第十六集：戚家军剿倭，杨金水遣芸娘
浙江官场已乱，前方仗还在继续打，高翰文解军粮至胡部堂军营，胡部堂对高翰文直言“你不该出来当官”，“圣人的书是拿来给别人看的，拿来办事是百无一用”，却替高翰文想好了脱身求生之法，可见胡部堂不仅眼光老到，还心存和善，是个极致的领导。高翰文完全信服，自请槛送京师，杨金水派芸娘一路跟随。这也是杨金水自己践行了他对沈一石说的“对上面要忠，交朋友要义”，这个人非常有意思，值得琢磨。而台州卫军营安排军眷之事，倒为严肃的本剧增添了一段有意味的插曲。戚继光赏识齐大柱，留他做了百户长，胡宗宪向他赠了佩剑，以示恩赏。
第十七集：嘉靖召对胡宗宪
浙江的情状报进宫，嘉靖估摸了浙江官府上下贪墨数额的大致，堪称“触目惊心”，召胡宗宪进京入宫问询，再提之前新安江决堤之事，胡宗宪奏陈，出于稳定大局，不宜细查兴狱，嘉靖以为公忠体国，同意暂时按下不表。此番奏对，足以表明嘉靖的信息来源是最全的，对群臣每日之事也很了解。胡宗宪退下后，吕芳在回答嘉靖问话时，把胡宗宪比作辛苦艰难的媳妇，对此新论嘉靖也表示赞成。在嘉靖的授意下，胡宗宪带着账册去看严嵩，八十一的老师、五十六的弟子，情况还是颇动人的，严嵩也说，自己像个媳妇。
第十八集：内阁及浙江人事调整；李时珍为海瑞“开方”续嗣；郑、何将沈一石作坊卖与徽商
浙江案首先导致了两起高层人事调整，首先是严世蕃退出内阁，嘉靖使出缓兵之计，连高、张一并除去，并让徐阶实领内阁其事。郑泌昌、何茂才既然爆了雷，则由赵贞吉调任浙江，海瑞、王用汲协助办案。
第十九集：逮拿郑泌昌、何茂才
郑泌昌和何茂才借着织造局的底子，把一批徽商牵扯进来了，他们是胡部堂的乡谊，自然就想拖胡宗宪下水。胡宗宪向赵贞吉叹道“家国不分，是我大明致命之弊”，这实在是一语中的。
第二十集：海瑞审案
海瑞连夜到臬司衙门大牢提审郑泌昌、何茂才，按赵贞吉赵中丞的意思，请来杨金水旁听，杨金水带了四个锦衣卫来，听着听着杨金水直接晕厥。海瑞审案目的清楚、思路清晰，高坐堂上，巍然如峰。
第二十一集：杨金水装疯，戚继光获抗倭第六次全胜，海瑞正面交锋赵贞吉
海瑞决心彻查此案，王用汲决心跟随。这一集，海瑞承认了王用汲是“友”，以家人相托。王润莲是一个真正清正的人，两人是在浙江相互扶持，而海瑞既然托以家人，就证明他已经明白兹事体大，他已经看出赵贞吉的立场和为人，做了扼要的分析，因此想做最坏的打算。结果，赵贞吉却和锦衣卫达成共识，把转移了钦犯。这里，是海瑞和赵贞吉的第一次正面交锋。赵贞吉水平毕竟是很高，作为“理学之士”，他搬出“不在其位、不谋其政”的宝剑，更讽刺海瑞“站在岸上观船翻”，是“以博直名”，“大忠似伪”。话语尖酸刻薄。俗语言“大奸似忠”，大奸、大忠都与一般人相差甚远，都难以为人理解，更容易遭人误解，想做点实事，实在艰难！难能的是，遭到这样毒辣的嘲讽与指摘，海瑞纵使心里百转千回，却保持了话语的平静，实在是胸中有丘壑。
第二十二集：海瑞与胡宗宪的会见
海瑞奉令到胡部堂军营，胡部堂翻《全唐诗》向海瑞赠诗，这是两个心底存大公之人的相见，可谓光明磊落。海瑞向胡部堂求教了三个问题，事实上胡宗宪一个也没有正面回答，逐个以正当理由挡回。胡宗宪心里存事太多，许多话隐衷更是无法言明，海瑞既然得不到答案，只能依靠自己了。浙江查案的情况报进宫，吕芳评价杨金水，“要说坏比谁都坏，要说他好比谁都好”安顿了高翰文和芸娘，决定押杨金水进京，让赵贞吉署理江南织造局的差使，负责筹措军需，让谭纶署理浙江按察使，会同办案。
第二十三集：再审郑泌昌、何茂才
审郑泌昌、何茂才牵涉到多党派的人、多方面的利益，赵贞吉说，“倒严就不能牵涉皇上”，这是本案的关键问题，也导致赵贞吉、谭纶与海瑞的审案原则相左。郑、何决心拼死自保，郑放言：“文官袍上织的是禽，武官袍上绣的是兽，穿上这身袍服，你我哪个不是衣冠禽兽”，大论俸禄之低。（后来海瑞还算过账：一个庄户人家，一年穿衣吃饭也不过五两银子）何茂才顶不住海瑞审案的压力，招供了毁堤淹田的实情。
第二十四集：浙江呈报供词
海瑞指出，皇室及官僚机构耗费巨资，而“小民百姓能耕之田不及天下之半却要纳天下之税”，这是大明的经济结构性矛盾。收到浙江所呈供词，吕芳不敢上交，找来严嵩和徐阶开了个三方会谈。嘉靖对所有宫中人的动向了如指掌，召对陈洪问起供词，早图上位的陈洪玩了个心眼，背地里给了吕芳一刀，嘉靖遣吕芳去修“万年吉壤”（永陵），让严嵩回家养病、徐阶住进内阁值房，陈洪掌司礼监印，决定闭关半个月，等候杨金水押解进京。这是嘉靖端坐高处，观望全局，静待其变。
第二十五集：陈洪逞下马威，嘉靖出诗谜，严家父子会谈
内阁不允许百官入内呈件，张居正却借军情紧急之义，当着司礼监的人的面见到了徐阶，掌握了第一手政治信息。而陈洪却拿起印章称霸王，在司礼监大谈规矩、大逞能耐，在内阁值房想和徐阶两人就完成票拟披红，陈洪想另立规矩，想混合名义和实际、把默契掀穿，徐阶却是个不逾矩之人，“苍苍者或化而为白矣”，道行远在陈洪之上，将陈洪挡了个十足十。嘉靖派黄锦送御笺让徐阶猜诗谜：“北国有佳人，绝世而独立。一见倾人城，再见倾人国”。徐阶答以“好自为之”。内阁发生的事情一个时辰就传到了严嵩耳中。这是严嵩少见的与严世蕃坐下来深谈，当然这也是严党遭逢的一次重大危机，严嵩不得不出计相救，计策的核心就是“倭寇不能不剿，不能全剿”。
第二十六集：戚继光获抗倭第八次全胜，海瑞再审郑泌昌、何茂才
上面急递要求重审，期限紧迫，海瑞利用两天时间，从外围突破了毁堤、通倭案，找到了关键证人，重新出具了一份供词。
第二十七集：杨金水押解进京
杨金水终于押解进京了。进宫前，先在陈洪挨了一顿测试，王劲松老师是真敬业、真演员。到了嘉靖面前，杨金水终于开口了。嘉靖听了杨金水的发言，把他送到了朝天观。
第二十八集：吕芳回宫；嘉靖召严嵩、徐阶看青词
嘉靖派黄锦唤回吕芳，同时写下诗句送陈洪：“行到水穷处，坐看云起时”，陈洪遂找到芸娘，准备安排她归处。嘉靖召吕芳看供词，对吕芳还算耐心，话都讲得明白，又叫吕芳参详“乾卦”，说“乾下”指的是海瑞，评价他是个“至阳至刚之人”。本日召见内阁两位辅臣，徐阶也享受赐座待遇，嘉靖看了二位的青词，对徐阶的青词高度评价。
第二十九集：浙江贪墨案具结
海瑞送上来的供词，只有海瑞一个人的封口，嘉靖将它烧掉了，想限制打击面，并让高翰文官复原职。严嵩奏请鄢懋卿南下巡盐；并翻出了齐大柱“通倭”旧事，意图挽尊。高、张在裕王府得知烧供词一事，张居正明白了事由，说赵贞吉“太世故了”；高拱则直言“是无耻”，就是看出了赵贞吉、谭纶在浙江贪墨案上态度暧昧、明哲保身，只让海瑞冲在前面试探圣意。这里也可看出裕王三位帝师，徐阶隐忍，高拱硬直，张居正睿智。黄锦去把芸娘放回了江南，走了芸娘，高翰文才知道惋惜。
第三十集：海瑞辞官后重新理事；第九次台州大战
浙江案如此办结，海瑞心里失望，递交了辞呈回到淳安，底下的人却生事，执行苛政，准备抢老百姓生丝还粮，海瑞起而为民争，不得不重新穿起官服，把省里的公文撕掉了。