作为宇宙飞船核心，帝国和同盟两国所使用的聚变反应堆基本构造没有区别，都是通过重力控制技术在反应堆内形成5万G-10万G的超高重力场，当燃料注入到反应堆后，会因为发生缩塌现象而产生聚变反应。作为反应堆燃料的氢，以金属氢的形态存储在超重力容器内。在需要长时间在通常宇宙空间中航行时，当航速超过光速的10%后，装备了巴萨德冲压发动机的飞船会在飞船周围展开数百公里电磁网以捕获氢原子作为燃料，以减少飞船上搭载燃料的消耗。

同盟军的埃阿斯级大型舰队都安装了巴萨德冲他发动机

       在人类还在探索太阳系的时代，宇宙飞船采用的是火箭引擎，高速喷射作为推进工质的气体以此获得推力。推进工质的质量越大，推力也就越大，经过多次的加速最终让飞船的速度达到光速的5%。另一方面，在航行中如果推进器短时间启动话，获得的微小推力可以用于在变更运行轨道或者战斗时的机动。

进入地球轨道的航天器，此次的任务是航向木星的卫星伊奥

第一艘恒星间宇宙飞船，此次的任务是航向半人马座阿尔法星

当人类航向星辰大海的时候，一直到帝国和同盟共存的现在。宇宙飞船的推进原理和一千多年前一样，没有任何改变，只不过因为科技的不断发展，已经变为向反应堆注入推进剂，推进器受热膨胀变成超高温等离子体，然后在电磁场的控制下由推进器喷口高速喷射。同样利用电磁场控制推进工质的流向，可以使舰艇在不需要调头的情况向后航行或者左右上下平移。

可以从推进工质的颜色判断航速的快慢

正在向后航行的伊谢尔伦革命军战舰

而飞船所使用的推进剂，帝国和同盟大多选择纯水。一方面获得手段非常容易，另一方面稳定的物理性质使得储存和运输都没有什么危险。至于推进剂在反应堆的热传递结构，同盟军战舰采用的是向反应堆注入推进剂以获得推进工质的“直接循环”结构，而帝国军则是采用了在反应堆和推进器之间增加一个热交换机，利用这个热交换机加热推进剂的“间接循环”结构。而帝国军之所以会采用这种结构，是因为帝国军的战舰大多搭载了大气层内航行系统，为了执行镇压境内的叛乱和占领同盟的行星，帝国军战舰拥有突入和脱离类地行星大气层的能力，当在大气层内航行的时候，设置在战舰两舷的进气口就会吸取空气，在反应堆加热后作为推进剂使用，这个时候，为了不让一同喷出的放射性物质污染大气层，就需要间接循环结构的热交换机了，但是仍然残留的少量放射性物质，所以帝国军战舰还安装了放射性物质回收装置。这套热交换机包含辅机在内的质量和体积都非常大，所以得细心的调整推进器出力避免推进重心的失衡。在同盟这边，民用商船大多也采用间接循环结构。

同盟军标准战舰的纯水罐

一旦动力部受损基本就宣告了这艘战舰的死刑

帝国军战舰可以自由进出大气层

没有大气层进出装置的同盟军战舰就只能表演火流星了

而像斯巴达尼恩宇宙战斗艇为代表的小型战斗艇的动力，因为体积的限制不可能搭载采用重力控制技术的超重力反应堆，所以大多依旧采用古典的氘核聚变反应堆。而让氘-氘聚变反应需要1亿度以上的高温，所以必须依靠母舰的能量供给。当反应堆启动后，利用电磁约束超高温的等离子体产生持续的聚变反应。采用氘核聚变反应堆的新型王尔古雷，机内装载的燃料足够维持72小时以上的聚变反应。

前期型王尔古雷用的还是化学燃料引擎，后期型已经更换为了聚变反应堆