我们在获得一个新的基因后,尝试对其设计引物,倘若发现这个基因的引物很难设计,可以尝试在Primerbank网站中搜索,看看前人是否设计过,如果有合适的直接拿来用也未尝不可,但是在使用之前请先做一个Blast验证其特异性哦
一、引物数据库查找:
要设计一个mRNA的qPCR引物,首先应该先看看别人是否已经使用过,可以先在数据库PrimerBank中查找:https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
1 首先我们要得到这个基因的Gene ID,我们在NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)数据库中查找(以IL-1β为例):
(1)在 “Gene” 下输入要查找的目的基因,点击‘Search’。

(2)找到IL-1β(注意物种对不对),点击紫色链接打开(最好右击在新标签页打开链接)。

3)找到IL-1β的详细信息,IL-1β的Gene ID为3553。
2 打开PrimerBank网址:https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
(4)按照下图将所需信息填入,点击submit。


(5)上图为submit后得到的结果,结果为Gene ID 3553的基因的详细信息,仔细再核对一遍;
(6)如下图所示,PrimerBank为我们找到的几条目的基因的qPCR引物,选择其中1-2条,并进行特异性验证。

3 再用NCBI 中的Primer-Blast检验引物的特异性。以查找到的第一条引物为例:
(7)打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/,将需要验证的上下游引物输入,调整参数如下图:

(8)其余参数保持不变。

(9)勾选Show results in a new window, 点击‘Get Primers’。

(10)得到验证结果如下图所示,再根据引物设计原则自行判断。
