一、SnapGene中的几个View介绍

1.View 1:Map

打开一个质粒图谱文件，在Topology option处选择circular，得如下界面：

可以直观地获取质粒名称、含有的元件以及大小等信息；

2.View 2:Sequence

点击Sequence，得到如下界面：

能够获悉不同元件、区域具体的序列；

3.View 3:Enzymes

点击Enzymes，得到如下界面：

可以知道不同限制性内切酶在该质粒上的识别切割位点位置以及数量；

4.View 4:Features

点击Features，得到如下界面：

这里显示各个已命名片段的一些参数及特点（如位置、大小、功能等）；

5.View 5:Primers

点击Primers，得到如下界面：

这里显示已经标注的各条引物的信息（如引物大小、引物结合区域位置、GC含量、TM值等）；

二、左侧功能按钮

1.show enzymes:显示酶切位点，下拉有多个操作按钮，分别显示序列中不同个数的酶切位点（黑色加粗为单一位点，浅色的为多位点或不含位点）

2.show Features:显示/隐藏功能序列（某些序列如果含有的标注片段较多，显得凌乱，可点此操作）

3.show translation:显示/预测翻译，显示序列可能的编码区（下拉可以调整参数），该功能为预测功能，使用时需结合序列本身的特征（可以借助该功能快速预测lncRNA、circRNA等潜在的编码区）；

4. use 3-letter amino acid codes:显示氨基酸密码子的呈现显示，如Asp-D转换。（相互转换）

三、对片段进行注释

1.添加Feature：选中一段序列，点击菜单栏的Feature——Add Feature,弹出以下窗口：

Feature：给该序列命名；

Type:选择该片段的类型，右侧标识的选择代表其阅读方向；

Color:选择颜色；

2.添加引物序列：

按快捷键ctrl+F,输入引物序列，找到对应的位置

点击Primers——Add Primer，根据引物正反向选择，正向选Top Strand,反向选Bottom Strand:

如图所示：引物已经注释好，点击引物会显示引物的参数信息：

四、多序列对比

点击Tools——Align Sequences,可选择对比DNA序列（Align Mlutiple DNA Sequences)，也可比对蛋白质序列（Align Mlutiple Protein Sequences):

输入需比对的DNA序列，点击Align，弹出的窗口就是比对结果；

四、测序结果对比

点击该功能键，随即弹出文件选择窗口，选择测序结果文件（可支持abi文件导入，能直接查看峰图）：