R --version #先看看有没有下过R，有的话会显示当前版本，没有的话会提示你下载

#没有就下载
sudo apt install r-base #然后就会下载最新版本

cd “genomescope2.0的文件夹路径”

#然后安装genomescope
Rscript install.R

###如果没有看到  Done（genomescope）就要注意了，我就遇到这种情况，检查返回的信息，我这里提示有两个R包安装失败，minpack.lm 和 argparse 这两个。下面需要先把这两个安装上

R #进入R环境界面
> install.packages("minpack.lm")
#因为是sudo安的rbase，可能会问是否在自己的目录下安装：Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel)  输入yes就行了，反正自己能用，先别管别的账号能不能用
> install.packages("argparse")
#同理，中途要输个yes才会继续
##我这里只提示缺这两个，不排除缺别的可能，缺啥下啥应该就行了
> q() #退出R环境


#重新输入Rscript install.R 确保安装完成

gunzip *.fq.gz
#或者保留原压缩文件，则
gunzip -c filename.fq.gz > filename.fq

jellyfish count -m 21 -s 1G -t 4 -F 2 -o k21.jf -C 1_1.clean.fq 1_2.clean.fq #kmer长度21，哈希文件大小1G（不知道会有啥影响），线程4（好多示例教程都是10，会快一些），同时读取两个文件（好像没影响），输出文件名k21.jf，解压后测序的fq文件路径（双端测序只给一个的话结果也会变成一半，说实话这一结果没搞明白为什么：同一段我正过去反过来就变成两个不同的了，不就是单纯的加倍了吗，难道是刚好抵消二倍体的等位重复吗） 
jellyfish histo -t 10 k21.jf -o k21.histo #线程数10，输入>输出 
Rscript /home/softwares/genomescope2.0/genomescope.R -i k21.histo -k 21 -o . #调用genomescope的R脚本需要绝对路径，默认二倍体，如果算多倍体需要用-p 设置,（三倍体就加上-p 3），kmer长21，输出结果至本地文件夹 cat summary.txt #查看结果，另外还有4个图