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第一性原理计算学习资料链接大全
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2020年03月31日 01:50

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一、晶体结构数据库和检索工具

（1）ICSD – the Inorganic Crystal Structure Database

无机晶体数据库。

http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html

（2）CCDC – The Cambridge Crystallographic Data Centre

剑桥晶体数据库

https://www.ccdc.cam.ac.uk/

（3） COD – 开放晶体结构数据库（Crystallography Open Database）

http://www.crystallography.net/cod/

（4） Materials Project（强烈推荐）网页链接​

https://materialsproject.org/

（5） AMCSD – American Mineralogist Crystal Structure Database，美国矿物质晶体结构数据库：

http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php，

（6）AFLOW：

http://www.aflowlib.org/

（7）拓扑材料：

Materiae ：http://materiae.iphy.ac.cn/#/

Topological Materials Arsenal：https://ccmp.nju.edu.cn/

Topological Materials Database: http://topologicalquantumchemistry.org/#/

（8）二维材料：

Materials Cloud：https://www.materialscloud.org/discover/2dstructures/dashboard/ptable

2D Materials：https://materialsweb.org/twodmaterials

2D Materials Encyclopedia：http://www.2dmatpedia.org

Computational 2D Materials Database (C2DB)：https://cmr.fysik.dtu.dk/c2db/c2db.html#c2db

JARVIS-DFT：https://www.ctcms.nist.gov/~knc6/JVASP.html

Structure map of AB2 type 2D materials：http://www.openmx-square.org/2d-ab2/?tdsourcetag=spcqqaiomsg

（9）超导材料：

第I类超导体：http://www.superconductors.org/Type1.htm

第II类超导体：http://www.superconductors.org/Type2.htm

（10）磁结构数据库：

MAGNDATA: http://webbdcrista1.ehu.es/magndata/index.php?show_db=1

（11）声子谱数据库:

http://phonondb.mtl.kyoto-u.ac.jp/index.html

（12）金属表面能与功函数据库:

http://crystalium.materialsvirtuallab.org/

（13）剑桥大学团簇数据库：

http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html?tdsourcetag=spcqqaiomsg

（14）催化数据库：

https://www.catalysis-hub.org/energies

（15）检索化学结构式：

ChemSpider, http://www.chemspider.com/

二、常用计算程序

常用第一性原理计算程序：

  1. VASP：https://www.vasp.at/

  2. CP2K： https://www.cp2k.org/

  3. Quantum espresso：https://www.quantum-espresso.org/

  4. abinit：https://www.abinit.org/

  5. Castep：http://www.castep.org/

  6. Materials Studio（Dmol3 or Castep）: https://www.3dsbiovia.com/products/collaborative-science/biovia-materials-studio/

  7. PWMat：http://www.pwmatus.com/

  8. ATK：https://quantumwise.com/documents/manuals/ATK-2017/ReferenceManual/ATKDFT.html

  9. JDFTx：http://jdftx.org/

VASP等第一性原理计算相关前后处理程序：

  1. VESTA：http://jp-minerals.org/vesta/en/

  2. VASPKIT：http://VASPKIT.sourceforge.net/

  3. qvasp：https://sourceforge.net/projects/qvasp/

  4. VTST脚本库：http://theory.cm.utexas.edu/vasp/scripts.html

  5. p4vasp：http://www.p4vasp.at

  6. wxDragon：http://www.wxdragon.de/

  7. phonopy：https://atztogo.github.io/phonopy/

  8. phono3py：https://atztogo.github.io/phono3py/

  9. Atomic Simulation Environment（ASE）：https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/

  10. Pymatgen (Python Materials Genomics) ：https://pymatgen.org/

  11. CatMap：https://catmap.readthedocs.io/

  12. Lobster：http://schmeling.ac.rwth-aachen.de/cohp/index.php?menuID=6

  13. Periodic NBO：https://schmidt.chem.wisc.edu/nbosoftware

  14. ssAdNDP：http://ion.chem.usu.edu/~boldyrev/ssadndp.php

  15. Wannier90：http://www.wannier.org/

  16. xcrysden：http://www.xcrysden.org/

  17. ATAT：https://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/

  18. VASPsol：https://github.com/henniggroup/VASPsol

  19. ALAMODE：https://alamode.readthedocs.io/en/latest/intro.html

  20. DDEC charge: https://sourceforge.net/projects/ddec/

晶体结构预测软件：

  1. CALYPSO (particle swarm， 粒子群算法)：http://www.chemspider.com/

  2. USPEX (evolutionary algorithm，遗传算法等)：https://uspex-team.org/en/

  3. AIRSS (random search)：https://www.mtg.msm.cam.ac.uk/Codes/AIRSS

  4. LASP or SSW（Surface Walking method）http://homepage.fudan.edu.cn/fdzpliu/lasp/

三、VASP与第一性原理计算学习相关网站

VASP英文学习资料:

  1. VASP官网documentaion: https://www.vasp.at/documentation/

  2. VASP wiki：https://www.vasp.at/wiki/index.php/The_VASP_Manual

  3. VASP workshop 2017年：http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/VASP_workshop

  4. VASP workshop 2016年：http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/NERSC_Berkeley_2016

  5. VASP workshop 2014年：https://wiki.bnl.gov/CFN-Computation/index.php/Workshop2014

  6. VASP workshop 视频：b站内链接

  7. VASP workshop 2016年 文档资料链接：https://pan.baidu.com/s/1w5drGqQtWT6dWznk_l9uig 提取码：6pb5

  8. VASP workshop 2014年 文档资料链接： https://pan.baidu.com/s/1-Wv6TtAoapS-W1KiA2eh1Q 密码：0nnn

  9. VASPwiki上所有的计算案例：https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Category:Examples

  10. VASP官方论坛：https://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/forum.php

VASP中文学习资料:

  1. 大师兄科研网：http://www.bigbrosci.com

  2. VASP 0基础入门中文视频资料：网页链接​

  3. VASP 编译方法：http://sobereva.com/455 网页链接​ 网页链接​

  4. “学术之友”公众号

  5. “VASPKIT”公众号

  6. 刘锦程的博客：http://blog.wangruixing.cn/

k-path点生成网站：

  1. Bilbao：http://cryst.ehu.es/

  2. AFLOW：http://materials.duke.edu/awrapper.html

  3. SeekPath：https://www.materialscloud.org/work/tools/seekpath

费米面绘图软件(Xcrysden也可以)：http://fermisurfer.osdn.jp/

声子模态可视化(PhononWebsite)：http://henriquemiranda.github.io/phononwebsite/

四、第一性原理计算相关博文与专栏

学术之友微信公众号和知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/gangtangdft

兰一CP2k知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/cp2k-tutorial

一个人就是一个叠加态（Li pai）：http://blog.sina.com.cn/lipai91

ruichun xiao：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1502061

yunhai Li：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=2909108

jicun Li：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=548663

Pengfei Liu: http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3352196

zheyong fan：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3102863

zhaofu zhang: http://blog.sciencenet.cn/u/zhangfrank

zhibin gao：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1524047

xiaoxia yu：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3222255

zhiqiang zhao：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3388193

lingju guo：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=478347

Jin-Cheng Liu：http://blog.wangruixing.cn/

叶小球：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=567091

Nan Xu github：https://github.com/tamaswells

QijingZheng github：https://github.com/QijingZheng

Chenists github：https://github.com/Chenists/VASP

ChengCheng Xiao github：https://github.com/Chengcheng-Xiao?tab=repositories

ShaoZhengjiang github：https://github.com/PytLab

Matgenb pymatgen教程：https://matgenb.materialsvirtuallab.org/

思想家公社的门口: http://sobereva.com

计算化学公社论坛：http://bbs.keinsci.com/forum.php

本文部分参考资料：

[1] http://blog.sciencenet.cn/blog-1502061-1130705.html

[2] 学术之友： 网页链接​

本文禁止转载。

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