感谢up分享，根据视频做了一些笔记。
语雀笔记（包含所有图片）：https://www.yuque.com/zhongtang-lhbfe/fr733w/qqg3ltrr5on05qvm?singleDoc#
软件资料准备：
中国药典：
链接: https://pan.baidu.com/s/1yORSE-Cs2trnMj6zrkEmQw?pwd=gvjw 提取码: gvjw
SPSS26：
链接: https://pan.baidu.com/s/1Bz7UGjpgSOiofSWUZBeGtg?pwd=iihc 提取码: iihc
安装教程：https://zhuanlan.zhihu.com/p/687818536?utm_psn=1783456415652671488
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背景介绍
什么是数据挖掘
统计、在线分析处理
网络药理（在中医中做的最多）
强调对信号通路的多途经调节，多成分多靶点实现——中医整体观
一个中药——有多少成分（ADME）——有多少化合物——有多少药物靶点——有多少疾病靶点
药物的发现和疾病的发现
分子对接（只用来作图就好了）
受体和药物分子之间的相互作用
锁钥模型——一把锁一把钥匙开始
论文案例
数据挖掘
《邓高丕治疗子宫内膜异位症用药规律的数据挖掘研究》——中文核心
以门诊处方为数据来源
结果部分（最重要）：频次统计；四气分析、五味分析；聚类分析；复杂网络分析
《基于数据挖掘技术探析中医药治疗中晚期非小细胞肺癌的用药规律》
以知网文献做数据来源
结果：频次分析、关联规则、聚类分析、复杂网络、因子分析
《基于古今云平台分析针刺治疗中风后认知障碍选穴规律》
结果：频次分析、关联规则、聚类分析
总结：
选择处方/文献，进行录入筛选，将可用的数据进行分析；将结果可视化（表格）
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具体操作：
网络贡献与关联规则制作：
前期数据准备展示：（20条数据展示）
重点做处方的分析
SPSS——矩阵数据（N=无，Y=有）
事务性数据（让所有的数据竖向排列）
事务性数据转换矩阵
注意：有别名的药物，要根据中国药典，把中药名标准化
建立透视表——完成后一定要备份！！每一步文件都要备份！原始数据不变！
①选中数据
②选中插入数据透视表
③数据透视表字段
透视表转换矩阵（制作总表）
①全选所有的复方信息字段
②ctrl+G呼出定位，定位条件选择空值
③输入框里输入0，ctrl＋enter，所有空白值将都变成0
总表完善
利用替换功能，把0替换成N，1替换成Y。
SPSS-Modeler利用矩阵做网络贡献和关联规则的分析
①选择源，点击Excel，更改文件类型，导入文件，选择矩阵所在的具体sheet
②字段选项中选择类型，右键建立连接，点击类型进入，右键全选，在测量左键全部选成标记，角色全部选择任意；点击读取值（容易出现问题，重复字符处理，矩阵第一行是否有重复的第一行）
③在下方字段中，选择图形-网络，右键将“类型和网络建立连接”；
④点击网络，导入类型的数据全选，勾选仅显示true值标志；选择强链接教粗
⑤设置可显示的最大链接数（永远不会大于处方个数，设置为处方数即可）；弱链接，强链接上限设置根据实际情况设置；输出注解默认即可；点击运行。
⑥点击建模-关联，选择Apriori算法进行关联规则的计算
⑦将算法拖上来，右键类型与算法链接
⑧具体设置算法，支持度（药对出现的频率）和置信度（当两个药物组合，A药出现B药也出现的概率是多少——需要查文献）；其他默认选择，点击运行（从小到大调试）
⑨关联规则图已出，复制出来即可
聚类分析具体制作（选择频数前20-30的制作聚类）
①回到0,1的总表；将总计一行删掉，复制出来成为聚类的新的表格；将总表转置换，并排序；选择前20味中药
②打开SPSS Statistics；打开数据，导入“聚类”文件
③打开变量标注，确定度量标准为0/1，角色为输入
③在数据视图点击分析-分类-系统聚类
④聚类方法选择-组间联接；区间选择Pearson相关性，其他选择默认；点击确定开始输出
⑤出图后，可直接复制到PPT或者Word；在20节距添加竖线（PPT内操作即可）；红线右侧的横线就代表即为多少聚类
频数四气五味归经的可视化（以中国药典为主）
数据转化
①将总表数据转换，第一列是频数，第二列是中药，第三列是性味，第四列是归经
②频数制作（归经与四气五味操作类似）； 将第一二列排序，将第一列综合相加即为总计；单一药物出现频数除以总频数，即可知道频数和占比
可视化：
三线表制作
【R语言数据分析和论文三线表制作】
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彩图制作：以频数气泡图为例
①使用制图网站:镝数图表-在线动态图表工具-零代码数据大屏可视化-https://dycharts.com/
②点击图标模板，分类聚合，气泡图；点击编辑数据，将自己的数据考进去
③编辑图标，分类-药物分类，名称-药物，数值-频数占比都可以，根据自己要求更改标题，附加信息全部不要；设置好下载即可
④使用雷达图，制作四期五味归经
网络贡献图美化（使用SPSS model＋Cytoscape）
数据准备——准备两个Excel文件
①SPSS model中做好的初步网络贡献图，复制到记事本中；
②从记事本转移到excel中；
③点击选项卡-数据-分列；用分隔符号分列；选择空格；第三步选择默认，点击完成
④保留两列药，一列频数；找出前后项有相同的药物，点击开始-条件格式-突出显示单元格规则
⑤保留前三列，所需文件——第一个表格
⑥把前两列变成一列，第三列是频数（为前期数据准备的频数，不是第一个表格的频数）——第二个表格
数据导入
第一个input文件导入
①打开Cytoscape，点击File-import-Network from File
②打开后选择meaning-node(绿色标识)
③第二个选Target（橙色标识）；选择完后点OK
第二个input文件导入
①点击File-import-Table from File，打开第二个input文件
②打开后选择TO a network collection,其他选择默认即可
③选择TOOls-Analyze Network（分析出一些参数出来），其中最重要的是Degree（所连药物的线条药物越多，Degree越高，药物越核心）
④按照degree筛选，点击左侧Filter-Degree Filter进行筛选
⑤在Style中 根据Layout进行自定义调节，推荐圆形图
