1858年爆发的这场战争是在以贝尼托·胡亚雷斯为首的拥护新宪法、拥护改革的自由派和反对新宪法、反对改革的保守派之间展开的。经过三年的艰苦奋战，以自由派的胜利而告终。墨西哥历史上称之为“三年内战”或“三年改革战争”，也称“革新战争”。

独立战争赶走了西班牙殖民者， 但是国家的政权落到以高级教士、大地主、反动军官为代表的保守派手中。他们结成联盟，在墨西哥实行残酷的封建统治。

教会以它的财富和特殊的社会地位， 成了保守势力的核心。独立战争以后，教会获得了大量土地，墨西哥可使用土地的二分之一都是教会的财产。到改革战争前，几乎所有的土地都归教会所有了，教会成了墨西哥最大的土地所有者。此外， 教会在城里还有大量的不动产，他们经营矿场、制革厂、造船厂、陶瓷厂、面包厂等等，不少教士是高利贷者、银行家。教会利用各种手段攫取社会财富， 它的年收入远远超过墨西哥的国库收入。教会有不少封建特权，例如，教士犯了法， 国家不得审判， 要由教会的特别法庭处理。教会对人民群众进行着封建剥削和压迫。教徒必须向教会交纳什一税， 不管是牛、羊、谷物还是干鲜果品都得按十分之一交税。教会对婚、丧、洗礼等事项也要征税， 并无偿地役使劳动人民为教会修建华丽的教堂等。教会还控制着教育， 学校课程的设置要由教会安排。人们只能信奉天主教，谁对教会稍有不服就会受到残酷地迫害。

经营甘蔗、棉花、玉米和肉类等种植园的墨西哥大.地主， 是教会的同盟者。他们采用债役制等形式对农民实行残酷的封建剥削。

墨西哥一些高级军官， 因在独立战争中有功而分得大量土地，不少人成了大地主。频繁的军事政变，又产生了一批批的新军官。不少富人由于羡慕军人的特权，常常随意穿上一套军官制服，冒充军职，混入军官队伍之中。因此墨西哥的军官和士兵数量很不相称，有的部队甚至军官多于士兵。很多军官不懂军事或者懂得很少，他们侵吞军饷，过着奢侈的生活。

教会、大地主和反动军官勾结在一起，操纵着国家的政权。对于那些不顺从他们意志的政府或总统， 就随意将其推翻或撤换掉。他们的封建统治， 使广大劳动人民的生活痛苦不堪， 同时也严重地损害了新兴工业企业家、商人、甚至自由主义地主的利益， 影响了国内资本主义的发展。

因此，自墨西哥独立以来， 自由派一直为限制教会、军队的特权进行斗争。1824年宪法提出过撤销宗教裁判所、剥夺教会在国民教育方面的垄断权等一些限制教权的措施， 但基本上未触及他们的封建特权。直到1855年阿尔瓦雷斯领导的“阿尤特拉”革命胜利以后， 保守派才受到了比较沉重的打击。胡亚雷斯法、莱尔多法的实施，直接把斗争的矛头指向教会和军.队， 明确提出要限制他们的特权和财产。特别是由胡亚雷斯、奥坎波等自由派领袖参与制定的1857年宪法，进一步明确地提出了禁止教会拥有不动产、限制宗教界人士参与政治等事项。

胡亚雷斯担任总统以后， 继承了自由派的光荣传统，并把这场斗争推向更新阶段。他认为，要使墨西哥真正摆脱西班牙殖民者的奴役，真正摆脱教会、大地主和反动军官的剥削和压迫， 必须建立法制、厉行改革。因此他一面指挥对保守派作战， 一面推行立法工作，他和奥坎波等政府成员一起， 以1857年宪法为基础，分析研究了以往的法律、法令， 经过认真的讨论，制定了墨西哥历史上著名的《1859年墨西哥社会改革宣言》，也称《改革法》。

《改革法》指控保守派——教权集团是内战的罪魁祸首、是墨西哥人民的主要敌人。指控他们“为了维护殖民制度遗留给他们的利益和特权，可耻地利用手中的钱财所造成的权势以及圣职执行者的地位，在国内四处煽动，挑起了这场骨肉相残的血腥战争。”《改革法》宣布， 无偿没收教堂建筑物以外的教会的全部土地财产，把收归国有的教会土地，分成小块出售给农民，废除什一税和教会其它捐税，废除教会和军队的特别法庭， 解散男修道院。还宣布宗教信仰完全自由， 重申政教分离， 国家掌管教育和其它民事事务，政府对宗教事务进行干预等等。

改革法比1857 年宪法、莱尔多法更全面、更完善、更进步，特别在明确提出了要没收教会的财产归国有、明确规定教会在国家中的地位以及打算解决土地问题等方面， 都较以前的斗争更深入了一步。一位历史学家是这样评论的：“伊瓜拉计划使我们摆脱了西班牙的统治，阿尤特拉计划使我们挣脱了圣安纳的独裁，1857年宪法则为我们清除了很多弊病，但我认为与 1859 年宣言相比， 这一切无不相形见绌。”还有一位历史学家说：“改革法使墨西哥的历史进入了一个全面飞速进步的新时期， 这种进步在社会活动的各个方面都有充分的表现。改革法使社会这个有机体发生了结构上的改变，它完善了国家机构，健全了这些机构的职能。”

保守派极端仇视和憎恨胡亚雷斯的所作所为。他们依仗自己强大的军事优势， 发动了一次又一次的军事进攻，追击和围剿胡亚雷斯及其政府，但胡亚雷斯相信自己的事业是正义的，所以在强大的军事威胁面前，他始终沉着镇定临危不惧， 怀着必胜的信心指挥着自由派军队与保守派进行艰苦的战斗。

    内战一开始， 胡亚雷斯受到很大挫折。由于大批正规军倒向保守派政府， 胡亚雷斯只得以国民卫军和游击队为核心，重建自己的武装部队，但新建的部队缺乏训练、不懂军事、没有严格的组织纪律、武器装备也很差，特别是指挥官缺乏战斗经验。因此，第一次同敌人交战就打了败仗。这使不少自由派领袖惊慌失措，但是胡亚雷斯却鼓励战友们说：“先生们，不必惊慌，他们只不过动了我们一根毫毛。”初战的胜利使保守派得意洋洋，他们乘胜追击胡亚雷斯的军队，直逼克雷塔罗城。克雷塔罗的危急形势， 迫使胡亚雷斯不得不将政府所在地迁往哈利斯科的瓜达拉哈拉城。新政府到达该城时， 受到了热烈的欢迎。这使胡亚雷斯及其部长们十分宽慰，他们准备将政府长期设在这里，直到国内恢复正常秩序，举行大选。但是，还未等他们站稳脚跟，新政府军中的兰达中校就率领部下反叛政府。他们从驻地向政府大厦进发。胡亚雷斯总统亲自布置了保卫措施，但是出人意料，负责保卫政府大厦的卫队也宣布倒戈。他们高喊着“打倒宪法”的口号， 把兰达的部队迎进政府大厦。两支叛军合兵一处，冲杀着、呐喊着直奔会议大厅， 把正在开会的胡亚雷斯总统及其部长们全部抓获。事变的消息立刻传遍全城， 忠于新政府的两名军官首先率部赶来援救总统等人， 其它部队也闻讯陆续赶来， 纷纷加入救援部队。他们与叛军展开了激烈的巷战， 城内到处都响起了密集的枪声。叛军担心寡不敌众， 有被歼的危险，于是他们威逼胡亚雷斯，要他下令停火，然而总统宁死不屈，断然拒绝。正当双方为停火问题举行谈判时，有两名国民卫军的指挥官，出其不意地袭击了政府大厦， 企图将总统救出。叛军首领见此情景， 下令立即枪决胡亚雷斯及其部长们。一群士兵狂喊着“枪毙胡亚雷斯”的口号， 把枪口同时对准胡亚雷斯的胸膛。总统面不改色、从容不迫地走近那群士兵，等待他们开枪。就在这千钧一发之际，财政部长、自由派诗人吉列尔莫·普列托挺身而出，用自己的身体挡住了总统，并厉声谴责那些士兵，向他们晓以大义， 说明应当尊重代表共和国和宪法的总统。在他的申斥下，士兵们慢慢放下了枪，纷纷退出总统办公室。胡亚雷斯一直镇定自若、毫无惧色，待士兵们撤走以后，他回到办公桌旁继续工作，好象刚才什么事情也没发生过。

瓜达拉哈拉城的危险并未解除。胡亚雷斯改变了原来的设想， 准备把政府迁至墨西哥东部港口城市韦腊克鲁斯。一天晚上，总统的车队离开瓜达拉哈拉，但是出城不久便被一群叛军发现了。他们摇旗呐喊、冲杀过来把车队团团围住。面对这群气势汹汹的叛军，胡亚雷斯并不害怕。他命令把车停下来，自己下了车，一声不响，双臂交叉抱在胸前，等着他们开枪。总统大义凛然、视死如归的英雄气概， 使那帮叛军茫然不知所措， 很快就四散逃走了。总统一行继续赶路。他们自太平洋沿岸的曼萨尼略取道海路，绕过巴拿马、经新奥尔良、哈瓦那，终于到达了韦腊克鲁斯城。

    韦腊克鲁斯是墨西哥的重要港口城市。它东临墨西哥湾，海上有圣胡安德乌鲁阿要塞与其遥遥相望，成为大陆上的天然屏障， 韦腊克鲁斯可以凭借要塞的炮台防御来犯之敌。该城还是墨西哥的一个重要商港，外国的商船都在这里停靠，外贸活动十分活跃。因此这座城市历来都是兵家必争的战略要地。韦腊克鲁斯的人民热爱自由，有着光荣的斗争传统，当西班牙征服者刚一踏上这个港口时，他们便进行了英勇的反抗；在推翻西班牙殖民统治的独立战争中、在反对美国并吞墨西哥领土的战斗中， 这里的人民都作出了自己的贡献。现在，保守派要在墨西哥恢复教权、建立君主制政体要把祖国前进的车轮拉向倒转时， 韦腊克鲁斯的民众又坚决站在自由派领袖贝尼托·胡亚雷斯总统一边， 为祖国的自由而战。该州州长曼努埃尔·古铁雷斯·萨莫拉， 对胡亚雷斯政府更是忠心耿耿。为总统一行的到来， 他精心组织了一个盛大的欢迎仪式。当总统乘坐的船只刚一驶近这座美丽的城市， 便受到了全城居民的热烈欢迎。穿着节日盛装的居民， 划着彩船在水上迎候总统；国民卫军身着阅兵制服，排着整齐的队伍，举枪向总统致敬。“胡亚雷斯总统万岁！”“共和国万岁！”“五七宪法万岁！”“自由万岁！”“国民卫军万岁！”的口号声此伏彼起， 响彻云霄。贝尼托·胡亚雷斯总统在盛大的欢迎仪式上向全城居民保证： 只要一息尚存，就要为重建祖国的和平、独立和自由努力奋斗。

    从1859年起，保守派政府的反动将领米格尔·米拉蒙率部两次征讨韦腊克鲁斯城。第一次， 他率领包括步兵、骑兵和炮兵的大队人马，企图包围共和国的临时首都。州长古铁雷斯·萨莫拉严密地布置了城防，作好了充分的御敌准备。当米拉蒙的部队开始围城时， 州长一面命令海上的圣胡安德乌鲁阿要塞向敌人开炮，一面指挥政府军在炮火的掩护下，向敌人发起猛烈冲锋，打得米拉蒙军队大败而逃。不久，米拉蒙重新纠集部队，还调遣了从外国买来的三艘战舰，以水陆夹攻再次攻打韦腊克鲁斯城。在政府军的勇猛打击下，米拉蒙再次遭到失败。

    胡亚雷斯政府武装部队的总司令桑托斯·德戈利亚多自1858年10月起， 就在瓜达拉哈拉一带与保守派军队展开了激烈的战斗。1859年初，他们乘米拉蒙东征韦腊克鲁斯之机包围了墨西哥城， 并想一举破城占领首都。保守派惊恐不安， 城里的高级教士们要求反动军队不惜一切代价保卫墨西哥城。反动军官马尔凯斯率领七千人，配备四十门大炮，袭击桑托斯·德戈利亚多部队在塔古巴亚的驻地。政府军连续三次打退马尔凯斯军的进攻之后弃城后撤。反动军队不敢追击， 于是便野蛮地屠杀俘虏。在塔古巴亚被残杀的一百多人中有伤兵、护理医生，还有普通老百姓， 甚至连未成年的孩子也未能幸免。这次大屠杀事件引起墨西哥人民极大的愤慨， 进一步激发了他们与保守派战斗的决心。

    战斗锻炼了自由派军队，一批指挥官成长起来了，部队的作战能力大大提高了。到1860年10月， 战局开始向有利于自由派的方向发展。自由派军队在指挥官贡萨雷斯·奥尔特加和萨拉戈萨、波菲利奥·迪亚斯、阿尔瓦雷斯的率领下，自北面、南面、西南面对墨西哥城和普韦布拉城形成一个军事包围圈， 并同时发起进攻，保守派政府处在风雨飘摇的境况中。一天晚上，胡亚雷斯答应了妻子的多次请求， 陪她去看一次戏。戏刚开演不久，一个风尘仆仆的军士跑进总统的包厢，交给胡亚雷斯一份战报。胡亚雷斯立即向剧场的观众宣布，米拉蒙和马尔凯斯率领的保守派军队已被击溃，墨西哥城指日可取。剧场里一片欢腾： 大家再也没有心思看戏了.，纷纷走上街头欢呼庆祝。1861年1月 12日，胡亚雷斯总统凯旋墨西哥城。首都人民放起鞭炮、奏起乐器， 抛撒着彩色纸屑和鲜花、高呼着口号，热烈欢迎总统的归来。贝尼托·胡亚雷斯身穿朴素的黑色大礼服，坐在敞篷车上，面带笑容向欢迎的人群频频招手点头。他在演说中激动地说：“公民们， 在合法政府回到原来首都的时刻，我要向你们致意，并和你们一起欢庆由于我军的胜利而重新来临的和平。为了赢得自由， 我们大家作出了巨大的牺牲。我愿你们在和平时期象在战时一样， 表现出伟大的品德。现在比任何时候都更应该尊重共和国和法律！”

胡亚雷斯政府回到首都之后， 及时举行了总统大选。胡亚雷斯当选为共和国总统。接着， 政府追认了《改革法》，同时把墨西哥大主教、主教、教皇使节和西班牙大使驱逐出境。但保守派并不甘心失败， 他们的残余势力还很猖獗，米拉蒙、马尔凯斯等反动军官经常率领残部在地方上滋扰闹事， 有时甚至威胁到首都。他们还千方百计谋杀自由派领袖， 仅1861年6月，一个月之内他们就连续杀害了胡亚雷斯的三名得力助手。胡亚雷斯的好友、墨西哥《改革法》的起草人梅尔乔·奥坎波在自己的庄园被叛军秘密逮捕，于6月3日被杀害。这一不幸消息传到首都， 引起人们极大的愤怒， 复仇的呼声响遍全城。桑托斯·德戈利亚多将军请求议会批准他率领部队去惩办凶手， 不幸他在行军途中中了敌人的埋伏， 被俘后于6月15日也被枪杀了。人们听到这一个接一个的不幸消息， 再也按捺不住心头的怒火，不少人冲向联邦区的监狱，想对被监禁的保守派分子施以私刑， 为死者报仇雪恨。胡亚雷斯的得力助手、城防司令莱昂纳多·瓦列劝说人们要依法办事，不要采取过激行动，但没过几天， 他也落到敌人手中， 未经审讯就被枪杀了。三个自由派领袖的相继遇害，沉重地打击了胡亚雷斯及其政府，但胡亚雷斯未被吓倒， 他怀着无比悲痛的心情指挥着政府军不断追剿反动军队。到1861年秋，反动部队全部被击溃，所剩小股残余也退到了克雷塔罗山区。至此， 历时三年的改革战争宣告结束。