes, so it was the entire embodiment of his existance.
4. Is Ryan really dead?
Yes, Ryan is dead. There is a Vita-Chamber in a hidden corner of his office, but it is the only one in the game that is de-activated. Ryan shut it off before the confrontation with Jack to prove a point, and leave the world on his own terms.
5. Why did Fontaine have to use Andrew Ryan's son as his assassin?
The fact that Jack is Ryan's son is the sole reason he is able to travel freely throughout Rapture using the Rapture Metro bathysphere system. Ryan had Sullivan lock down the bathyspheres during the war, and only those closely related to Ryan and his inner circle could come and go as they pleased.
It is also the reason why Jack is invincible in Rapture; he is able to use Ryan's Vita-Chambers, which are genetically locked to Ryan himself. This is why the splicers in Rapture die permanently while Jack can ressurect. An assassin that cannot die is the perfect assassin.
I'd also like to comment that this is absolute brilliance on the game developers' part; that such an integral part of the story explains the player death/resurrect mechanic perfectly.
6. I seem to have thought that the Little Sisters-as-scavengers predated the
Atlas/Ryan war. Weren't they already being cultivated for this purpose by Fontaine for his Adam industry?
The Little Sisters were adapted to become scavengers only after the war began (after Fontaine had become Atlas and Ryan took over Fontaine Futuristics), when corpses began filling the streets and they realized there was Adam to be had. Something important to note is that Fontaine got all of his Little Sisters strictly through the orphanage. These were little girls with no families, etc. Ryan, on the other hand, got them all through kidnapping, which is ironic considering Ryan is the leader of Rapture and Fontaine is a notorious crime boss. All of the kidnappings you hear of in the audio diaries are directly linked to Ryan Industries. The Little Sisters before Ryan (for example, in all of Tenenbaum's recordings) are just "Adam factories"; there's never a mention of them physically going out to do any harvesting.
7. How do you know that Sullivan killed himself?
It is never directly stated in the game that Sullivan killed himself, although it is heavily implied. Sullivan was a good guy at heart who followed orders from a corrupt official and ended up doing some very horrible things, including killing a guy during interrogation and a singer for writing a few songs that upset Ryan. After he killed Anna Culpepper, the audio diary talks about how he took from her room a half-knitted blanket after killing her as a reminder of what he'd done. It's clear that at this point he is very remorseful and on the brink of quitting. When Ryan finally enacted the death penalty by hanging, Sullivan handed in his badge. We never hear from him again, and there is a dead body in the wharfmaster's office next to the interrogation room and the "Have My Badge" audio diary. We can therefore reasonably conclude that Sullivan committed suicide for the atrocities he committed during the latest parts of his career as chief of Andrew Ryan's police.
