生信工具用的好，研究发文少烦恼。小编给大家介绍下寻找蛋白质结构域的小工具，它简单高效、一键搜索。轻轻松松从蛋白质序列中挖掘出那些隐藏的宝藏——结构域信息。

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什么是结构域？

结构域是蛋白质中一系列在进化中保持相对不变的功能性区域。通过在蛋白质序列中识别这些保守结构域，可以更好地理解蛋白质的功能和进化。

CD和CD-search是什么？

CD（Conserved Domain）是NCBI提供的一种用于查找保守结构域的工具。

CD-Search 的主要功能包括：

1. Conserved Domain Database (CDD)： CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database，这是一个包含已知结构域的数据库。

2. 结构域识别： 用户可以提交蛋白质序列，CD-Search会对该序列进行分析，识别其中的保守结构域。

3. 结构域注释： 工具提供有关查询序列中结构域的信息，包括结构域的名称、位置以及与数据库中其他蛋白质的相似性。

4. 多模式搜索： CD-Search支持多模式搜索，用户可以选择不同的搜索模式来获取更详细的结果。

5. 结果解释： 结果以图形和表格的形式展示，便于用户理解和解释。

CD-Search到底有多好用？

使用CD-Search 有助于研究者理解蛋白质的功能，特别是那些在不同生物中高度保守的结构域，这些结构域通常对蛋白质的基本功能起到关键作用。

干货来了，具体操作步骤如下：

网址： https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

输出结果：

Name： 保守结构域的名称或标识符，也可以是结构域的通用名称。

Accession： 保守结构域的数据库访问号。

Description： 保守结构域的描述性信息， 提供了关于保守结构域功能、结构和可能的生物学意义的文字描述。

Interval： 保守结构域在蛋白质序列中的起始和结束位置。

E-value： 表示匹配的期望值，E-value 越小，表示匹配更显著，更有生物学意义。

上述只能输入少量的序列，不能批量处理读入序列文件

使用Batch CD-Search https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi  

结果：

Query： 查询序列的标识符或名称。

Hit type： 表示匹配的保守结构域的类型， 可能的值包括 "Domain," "Family," "Motif," 等，用于描述匹配的保守结构域的种类。

PSSM-ID： 保守结构域的位置特定得分矩阵 (PSSM) 的标识符。

From： 保守结构域在查询序列中的起始位置。

To： 保守结构域在查询序列中的终止位置。

E-Value： 表示匹配的期望值，值越小，匹配越显著。

Bitscore： 用于衡量匹配质量的分数，分数越高，表示匹配的质量越好。

Accession： 保守结构域的数据库访问号。

Short name： 保守结构域的简称或标识符。

Incomplete： 表示结构域是否为不完整。

Superfamily： 保守结构域所属的超家族。