专栏/进化树构建与节点名批量修改

进化树构建与节点名批量修改

2022年10月25日 15:37--浏览 · --点赞 · --评论
粉丝:199文章:102

今天介绍的小工具是Context_processing的ptree_rename功能,主要用于批量修改进化树节点的名称。

提到进化树,必然需要提到如何构建进化树,因此本文将从进化树构建开始介绍。

一、构建进化树

创建包含氨基酸序列的fa文件,然后选择MEGA的Open A File/Session选项,打开选择文件对话框(图1)。

图1

选择自己的文件,会弹出MX: Alignment Exploer窗口,显示如下(图2

图2

接下来,选择Align by Clustalw选项(图3),会弹出图4的对话框,根据自己的需求进行设置,设置好后选择‘OK’进行多重比对,接下会生成比对结果Data-Save Session,按图5步骤保存为meg格式的文件

图3
图4
图5

选择PHYLOGENY选项的Constuct/Test Maximun Likelihood Tree选项(图6),其中Test ofPhylogeny选择Bootstrap method选项(图7),其中No.of Bootstrape Replications选项选择默认的2000即可,其他为默认选项,点击OK,即在TreeExplorer显示生成的树结果(图8)。


图6

图7
图8

点击该窗口的File-Export Current Tree(Newick)即可将生成的树文件保存(图9),生成后缀名为nwk的文件。


图9

在本图中可以发现以LITCH开头的节点名称,是文章中需要修改的。当然,如果只有一个那么直接在nwk文件中选择即可修改,但是有几十个的时候该如何高效正确的修改呢?当然,首推的就是本软件的ptree_rename功能(批量修改树文件)啦。具体操作步骤如下:

如本图10所示,T4_1_3.nwk即为生成的树文件。本文共需要48个节点的名称,即将LITCHI开头的文件全部转换为LcWRKY开头。那么,首先选择“Daily work-Genome_relate”选项弹出对话框,选择其中ptree_rename选项。将你需要修改的树节点以单列的形式列出,其后第二列为修改的名称(图10的“5”),注意,每行需要一一对应。接下来,将T4_1_3.nwk(图10的“1”)拖入匹配文件文本框,将包含修改名称的文件(图10的“2”)拖入检索文件文本框,接下,将结果文件(图10的3)拖入输出文件文本框,is save复选框(图10的“4”)勾选上即可。点击process。接下来,就会输出修改后的nwk文件,再将该文件导入到MEGA中即可进行进化树绘制。


图10

注意:本软件的结果预览部分还会显示该节点是够被修改,如图11所示,如果为T则是修改,如果是F则表明原始nwk文件中不包含该节点。


图11

将修改后的nwk文件导入的R脚本中即可生成精美的进化树图片如

三 惯例小结

万事开头难,希望能够在B站实现个人生信知识的分享

另外,进一步推广一下我开发的相关软件,Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件。文末是本公众号在其他平台的账户,也欢迎大家关注并多提意见。

简书:WJ的生信小院(已经开始更新啦)

博客园:生信小院(开始更新啦)

最后,也欢迎各位大佬能够在本平台上:1传播和讲解自己发表的论文;2:发表对某一科研领域的看法;3:想要达成的合作或者相应的招聘信息;4:展示自己以寻找博后工作或者博士就读的机会;5:博导提供博后工作或者博士攻读机会,都可以后台给笔者留言。希望本平台在进行生信知识分享的同时,能够成为生信分析者的交流平台,能够实现相应的利益互补和双赢(不一定能实现,但是梦想总得是有的吧)。


投诉或建议