专栏/保姆级信号通路4大技能,学理论,找通路,画通路,课题设计1个都不能少!

保姆级信号通路4大技能,学理论,找通路,画通路,课题设计1个都不能少!

2023年05月13日 11:00--浏览 · --点赞 · --评论
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信号通路作为细胞内活动的真实写照,素来都是分子机制研究的重头戏,因而无论是高分文章还是申请基金,都少不了要抱抱信号通路的大腿。


为了帮助大家保质保量地完成SCI,特意为大家整理了一份最具学习价值的信号通路资源包!

成为信号通路达人,你需要必备以下四大技能!理清思路,打好根基,走向高阶!


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1、入门:经典信号通路学习

2、中级:用数据库找信号通路

3、进阶:信号通路绘制

4、高阶:完成课题设计


一、入门:12条经典的信号通路学习

信号通路(信号转导,signal pathway),狭义能够把胞外的分子信号经过细胞膜传到细胞胞内然后发生效应的一系列酶促反应通路。基础科研中不限定从胞外到胞内,指信息从一个分子传到另外的分子的过程。信号通路本质上就是前人研究的比较透彻的一些分子,包括他的调控方式的一个总结。

要说科研中最火热的信号通路有哪些?那必定是以下12个!搞定90%的分子机制研究。

如果你也对信号通路感到复杂、棘手、一筹莫展,读不懂文献中信号通路相关的研究内容,可以看以下这些经典通路,教程已经为大家免费准备好,12节视频课程讲透彻!

1.MAPK信号通路

2.PI3K_AKT信号通路

3.RTK相关信号通路

4.TGF-β超家族信号通路

5.Wnt信号通路

6.NF-κB信号通路

7.Notch信号通路

8.Hippo信号通路

9.Hedgehog信号通路

10.核受体相关通路(激素类)

11.JAK_STAT信号通路

12.AMPK信号通路

另外还整理了一些极具研究价值的信号通路合集,赶紧一起保存下来!

二、中级:信号通路数据库

想要自己对感兴趣的信号通路进行查询,数据库少不了,使用率最高的数据库,已经给大家整理好数据库学习资料,另外一些小众的数据库也整理好在资料里了,这里不赘述!

1、KEGG PATHWAY

网址:https://www.genome.jp/kegg/

KEGG PATHWAY是KEGG下的子数据库,包含了大量物种的代谢与生物信号传导通路信息。Pathway 数据库下又分为 7 个部分:1)Metabolism,2)Genetic Information Processing,3)Environmental InformationProcessing,4)Cellular Processes,5)Organismal Systems,6)Human Diseases,7)Drug Development。具体的细分分类大家看教程资料。

 

2、SMPDB

网址:http://smpdb.ca/

SMPDB是一个交互式的可视化数据资源库,包含了超过3万种发现于人体中的小分子通路。其中70%的通路为该数据库独有,在其他数据库中无法找到。

SMPDB是专为支持代谢组学、转录组学、蛋白质组学和系统生物学中的路径阐明和路径发现而设计的。所有的SMPDB通路都包括有关器官、亚细胞室、蛋白质-趶复合物辅因子、蛋白质-趶复合体位置、代谢物位置、化学结构和蛋白质-趶复合体四级结构的信息。

 

三、进阶:完成信号通路绘制

想做出超高颜值SCI通路图,必然少不了专门绘制信号通路的软件,像是 IBS、ScienceSlide、PathwayBuilder,除了专业软件,一些在线制图的工具。所有软件安装包和教程、网址,也一次打包整理好了。

1.IBS

该软件是由华中科技大学薛宇教授的CUCKOO团队做的,非常适合绘制基因结构、序列互作结合的示意图。IBS可以下载使用也可以在线使用,两者唯一的差别就是下载版的样品图比在线版要多。

2.  ScienceSlide

ScienceSlide是一款专门做医学图片的ppt插件,安装后,会在PPT界面出现一个工作条,包括了常用元件、信号通路、方法学、生物化学、分子生物学等几千种素材。

只需要选择相应的模板就可以在此基础上,进行文字及分子形状的修改而后做成精致无比、赏心悦目的示意图。

3. PathwayBuilder

这是一款专业的细胞信号通路绘图软件,功能强大,体积容量比较小,使用方便。

软件自带基本元素(分子、细胞、模式生物、甚至人体组织器官及系统的)模板,还自带很多经典通路,在上面可以直接修改,非常方便。

 


四、高阶:完成课题设计

生物医学科研课题=药物+分子(主变量)+信号通路(因变量)+疾病

我们学信号通路的意义在于以下三点

①看文献:更好的了解文献中分子的调控机制;区别主变量与因变量解开文章逻辑上的难点。

②定题:了解热门通路;分子和疾病之间的桥梁。

③实验设计:了解通路的机制,设计实验内容。

 

以MAPK信号通路为例,从信号通路的深入剖析到研究方法和课题设计。

1.MAPK信号通路简介

2.MAPK信号通路参与的细胞生理过程

3.MAPK信号通路参与的病理过程

4.MAPK信号通路传导

5.MAPK信号通路的研究方法和课题设计

 

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