颇具对称意味的是，《魔法少女小圆：The Different Story》（作画：叶之影[ハノカゲ]，原作：Magica Quartet）将焦点放在外传作品必须面对的三条核心原则中最后一条——不公正。作品没有引入任何新角色，而是对本篇故事采用了一种相当保守的“如果[巴麻美还活着的话]会怎么样”的假设性改写。
漫画第一卷主要是对麻美与杏子的角色研究，作为本篇动画以及漫画后续内容的前传，其中讲述了麻美收杏子这位新人魔法少女为徒。然而在杏子的家人去世后，两人因杏子拒绝麻美既狩猎魔女也狩猎使魔以保护他人的理念而决裂。第二和第三卷则跳转到动画中未曾呈现的一条时间线，其中麻美收沙耶香为新的徒弟。在这条时间线里，由于沙耶香稍早前已经与丘比签约，她得以及时救下险些被零食魔女杀死的麻美。杏子返回后，她与麻美和沙耶香就魔法少女的生存方式发生冲突，而沙耶香则逐渐陷入抑郁。
漫画反复强调魔法少女体系本质上的不公，但方式与本篇动画有所不同。动画主要聚焦于丘比对签约少女隐瞒关键信息的不公正手段，例如身体被改造的事实或者魔女的真相，但前者在《The Different Story》中从未被提及，后者后者虽有涉及但也只是被一笔带过。相对地，作品将重心放在体系对少女施加的孤立（isolation）及其对心理造成的影响上。当然，这种孤立以及由此产生的抑郁在本篇中沙耶香篇里也十分突出，但在动画里，这种孤立至少部分是由自身造成的，比如沙耶香在得知身体被改造后刻意去疏远他人。而在《The Different Story》中，孤立是不可避免的，是魔法少女体系的固有属性。
麻美在整部漫画中不断抗争，试图寻找摆脱自身孤立的出路。她极度渴望友谊，但作为学生与魔法少女的双重身份让她疲于奔命，几乎没有时间与同学相处。她向其他魔法少女示好的努力也屡遭拒绝，因为在她们看来，麻美“愚蠢地”去狩猎使魔，而不是把全部精力放在魔女与悲叹之种上。她确实与杏子建立了友谊，却又因同样被其他魔法少女奉为圭臬的理念而失去了她。后来，她与小圆和沙耶香达成联结，但沙耶香部分程度上正是因为贯彻麻美狩猎使魔的方针而走向魔女化。最终，即便小圆为她提供了一条“退路”，即由小圆代替她作为魔法少女战斗，让麻美得以休息，但她仍然感到孤独与妄自菲薄，直至走向了自杀。
麻美的例子最为突出，但《The Different Story》过程中另外两位陷入绝望的少女同样如此。杏子在家人去世后几乎完全将自己孤立起来，拒绝除了小圆之外的一切示好。与此同时，沙耶香因愧于没有去将仁美从魔女手中救出，而刻意疏远麻美、杏子与恭介。[译注：仁美要向恭介表白，给沙耶香一天时间决定要不要向恭介表达自己的心意。在路上的沙耶香，本已决定成为正义的伙伴，不与恭介发展恋情，但她却遇见了带有魔女之吻的仁美，下狠心不去救仁美，但仁美还是被麻美所救。（《TDS》中卷剧情）]
可以说，所有这些孤立都是自我施加的，但同时也被描绘为世界本身的普遍性不公，以及丘比的魔法少女体系所导致的结果。漫画中麻美与其他魔法少女之间的核心争论在于，是否必须将收集悲叹之种凌驾于其他一切之上，例如保护他人。此外，丘比还直言不讳地指出，沙耶香魔女化的直接原因在于魔法少女在见泷原过度集中，导致最弱且最缺乏经验者不可避免地无法获得足够的悲叹之种。麻美连一个两人小队都无法维系，这并非偶然，而正是这个以最大化魔法少女绝望并加速其魔女化为目标的体系的特性。若没有其他因素先行使其瓦解，两名魔法少女也最终将为悲叹之种展开竞争。
杏子的故事则将这种不公投射至更广阔的层面。她的父亲与丘比一样，将魔法少女与魔女等同起来，但他更进一步：在他眼中，两者之间毫无差别。一旦得知杏子变成了什么，他便彻底否定了她，指责她欺骗了自己并玷污了他的教义。他无法将魔法或女性的力量理解为除了女巫术之外的任何东西，拒绝倾听杏子的解释，最终沉溺酒精，继而施暴，并走向杀人后自杀的结局。
作品通过贯穿三人的错误负罪感强调，魔法少女的孤立并非她们自己的过错。麻美因自己没有许愿拯救家人而自责，尽管对一个濒死之人而言，将“活下去”置于首位并非不合理；相反地，杏子则因自己许愿拯救家人而自责，尽管她确实在帮助他们，而真正导致悲剧的是父亲选择拒绝去倾听和尝试理解。这种负罪感在经历悲伤、失落与创伤的人群中相对常见，也是创伤后应激障碍的主要症状。[106][American Psychiatric Association, DSM-IV-TR.]沙耶香同样为没能从魔女手中拯救仁美而自责，尽管正如小圆所指出的那样，她当时并不能确定那是仁美，也并不知道有魔女介入。
三位少女都因负罪感而将自己孤立起来。沙耶香与杏子表现得尤为明显：她们以言语（有时为肢体）方式攻击试图接近她们的人。麻美同样在自我孤立。她在最终话中坦言，自己塑造了一个虚假的、看似“完美”的自我，以避免他人察觉她自己想要什么。然而，读者已经通过杏子的视角得知，这种做法只会加剧他人的自卑与孤立感，令孤独与绝望的循环不断延续。这种的自我孤立同样是创伤后应激障碍的症状之一[107][同上]；这也暗示了丘比的体系本质上就是创伤性的，它让每一个身处其中的少女在承受战斗压力的同时，还要承受痛苦的孤立。
最终，小圆找到了一个解决办法：她许愿复活沙耶香，并代替麻美成为魔法少女，但这仍然不够。正如结尾那段似乎是麻美在自杀后临终前的梦境中所展现的，只有在当五位魔法少女——麻美、杏子、沙耶香、小圆与焰——能够并肩作战并彼此成为朋友，并且麻美还拥有家庭的一个世界中，才能真正使麻美的孤独得以填补。
但遗憾的是，这样的世界并非没有问题，正如我们在讨论《叛逆的物语》时将会看到的那样。
