常言道知己知彼，方能百战百胜。在实验开始前，有必要对所研究的目的蛋白进行全面的了解。WB实验中目的蛋白基本信息如何查询？这9个数据库帮你搞定所有！

Part.1 该蛋白在什么细胞／组织中表达

1）BioGPS

网址：http://biogps.org/#goto=welcome

BioGPS是一个免费的统筹和查询基因注释的新资源，其基因注释包含了公共资源的信息及诺华研究部门所生成的数据。适用于查询某一基因在不同组织和细胞的表达情况。

BioGPS操作很简单，通过目标基因进行检索，样本种属可以选择人、小鼠、大鼠、果蝇等。

以P53为例，human来源，选择TP53。

在详细信息页面可通过Zoom来调节柱状图的高度，使观察差异更加明显。

BioGPS默认有6个数据库和3028个数据文库，可以自行选择。然后将结果界面向下拉，还可看到链接到GENE WIKI,详细了解基因的功能介绍以及相关参考文献。

通过柱状图可以看到不同细胞系中TP53的表达情况，下图看出TP53在721B淋巴细胞中表达量最高。

2）The Human Protein Atlas

网址：https://www.proteinatlas.org/

Human Protein Atlas（HPA）提供了两万多种人类蛋白质的组织和细胞分布信息。在这个数据库中，研究人员通过免疫检测技术（免疫印迹、免疫荧光和免疫组化），检测了每一种蛋白在不同细胞系、正常组织和肿瘤组织中的表达情况。这是一个大规模蛋白质研究项目，主要目的是绘制人体组织和细胞中表达基因编码的蛋白位置。不过这个网站只针对人类蛋白质。

HPA数据库可以分为Subcellular、Tissue和Pathology三个版块，分别展示了蛋白在细胞、正常组织和肿瘤组织中的表达情况。

p53为例，这里主要看下Subcellular板块。

“Subcellular”版块共分7个部分，即SUBCELLULAR、RNA EXPRESSION、HUMAN CELLS、SINGLE CELL VARIATION、siRNA、GENE/PROTEIN和ANTIBODIES AND VALIDATION，详细介绍了p53的相关信息。

主要提供了细胞的蛋白表达情况，其中比较关键的信息是蛋白在不同细胞、以及同一细胞内的空间分布情况，这些数据以免疫检测实验结果展示，为后续实验参考提供了极大的便利。

Part.2 该蛋白有无其他的修饰形式

1）PhosphoSitePlus

https://www.phosphosite.org/

PhosphoSitePlus当中关于翻译后修饰的信息主要来自于具体的实验结果以及高通量测序的预测。数据库也提供了原始数据下载的过程。可以下载了自己 DIY 结果。

对于翻译后修饰主要修饰类型，在 PhosphoSitePlus 基本都能预测，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等。

它可以查阅修饰类蛋白的表达条件和丰度、刺激方式等。

2）uniprot

https://www.uniprot.org/

Uniprot的数据主要来自于基因组测序项目完成后获得的蛋白质序列，并包含了大量来自文献的蛋白质的生物功能信息。如了解目的蛋白的基因名、别名、功能、可变剪切体、蛋白表达位置、可修饰类型等。

亚细胞结构：

可变剪切体：

翻译后修饰情况：

Part.3 该蛋白的具体信息

1）Expasy

https://www.expasy.org/

Expasy主要包括蛋白质序列、构造及2-D PAGE (Two-dimentional polyacrylamide gel electrophoresis ) 的多个重要资料库，还提供了蛋白质序列和构造工具，FTP Server 和相关讯息。

2）NCBI

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI作为大名鼎鼎的科研信息数据库，除我们常用的Pubmed文献检索外，还有另一个强大的功能，用gene查询蛋白质信息。

以查询“CD47”为例，在详细信息结果页面中，可以看到这个蛋白的简介，一直往下拉可以看到其他的信息如：基因信息、在染色体上的位置、表达分布、相互作用以及蛋白和mRNA的序列等。

Part.4 该蛋白的实验图？

1）Open-i

网址：http://openi.nlm.nih.gov

国家医学图书馆的Open-i服务可以从开源文献和生物医学图像集中搜索和检索摘要和图像（包括图表，图形，临床图像等）。可以使用文本查询以及查询图像进行搜索，其搜索出来的结果全部与生物医学相关。

如我们输入关键词NF-κB，点击搜索。可以看到与NF-κB相关的免疫组化、免疫印迹、荧光染色和信号通路图等。

2）PMC Images

网址：www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/

美国国立卫生研究院旗下的图片数据库。以前的PMC Images没有独立的查询网站，其搜索结果伴随着Pubmed的检索而出现。

现在可以通过登录https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/直接进入PMC Images搜索页面。

Part.5 有无该蛋白的抗体？

1）citeab

网址：https://www.citeab.com/

在生命科学和医学基础研究中，或多或少都需要用到抗体。抗体的应用场景不同、标记物众多，且针对同一标记物市场上往往有多个抗体可供选择，那么，我们如何从成百万上千万种抗体中，挑选出我们想要的那支呢？

citeab是国际知名的抗体搜索引擎，用抗体的引用数量(citations)来进行抗体排名，确保抗体排名完全透明公正。该平台目前包括来自335个供应商的699万种抗体，引用数量超过424万。

输入关键词（如：CD3）后点击搜索即可出现所有符合条件的抗体，而该网站的特色是，搜索结果根据抗体被文献引用的次数排序，一般来说，引用越多的产品，质量往往越有保证。

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