第一性原理计算学习资料链接大全(2020年4月更新)
原创 刘锦程 理论计算科学 2020-04-01 14:20
建议刚入门的同学先看视频：
视频 | 谈谈理论计算如何入门（上）
视频 | 谈谈理论计算如何入门（中）
一、晶体结构数据库和检索工具
(1）ICSD – the Inorganic Crystal Structure Database，无机晶体数据库。
http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html
（2）CCDC – The Cambridge Crystallographic Data Centre，剑桥晶体数据库
https://www.ccdc.cam.ac.uk/
（3） COD – 开放晶体结构数据库（Crystallography Open Database）
http://www.crystallography.net/cod/
（4） Materials Project（强烈推荐）
https://materialsproject.org/
（5） AMCSD – American Mineralogist Crystal Structure Database，美国矿物质晶体结构数据库：
http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php，
（6）AFLOW：
http://www.aflowlib.org/
（7）拓扑材料：
Materiae ：
http://materiae.iphy.ac.cn/#/
Topological Materials Arsenal：
https://ccmp.nju.edu.cn/
Topological Materials Database:
http://topologicalquantumchemistry.org/#/
（8）二维材料：
Materials Cloud：
https://www.materialscloud.org/discover/2dstructures/dashboard/ptable
2D Materials：
https://materialsweb.org/twodmaterials
2D Materials Encyclopedia：
http://www.2dmatpedia.org
Computational 2D Materials Database (C2DB)：
https://cmr.fysik.dtu.dk/c2db/c2db.html#c2db
JARVIS-DFT：
https://www.ctcms.nist.gov/~knc6/JVASP.html
Structure map of AB2 type 2D materials：
http://www.openmx-square.org/2d-ab2/?tdsourcetag=spcqqaiomsg
（9）超导材料：
第I类超导体：
http://www.superconductors.org/Type1.htm
第II类超导体：
http://www.superconductors.org/Type2.htm
（10）磁结构数据库：
MAGNDATA:
http://webbdcrista1.ehu.es/magndata/index.php?show_db=1
（11）声子谱数据库:
http://phonondb.mtl.kyoto-u.ac.jp/index.html
（12）金属表面能与功函数据库:
http://crystalium.materialsvirtuallab.org/
（13）剑桥大学团簇数据库：
http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html?tdsourcetag=spcqqaiomsg
（14）催化数据库：
https://www.catalysis-hub.org/energies
（15）检索化学结构式：
ChemSpider, http://www.chemspider.com/
二、常用计算程序
常用第一性原理计算程序：
VASP：
https://www.vasp.at/
CP2K：
https://www.cp2k.org/
Quantum espresso：
https://www.quantum-espresso.org/
abinit：
https://www.abinit.org/
Castep：
http://www.castep.org/
Materials Studio（Dmol3 or Castep）:
https://www.3dsbiovia.com/products/collaborative-science/biovia-materials-studio/
PWMat：
http://www.pwmatus.com/
ATK：
https://quantumwise.com/documents/manuals/ATK-2017/ReferenceManual/ATKDFT.html
JDFTx：
http://jdftx.org/
VASP等第一性原理计算相关前后处理程序：
VESTA：
http://jp-minerals.org/vesta/en/
VASPKIT：
http://VASPKIT.sourceforge.net/
qvasp：
https://sourceforge.net/projects/qvasp/
VTST脚本库：
http://theory.cm.utexas.edu/vasp/scripts.html
p4vasp：
http://www.p4vasp.at
wxDragon：
http://www.wxdragon.de/
phonopy：
https://atztogo.github.io/phonopy/
phono3py：
https://atztogo.github.io/phono3py/
Atomic Simulation Environment（ASE）：
https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/
Pymatgen (Python Materials Genomics) ：
https://pymatgen.org/
CatMap：
https://catmap.readthedocs.io/
Lobster：
http://schmeling.ac.rwth-aachen.de/cohp/index.php?menuID=6
Periodic NBO：
https://schmidt.chem.wisc.edu/nbosoftware
ssAdNDP：
http://ion.chem.usu.edu/~boldyrev/ssadndp.php
Wannier90：
http://www.wannier.org/
xcrysden：
http://www.xcrysden.org/
ATAT：
https://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/
VASPsol：
https://github.com/henniggroup/VASPsol
ALAMODE：
https://alamode.readthedocs.io/en/latest/intro.html
DDEC charge:
https://sourceforge.net/projects/ddec/
晶体结构预测软件：
CALYPSO (particle swarm， 粒子群算法)：
http://www.chemspider.com/
USPEX (evolutionary algorithm，遗传算法等)：
https://uspex-team.org/en/
AIRSS (random search)：
https://www.mtg.msm.cam.ac.uk/Codes/AIRSS
LASP or SSW（Surface Walking method）：
http://homepage.fudan.edu.cn/fdzpliu/lasp/
三、VASP与第一性原理计算学习相关网站
VASP英文学习资料:
VASP官网documentaion:
https://www.vasp.at/documentation/
VASP wiki：
https://www.vasp.at/wiki/index.php/The_VASP_Manual
VASP workshop 2017年：
http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/VASP_workshop
VASP workshop 2016年：
http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/NERSC_Berkeley_2016
VASP workshop 2014年：
https://wiki.bnl.gov/CFN-Computation/index.php/Workshop2014
VASP workshop 2016年 文档资料链接：
https://pan.baidu.com/s/1w5drGqQtWT6dWznk_l9uig 提取码：6pb5
VASP workshop 2014年 文档资料链接：
https://pan.baidu.com/s/1-Wv6TtAoapS-W1KiA2eh1Q 密码：0nnn
VASPwiki上所有的计算案例：
https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Category:Examples
VASP官方论坛：https://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/forum.php
VASP中文学习资料:
大师兄科研网：
http://www.bigbrosci.com
VASP 0基础入门中文视频资料：
VASP 编译方法：
http://sobereva.com/455
“学术之友”公众号
“VASPKIT”公众号
刘锦程的博客：
http://blog.wangruixing.cn/
k-path点生成网站：
Bilbao：http://cryst.ehu.es/
AFLOW：http://materials.duke.edu/awrapper.html
SeekPath：https://www.materialscloud.org/work/tools/seekpath
费米面绘图软件(Xcrysden也可以)：http://fermisurfer.osdn.jp/
声子模态可视化(PhononWebsite)：
http://henriquemiranda.github.io/phononwebsite/
四、第一性原理计算相关博文与专栏
学术之友微信公众号和知乎专栏：
https://zhuanlan.zhihu.com/gangtangdft
兰一CP2k知乎专栏：
https://zhuanlan.zhihu.com/cp2k-tutorial
一个人就是一个叠加态（Li pai）：
http://blog.sina.com.cn/lipai91
ruichun xiao：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1502061
yunhai Li：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=2909108
jicun Li：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=548663
Pengfei Liu:
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3352196
zheyong fan：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3102863
zhaofu zhang:
http://blog.sciencenet.cn/u/zhangfrank
zhibin gao：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1524047
xiaoxia yu：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3222255
zhiqiang zhao：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3388193
lingju guo：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=478347
Jin-Cheng Liu：
http://blog.wangruixing.cn/
叶小球：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=567091
Nan Xu github：
https://github.com/tamaswells
QijingZheng github：
https://github.com/QijingZheng
Chenists github：
https://github.com/Chenists/VASP
ChengCheng Xiao github：
https://github.com/Chengcheng-Xiao?tab=repositories
ShaoZhengjiang github：
https://github.com/PytLab
Matgenb pymatgen教程：
https://matgenb.materialsvirtuallab.org/
思想家公社的门口:
http://sobereva.com
计算化学公社论坛：
http://bbs.keinsci.com/forum.php
本文部分参考资料：
[1] http://blog.sciencenet.cn/blog-1502061-1130705.html
[2] 学术之友：网页链接
