分子对接到底难不难学？分子对接都有哪些软件？ 经过对3000名分子对接科研工作者的调研！初级学会要30天，中级学会要90天，出师要1-2年 难点到底在哪里？ 复杂的体系对接：蛋白-蛋白对接，蛋白-多肽对接，蛋白-多糖对接。核酸-小分子对接，柔性对接，共价对接， 蛋白-水合对接等 分子对接都有哪些软件？ autodock vina,Discovery Studio，schrodinger，MOE等 把autodock vina放在第一位，因为它强大的功能除外，主要是这个软件完全免费开源 看出图效果

看对接目录 背景与理论知识以及工具准备 1.PDB数据库的介绍和使用 1.1数据库简介 1.2靶点蛋白的结构查询与选取 1.3靶点蛋白的结构序列下载 1.4靶点蛋白的下载与预处理 1.5批量下载蛋白晶体结构 2.Pymol的介绍与使用 2.1软件基本操作及基本知识介绍 2.2蛋白质-配体相互作用图解 2.3蛋白-配体小分子表面图、静电势表示 2.4蛋白-配体结构叠加与比对 2.5绘制相互作用力 3.notepad的介绍和使用 3.1 优势及主要功能介绍 3.2 界面和基本操作介绍 3.3插件安装使用 一般的蛋白 -配体分子对接讲解 1.对接的相关理论介绍 1.1分子对接的概念及基本原理 1.2分子对接的基本方法 1.3分子对接的常用软件 1.4分子对接的一般流程 2.常规的蛋白-配体对接 2.1收集受体与配体分子 2.2复合体预构象的处理 2.3准备受体、配体分子 2.4蛋白-配体对接 2.5对接结果的分析 以新冠病毒蛋白主蛋白酶靶点及相关抑制剂为例 虚拟筛选 1.小分子数据库的介绍与下载 2.相关程序的介绍 2.1 openbabel的介绍和使用 2.2 chemdraw的介绍与使用 3.虚拟筛选的前处理 4.虚拟筛选的流程及实战演示 案例：筛选新冠病毒主蛋白酶抑制剂 5.结果分析与作图 6.药物ADME预测 6.1ADME概念介绍 6.2预测相关网站及软件介绍 6.3预测结果的分析 拓展对接的使用方法 1.蛋白-蛋白对接 1.1蛋白-蛋白对接的应用场景 1.2相关程序的介绍 1.3目标蛋白的收集以及预处理 1.4使用算例进行运算 1.5关键残基的预设 1.6结果的获取与文件类型 1.7结果的分析 以目前火热的靶点 PD-1/PD-L1等为例。 2.涉及金属酶蛋白的对接 2.1 金属酶蛋白-配体的背景介绍 2.2蛋白与配体分子的收集与预处理 2.3金属离子的处理 2.4金属辅酶蛋白-配体的对接 2.5结果分析 以人类法尼基转移酶及其抑制剂为例 3.蛋白-多糖分子对接 4.1蛋白-多糖相互作用 4.2对接处理的要点 4.3蛋白-多糖分子对接的流程 4.4蛋白-多糖分子对接 4.5相关结果分析 以 α-糖苷转移酶和多糖分子对接为例 5.核酸-小分子对接 5.1核酸-小分子的应用现状 5.2相关的程序介绍 5.3核酸-小分子的结合种类 5.4核酸-小分子对接 5.5相关结果的分析 以人端粒 g -四链和配体分子对接为例。 操作流程介绍及实战演示 拓展对接的使用方法 1.柔性对接 1.1柔性对接的使用场景介绍 1.2柔性对接的优势 1.3蛋白-配体的柔性对接 重点：柔性残基的设置方法 1.4相关结果的分析 以周期蛋白依赖性激酶 2（CDK2）与配体1CK为例 2.共价对接 2.1两种共价对接方法的介绍 2.1.1柔性侧链法 2.1.2两点吸引子法 2.2蛋白和配体的收集以及预处理 2.3共价药物分子与靶蛋白的共价对接 2.4结果的对比 以目前火热的新冠共价药物为例。 3.蛋白-水合对接 3.1水合作用在蛋白-配体相互作用中的意义及方法介绍 3.2蛋白和配体的收集以及预处理 3.3对接相关参数的准备 重点：水分子的加入和处理 3.4蛋白-水分子-配体对接 3.5结果分析 以乙酰胆碱结合蛋白 (AChBP)与尼古丁复合物为例 分子动力学模拟（linux与gromacs使用安装） 1. linux系统的介绍和简单使用 1.1 linux常用命令行 1.2 linux上的常用程序安装 1.3 体验：如何在linux上进行虚拟筛选 2.分子动力学的理论介绍 2.1分子动力学模拟的原理 2.2分子动力学模拟的方法及相关程序 2.3相关力场的介绍 3.gromacs使用及介绍 重点：主要命令及参数的介绍 4.origin介绍及使用 溶剂化分子动力学模拟的执行 1.一般的溶剂化蛋白的处理流程 2.蛋白晶体的准备 3.结构的能量最小化 4.对体系的预平衡 5.无限制的分子动力学模拟 6.分子动力学结果展示与解读 以水中的溶菌酶为例 蛋白-配体分子动力学模拟的执行 1.蛋白-配体在分子动力学模拟的处理流程 2.蛋白晶体的准备 3.蛋白-配体模拟初始构象的准备 4.配体分子力场拓扑文件的准备 4.1 高斯的简要介绍 4.2 ambertool的简要介绍 4.3生成小分子的力场参数文件 5.对复合物体系温度和压力分别限制的预平衡 6.无限制的分子动力学模拟 7.分子动力学结果展示与解读 8.轨迹后处理及分析 以新冠病毒蛋白主蛋白酶靶点及相关抑制剂为例 如果你想系统学习分子对接请加VX:766728764 或者点击链接查看学习内容:

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