细胞划痕实验的基本原理是：
在单层生长的细胞上人为制造一个空缺区域，称之为划痕或者伤口，经过后续的培养过程，划痕边缘的细胞会通过迁移作用逐渐移入空缺区域，使空缺区域变小甚至闭合，通过不同时间点记录的图像进行对比，可以对细胞的迁移能力进行定量评估。由于其与伤口的愈合过程类似，也称之为伤口愈合实验（wound healing assay）。
1、划痕实验常见的统计指标
①细胞迁移率：可以用划痕面积和划痕宽度两种方式计算
细胞迁移率=(初始划痕面积-最终划痕面积)/初始划痕面积×100% 细胞迁移率=(初始划痕宽度-最终划痕宽度)/初始划痕宽度×100%。
②划痕平均宽度：可以用划痕面积和划痕高度计算
划痕宽度平均值=划痕面积/高度。
Image J直接测量划痕面积和划痕高度都非常方便，但是直接测量划痕宽度有点麻烦！本文分享的是用Image J直接测量划痕面积和划痕高度，有了面积和高度，也就能直接得出划痕平均宽度了！
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2、标尺校正设置
如果想要测量实际的长度、面积等信息，就必须重新设置Image J长度单位。
这一步骤需要参考图像自带的标尺，进行比例尺校准 。
如下图红框内所示：Image J默认得到的长度单位为pixel（像素），面积单位为平方像素（pixel2）。
标尺校正的本质，其实就是要知道图像的一个pixel对应的实际长度是多少；以及图像的一个pixel2对应实际面积是多少。
找一张已经加过比例尺，且同样放大率的图片来进行比例尺校准。
在Image J内打开这张图片，工具栏选择直线工具，在标尺上沿着标尺画一条直线。
设置比例，点击Analyze→Set Scale
在弹出的对话框内点击Click to Remove Scale
按照上面我们的那张图上比例尺来设置，Known distance填250，Unit of length填入单位（μm）；选择Global为对之后打开的图片都有效（必选项）。
2、划痕面积分析
转化灰度图：Image→Type→8-bit
增强对比:点击Process→enhance contrast；
Saturated pixels中选择0.3，默认Normalize；之后点击OK
平滑边缘：Process→Smooth（快捷键Ctrl+shift+S）
寻找边缘：Process→Find Edges
阈值设定：Image→Adjust→Threshold（快捷键Ctrl+shift+T）
设置和选择：选中为红色，调节阈值为0-20。之后点击Apply
选择工具栏中的魔棒工具，在划痕面积处点击就能选中。
弹出的Wand Tool中的Tolerance选择2，点击OK。
菜单栏Anlyze-Measure，即可得到划痕面积。
从划痕面积的变化计算细胞迁移率：
细胞迁移率=(0h划痕面积-48h后划痕面积)/0h划痕面积×100%
3、划痕平均宽度
点击【工具栏】中的直线选择工具'，纵向画一条笔直的线。
快捷键Ctrl+M，可以得到划痕高度。
根据以上测量出来的划痕面积以及划痕高度，就可以得出划痕宽度平均值了。
划痕宽度平均值=划痕面积/划痕高度
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