说在前面

跨物种无参转录组分析之所以重要，主要基于以下几个方面的原因：

 一、研究未知或基因组信息不完整的物种

1. 缺乏参考基因组：许多物种的基因组尚未被完全测序或注释，这使得传统的有参转录组分析方法无法直接应用。通过无参转录组分析，可以绕过这一限制，对这些物种进行深入的转录组研究。

2. 探索新基因和转录本：无参转录组分析能够检测到新的转录本和未知的RNA分子，这对于揭示物种特有的生物学特性和进化机制具有重要意义。

 二、理解生物多样性和适应性

1. 比较转录组学：跨物种的无参转录组分析允许研究人员在不同物种之间进行比较，从而识别出与特定生态位适应、疾病抗性或其他表型特征相关的基因表达模式。这种比较有助于我们更好地理解生物的多样性和适应性。

2. 进化生物学研究：通过分析不同物种之间的转录组差异，可以推断出它们在进化过程中的关系以及可能的进化路径。这对于理解生命的起源和演化具有深远的意义。

目前，针对跨物种转录组分析的流程及方法主要有以下几种：

1.  没有参考基因组的物种，直接使用近缘物种的基因组作为参考。

这篇文章 JOURNAL OF MAMMALOGY Q2 3区 IF=3.3

这篇文章 Animal Genetics Q2 3区 IF=1.9  2018年

评价：直接使用近缘物种的基因组作为参考的转录组文章，最近几年的发表水平比较低，不再建议使用近缘种基因组作为参考序列。

2. 有参考基因组（模式物种）--基因对应表映射

这篇文章 Journal of Comparative Neurology  Q3 4区 IF=2.1  2023

这篇文章 Nature Ecology & Evolution  Q1 1区 IF=13.9 

评价：使用基因对应表映射十分依赖组装，注释的非常好的基因组。

3. 使用双向最佳比对基因集

这篇文章发表在Intergrative Zoology上，中科院1区，2022年。总体水平较高。

这个双向最佳比对（RBH）方法在TBtools中就可以实现，可以说非常方便了！

4. 使用单拷贝直系同源基因集

这篇文章发表在Scientific Report Q1 2区 IF=3.8 2019年。

评价：这个方法也是比较好的，可以和双向最佳比对（RBH）媲美，分析时可以全都采用来比较孰优孰劣。

这篇文章发表在 BMC Genomics Q2 2区top IF=3.5  2023年

评价：总体来说，这个方法和单拷贝直系同源基因集基本一致，认可度也是较高。

由此，推出跨物种转录组分析专题，包含无参转录组和有参转录组的比较，以及RBH和单拷贝直系同源法的比较。

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