R可视化Metascape富集分析结果
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编辑于 2024年03月06日 22:03
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前面小编给大家分享过Metascape这个富集分析工具,以及使用方法 ☞ 富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

☞ 比DAVID强一万倍的基因注释工具 Matascape做完富集分析之后,会得到很多结果表和图。网站也提供打包下载。如下图所示,分析结束之后,在网页的最上面,会有一个“All in one zip File”, 点击就可以下载。

解压后会看到很多结果文件

但是结果太多,有时候也是一个“幸福的烦恼”,不知道该如何展示这些结果。 最近小编在一篇SCI文章上看到了一种展示Metascape结果的方式

下图是文章中展示Metascape分析结果的图

我们知道Metascape中整合了很多注释数据库,包括GO Biological Processes,Canonical Pathways,KEGG Pathway,Reactome Gene Sets,WikiPathways等等,这篇文章就巧妙的使用了展示GO富集分析结果的方式来展示多个数据库的富集分析结果。就是用不同的框来分开展示每一个类别的富集分析结果。前面小编也给大家展示过,如何展示GO富集分析的结果,我们知道GO富集分析结果也是分成Biological process,molecular function和cellular component三大类。

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

☞ R四种风格展示挑选的GO富集结果

☞ 零代码GO富集分析—一张图展示BP,MF,CC

☞ 【R】四种风格展示DAVID GO富集分析结果

根据这个思想,我们可以套用以前的代码来展示Metascape分析的结果,下面是小编复现的结果。

完整绘图R代码+详细注释见文末

其实这篇文章中很多分析的方法,小编前面都跟大家分析过。

  1.  GEO数据差异表达分析

  2. 本地零代码韦恩图,直接导出发表级pdf图片

  3. PPI(蛋白相互作用网络)利用cytoscape可视化

  4. cibersort结果可视化—热图,堆积柱形图,分组箱型图

完整R代码+详细注释☟☟☟

完整代码+详细注释​