于格里普斯战争至第一次新吉翁战争期间所投入战场的宇宙战舰里大致可以分为三个世代。首先是将一年战争期间的战舰增设MS甲板并进行武装改修的第一世代，以MS运用为前提的战斗母舰型的第二世代，然后是配备高出力MEGA粒子炮且能够进入和脱离大气圈的机动战舰型的第三世代。而亚伽玛级便是介于第二和第三世代之间，兼具战斗母舰和机动战舰两者特性的新锐舰船。
亚伽玛
亚伽玛级的首舰亚伽玛便是奥古的主力舰，也是集合阿纳海姆技术精华所设计而成的强袭激动巡洋舰。以MS运用为核心，为了支撑战力处于劣势而采取游击战术的奥古所特别开发的王牌级舰艇。
在格林普斯战争开战初期，第一次见到亚伽玛的人几乎都会不约而同的联想到过去那艘被称为“木马”的传说舰艇。不过这也难怪，因为亚伽玛也是根据与过去白色基地相同的设计思想所建造的舰艇。
亚伽玛的后部视图
为了充分满足作为MS运用母舰的性能，亚伽玛的舰体反映出许多前所未见的创新设计：例如开放型的弹射器、回转式的居住区、上下两层的MS甲板等，都是当时相当令人耳目一新的新奇设计。
亚伽玛的重力区和无重力区的连接部分
但是严格来说这些构想都只不过是飞马级强袭登陆舰服役时就已经确立的发展型而已。因此亚伽玛本质上来说只能称作是将飞马级获得的MS运用母舰相关知识的果实，再加以提炼而成的舰艇而已。
格林普斯战争中各势力主要战舰的大小对比
另外值得一提的是，该舰在服役时就被称呼为白色基地II，但是之后被奥古的出资者梅拉尼-休-卡拜因更名为亚伽玛。其由来则是取自于佛教圣典阿含经，因此也有人将亚伽玛称为阿含号。而回顾首舰亚伽玛培育了卡缪、捷多等新人类的过往事迹，这个舰名也不得不让人感到一股命运的安排之叹。
从亚伽玛上出发的MS队
亚伽玛在设计上虽然介于第二世代和第三世代之间，但本身还是有着较为厚重的第二世代设计思想，以MS运用为大前提。大幅提升MS搭载能力，因此位于舰桥下方的大型机库，将之夹在中间的弹射甲板，都显现出了这一设计思想。两座弹射甲板可以能从两侧同时进行MS的离着舰作业，而能迅速的构成以MS为主体的作战阵型，这一点也发挥了极大的效果。
贾布罗之风作战中弹射MS的亚伽玛
不过也正是以MS作为主要战力，因此该舰的武装也限于巡洋舰所需的最小限度。
在左右侧舷各装有一门大型MEGA粒子炮，这也是亚伽玛的主炮。作为第三世代特征的MEGA粒子炮，虽然有着一击击沉战舰的威力，但能源消耗也不小。因此在实战中不能无节制的使用而没有过多的表现机会。这两门大型MGEA粒子炮在本体下部装设了碟形雷达，在巡航时会收纳在舰体内，在战斗时才会展开。
舰上最大威力的MEGA粒子炮，平时巡航时会收纳于舰体内，在战斗时展开
而在格林普斯战争结束后，亚伽玛于玫瑰人生进行整修时，便在左舷换装了更强威力的超绝MEGA粒子炮。这种新换装的武器也因此有了具备殖民地镭射等级的强大威力。
亚伽玛在玫瑰人生中换装的超绝MEGA粒子炮
而在前后甲板各一门、舰底前方两门、合计配备了4门发射实弹的单管炮。这种发射实弹的火炮主要用于对舰攻击，但有时也会用于迎击来袭的MS。另外还有着为MS的提供后方支援或是迎击用的导弹发射器。
亚伽玛的实弹炮开火
另外舰船作为防卫和扰乱用，还配备了释放伪装陨石和伪装气球的装置。这是在一年战争旗舰还未有的发明，在许多情况下都能发挥即时的牵制效果。在格林普斯战争中，除去战舰外，这种伪装气球也被MS广为装备。
向四周发射伪装陨石用于掩护的亚伽玛
亚伽玛的一大特征便是有着高机动性和高速长距离巡航能力，这在不断变化的战局中也是一大力气。至于最大的特征便是以船体为主轴经由机械臂进行回转的两座居住区。这两座居住区可以依靠回转产生人工重力，也被认为是长期航行中必不可少的装备。这也是爱尔兰级并未采用独属于亚伽玛的特殊装备。
舰上的居住区平时会伸展开来进行旋转产生人工重力，船员的私人房间和食堂也位于这里
因为舰体空间有限，无法像白色基地一样内设重力区，因此设计出了这种特殊的重力区。在不战斗时，居住区会通过伸缩式机械臂伸展开来，在进入战斗时就会收缩至船体本体上，和舰桥一起紧密收缩在一起。而且在减少中弹几率的同时还可以当作保护舰体的护盾。
在月球轨道上的亚伽玛和拉迪修，亚伽玛此时便展开了居住区
在居住区内设置了可供乘组员休息的个人舱室、餐厅乃至娱乐室。像配备给卡缪使用的军官用个人舱室便相当的完善，收纳柜、床、淋浴间以及厕所一应俱全。而且这些军官用舱室有着一定程度上的个人裁量权。卡缪的便在床边设置有个人的祭坛，而雷柯亚的则在室内种植了观赏用植物。
分配给卡缪的士官用单间，左边的门通往沐浴间和卫生间
同时除了简报会议室外，居住区内随处可以见到提供饮料和简餐的自动贩卖机。而且供应餐食的餐厅也相当宽敞，甚至在点餐时还有着调适心情的观赏用植物。再加上人工重力也让亚伽玛上可以享用像草莓蛋糕这样一般享受不到的美食。
亚伽玛的餐厅
而居住区的娱乐室则是为了消除船员们在长期航行中的压力。这里装潢十分考究，地面上还铺设有地毯。除了台球等娱乐设施外，还有着供应小吃的贩卖机。
亚伽玛的娱乐室
对于这样一艘以战斗用途为主的战舰而言，亚伽玛如此讲究人员的居住性不可谓不破格。其设计原因便是考量到消除人员在长期作战行动下的压力，保护船员的身心健康。据说这种设计在长期且无补给的作战中十分有效。
亚伽玛的重力区也让成员可以在航行时享受无重力环境下无法享用的美食
亚伽玛的舰桥可以一窥UC 0090年代时舰艇常见的战斗舰桥构思的先驱设计。其舰桥在平时为了获得更好的目视视野而会上升到较高的位置，而一旦进入战斗状态后便会收缩到舰体内减少中弹率。
亚伽玛的舰桥
而在MS战中战舰因舰桥遇袭而造成指挥及行动瘫痪的例子可以说是比比皆是，因此才采取了这种特殊的舰桥升降机构。据了解这种设计思维在经过发展后，在UC 0090年代便发展成了一般舰桥和战斗舰桥两个指挥所的舰艇形态。不过这种升降方式的舰桥在日后的时光里依旧被采用，向太空方舟以及林贺斯等著名舰船均采用了类似的升降舰桥机构。
伸展和收缩状态下的舰桥结构
亚伽玛的舰桥在作战中还兼具了作战提案、情报搜集、战斗指挥等多种角色，可以说是扮演了奥古军事行动的主干。
在结构上，舰桥前侧的窗户相当厚实，时具有派出放射线和抗紫外线功能的屏幕，由四层构造组成，因此即使有一些磨损也不会影响内部舱室。另外舰桥后部突起的盖状物则是微波能源接收板。两侧还有收讯用镭射天线。在进入战斗状态时，舰桥后部以及两侧天线均会折叠靠拢到舰体上。
亚伽玛的舰桥部分
舰桥左侧还装设有有线式摄影机以及发射装置。这是为了应对米诺夫斯基粒子散步环境下在可视范围内索敌。亚伽玛便曾使用过这种装置确认了被提坦斯监禁在透明荚舱中的人质身份为希尔达-维丹时使用过。
亚伽玛舰桥上的有线照相球
在舰桥内部，在正中央上方是主屏幕，而包含舰长子啊内共有6名舰桥乘员负责执行操舰作业。而在人员配置上采用前三、左右各一的设置。分别有着一名操舵手、两名航海士以及两名通讯士。
亚伽玛的舰桥
但是因为奥古经常面临人员编制不足的问题，因此亚伽玛的通讯士和航海士只配备了一名。而布列克斯搭乘亚伽玛时，多半活动时间也都在舰桥，因此这里也提供了临时作战指挥所的功能。
后侧中央则是舰长席。座位旁边设有舰内通话用的内线通话器。而当布莱德接替汉肯成为亚伽玛舰长后，舰桥的布局进行了一些微调，额外增加了一个舰长席。
微调后的舰长席布局
舰桥部里除去舰桥外，还设置了舰长室，位于剑桥部的中央右侧、处在舰桥后方。除了具有舰长的个人舱室外，在此也可以用来召开一些内部秘密会议等。之所以会设在这里，据推测也是为了在紧急时可以迅速响应指挥。
萨拉来到亚伽玛后，布莱德便在舰长室里进行着相关的处置讨论
而且亚伽玛的舰长布莱德虽然会不时在舰桥内食用汉堡，但是也同样会在舰长室单独用餐，遵守这一海军“传统” 。
在舰长室内完成就餐的布莱德
同样位于舰桥部结构内的还有作战室，拜访亚伽玛的哈曼也是在这里进行的交涉。除此之外，机师也会将这里当作作战间隙或是待命中的准备室使用。
亚伽玛的作战室，不过MS机师将其作为休息室
在整备甲板的设计上，亚伽玛采用了当时主流的机库独立型，像亚历山大级和萨拉米斯改陆续服役的UC 0080年代前期至中期时，独立或临近弹射器的整备甲板逐渐称为主流，机库和甲板变成分离结构。曾经白色基地那弹射器一体型虽然有着独立的大型空间，但运用效率不佳。再加上当时舰内的整备甲板空间增大，MS的整备性和综合运用能力均向上提升，使得直至UC 0150年代都持续沿用该种设计。
亚伽玛展开居住区后，可以看到上层机库的内部
亚伽玛的MS机库设计也是进行了彻底效率化的结果。重视MS战术执行，尤其是重视MS展开和运用的设计思维也能在机库、整备甲板的设计上看出来。原先白色基地将弹射器和MS甲板一起配置在同一机库区块内，而亚伽玛的分开设计便是为了提升MS在维修上的效率化。
完成整备的MS准备从亚伽玛出击
亚伽玛的机库位于船体中央部位，采用了双层构造，主要分为和弹射器相连的上层甲板，以及通过电梯和上层相连的下层甲板。
亚伽玛的机库舱门
这种设计也让不同项目的整备作业可以分开进行。上层甲板主要停放随时迎战的MS，武器挂架也设置在这里。其地板也是可以移动的，因此在需要时，停放在这里的MS可以直接通过左右两侧的气闸门直接前往弹射器进行弹射。
亚伽玛的上层机库
而下层甲板主要进行分解维修、大修等较为繁琐的作业。而且舰底还设有舱门，可以通往外界。同时在中间便是MS用升降梯，一次性最多可以升降两台MS，在需要出击时从中央的升降梯经由上层甲板前往两舷的弹射器。
机库中的MS用电梯
MS机库旁还设有机师以及整备人员用来待机的房间。从这些房间中可以看到外面的作业进度。另外这里还装设了资料及情报解析用的电脑终端。而且机库内设置有MS维修用的床架。这是格林普斯战争期间各式舰艇共用的规格，可以根据MS的尺寸进行伸缩调整。
MS维修用的挂架
对于亚伽玛的MS部队而言，这里才是舰载MS部队不可或缺的生命线。特别是这里的高达型MS更是代表奥古的象征，至于在幕后默默支持的亚伽玛整备人员而言，可以说是对奥古的胜利贡献甚大。
亚伽玛机库中的Z高达以及整备人员
亚伽玛的弹射甲板是一种设置于舰身外侧的开放式设计。这类舰艇大多出现在UC 0083年左右，在格林普斯战争期间已经相当普及，此后更是称为MS母舰的标准设计。优点便是配备的弹射规格比密闭型的更长且加速性能更好。亚伽玛的便是有着2具100米等级弹射器，是重视MS运用的标准设计。舰型设计应当是收到了同为奥古的爱尔兰级的影像。
准备从亚伽玛上弹射的高达Mk-II
虽说MS从下部MS甲板移动至弹射器的出击离舰程序是自动执行的。但是在交战的紧急状态时，也有不经过弹射器程序，而直接舰上出动的例子。
而在弹射器上，除了弹射甲板上设置了开启弹射指示灯外，在靠近舰体的地方均设置了信号灯用于弹射的倒计时。
贾布罗之风作战中弹射MS的亚伽玛
而弹射器的控制室则位于舰体外部，介于舰体和弹射甲板之间，位于MS机库舱门旁。同时这里也会有人员手持信号灯指挥MS机师进行弹射等操作。在实战中，均出现了人员位于弹射器前端或是末端指挥的案例。当然在进行指挥也是一项有些危险的工作，指挥人员有时还需要俯下身去躲避弹射时MS推进器喷出的介质。
准备弹射的雷姆以及正在移往弹射器的力克-迪亚斯
亚伽玛还装备了气垫降落伞系统，使其成为了具备大气层突入能力的舰体。亚伽玛虽然在格林普斯战争期间是在宇宙执行任务，但在第一次新吉翁战争期间便为了迎击占据达喀尔的新吉翁军首度降落地球。气垫降落伞系统的基本结构和MS所使用的基本一致，通过展开伞状部位来隔绝摩擦热。
舰船隔热伞的安装和展开状态，隔热伞可以让亚伽玛突入大气层，实现在大气层内的运用
在使用前会安装在舰尾中央处，而且为了不影响降落伞的打开而把后部舰炮朝向前方。但突入地球时并不是亚伽玛第一次使用这种装备。早在格林普斯战争期间，亚伽玛便展开气垫降落伞下降到大气层的临界位置，用于回收从地球进入宇宙的卡缪。
在大气层临界层成功回收高达Mk-II和卡缪的亚伽玛
其首舰亚伽玛的船员虽然名义上是由地球联邦军官兵及其军属组成，但实际上来源相当的复杂：地球联邦军、提坦斯、旧吉翁公国军乃至民间人士等不同来源的人混合而成。虽然看起来鱼龙混杂但实际上人员的精锐程度甚至超过了提坦斯。既有着布莱德、夏亚这种经历过一年战争洗礼过的资深军人，也有卡缪、花这样成长出的新一代。
月球轨道上的亚伽玛
当然首舰亚伽玛的出现和AE等奥古注资人也脱不开关系。在一年战争结束后，军需产业针对已经瓦解的吉翁公国吸收了旗下企业所持技术、技术人员等相关资产。AE便趁着这个机会陆续将吉翁尼克、兹玛德等公司的部分人员，乃至曾经为联邦军研发核心战机的赫维克公司纳入旗下。但是在UC 0083年高达开发计划的雪藏以及高文中将的失势，AE只能和联邦军格勒纳达基地以合作的形式承包研发RMS-106高扎古，但这件委托本身也象征着AE被排除在主流之外，联邦军特别是提坦斯更加无视AE的存在，独自着手研发RX-178 高达Mk-II。
在这种情况，一方面AE需要从夺回军需产业的主导权，另一方面也是心中仍抱有太空居民自治这等革命思想。因此自UC 0085年的30番地事件之后，对提坦斯日益壮大抱持疑虑的人们以布列克斯准将为中心成立了奥古。而AE自然而然的便成为了奥古背后的大金主。
展开居住区时的亚伽玛
随着奥古开始构建自己的武装部队，而其中一环便是开发次世代MS和新型舰艇。对于刚刚成立且组织结构十分脆弱的傲骨来说，更是需要一艘名副其实的旗舰。这不仅仅是展开军事行动的刚需，也会成为奥古反抗提坦斯的标志。毕竟肯定没有多少人愿意把身家性命托夫在这种连一艘战舰都没有的游击队上吧。
于是布雷克斯便以挪用联邦军预算来打造全新战舰的方式，和AE一起拟定了研发计划，并被命名为影子飞马。而其成果分别是RMS-099力克-迪亚斯以及亚伽玛。
亚伽玛下的力克-迪亚斯
亚伽玛的设计上是吸取了当今舰船各项属性，摸索各方可能性后所探讨出的方案。而且AE当年在承包高达开发计划时也有建造高达型母舰的经验，其代表便是MSC-07阿鲁比昂，因此便是一当时的资料为基础来设计新的机动巡洋舰。
为了建造该舰，如果预算全都由AE支出未免显得压力过大，因此隶属于联邦军参谋本部的布雷克斯准将和联邦内奥古派人士挪用建造木星往返船的预算作为资金，在位于L2的甘泉中秘密制造一号舰。亚伽玛不仅继承一年战争期间白色基地奠定的变通设计方法，还为了缩短工期节约预算而沿用了当年阿鲁比昂的资材。采用的开放式弹射甲板也省略了确保外壳足够坚固牢靠的构件，船身更为轻盈且易于整备。最终于UC 0087年2月开始服役。
亚伽玛的上层机库和弹射器之间的舱门
亚伽玛和多台MS组成了亚伽玛队，随后在UC 0087年2月底，化名为科瓦托罗的夏亚抵达了甘泉，并在此处登上了亚伽玛。在随后的四天里，亚伽玛一边航向格林普斯，一边训练舰上机师熟悉MS。
而此时的亚伽玛队只是临时组成，其中既有对提坦斯反感的联邦军人，也有隐藏过去身份的旧公国军人。而唯一的共同点便是反对提坦斯。于是舰长汉肯以及MS部队队长夏亚两人共同维持着这支部队的纪律和团结。
船坞中维护的亚伽玛
当然夏亚能成为亚伽玛的一员，最主要的还是他为奥古带来了制造力克-迪亚斯时不可或缺的高达尼姆合金γ的制造方法。而且布列克斯也知道科瓦托罗的真实身份。
随后亚伽玛队以及亚伽玛在UC 0087年3月2日抵达了SIDE-7宙域，并派出MS部队侦察格林普斯。在途中科瓦托罗在格林普斯中和正在训练的高达Mk-II 一号机接触后脱离，而当阿波利中尉发现绿色诺亚中进行试验飞行的Mk-II三号机后便请求亚伽玛队绿色诺亚I进行炮击。随后亚伽玛的MEGA粒子炮命中了绿色诺亚I的镜片。随后以科瓦托罗为首的三台力克-迪亚斯成功侵入了绿色诺亚I，并把迎击的吉姆II逐一击落。
被击落的吉姆II
随后在偶然情况下得到卡缪的帮助后。奥古成功夺得了两台试作型MS 高达Mk-II，并带着这两台高达返回亚伽玛。这一行动让提坦斯和联邦军不仅损失了两台Mk-II,甚至还有至少12台吉姆II。此举便得到了提坦斯的强烈反弹，并最终演变成了军事冲突。
不久之后，亚伽玛接纳了从提坦斯叛逃而来的军官艾玛-辛，使得舰上的MS机师的阵容更为充实。随后在3月16日，在完成破坏太阳电池卫星后，投下了雷柯亚乘坐的太空梭前往贾布罗执行侦察任务。虽然成功完成了任务目标，但僚舰蒙布朗号也被击沉。
雷柯亚乘坐的太空梭前往贾布罗
之后亚伽玛于3月18日抵达了SIDE-1 的30番地，让卡缪和艾玛目睹了提坦斯在此实施的暴行以及30番地惨剧的真相。可是一直尾随亚伽玛的波斯尼亚号巡洋舰误以为SIDE-1宙域存在奥古的秘密基地，于是派出了莱拉队，并和亚伽玛队展开了交战。
进入30番地的亚伽玛，此时打开舰底的舱门以供卡缪、艾玛等人进出
在战斗中队长莱拉被卡缪所杀，使得自格林普斯遇袭事件后持续追踪亚伽玛的波斯尼亚号在丧失主要战力后不得不脱离了战线。另一方面，亚历山大号虽然也发现了这场战斗却并未派出支援。
在此事件后，亚伽玛于3月25日抵达月球，在月面和提坦斯MS交战后进入安曼，并开始和奥古的出资者进行交涉。除了奥古来到这里外，提坦斯也来到这里。双方在这里也爆发了大大小小各种冲突。
但总体看来，奥古在安曼之后大大扩充了战力。一方面通过和出资者的交涉，AE追加了配备力克-迪亚斯的数量，还提供了新型MS雷姆来提升奥古的战力。另外AE在奥古的要求下进行了可变型MS开发计划“Z计划”，而完成的最新型试作MS MSN-100百式也交给科瓦托罗作为专用座机，让奥古的战力上有了明显的提升。
从安曼中出港的亚伽玛以及部队
除了MS外，安曼建造的爱尔兰级战舰成功服役，再加上奥古夺取了停泊在格拉纳达的萨拉米斯改，让奥古一下有了9艘可用的舰艇。但是提坦斯这边也收获的了AE提供的新型MS RMS-108马拉赛。
之后亚伽玛便准备执行贾布罗之风作战，意图夺取联邦军总部贾布罗。在前往集结地SIDE-4途中的5月3日，亚伽玛队搭救了遭到神秘MA袭击的诱惑号，随后其舰长布莱德加入了奥古，并于5月11日成为了亚伽玛的舰长。
布莱德加入亚伽玛的队伍
自此之后，日后闪耀历史的亚伽玛队就此成形，有了布莱德这一名舰舰长坐镇，亚伽玛的战力也再度提升。随后在当日，亚伽玛和其他奥古部队一同执行了贾布罗之风作战。派出了多达80台MS的攻击部队，虽然途中遭到了提坦斯的TMA袭击，损失了萨拉米斯改西西里亚号和五台MS，艾玛机也受到重创，同时拦截的提坦斯和奥古之间持续交战互有损失，但整体而言作战还是相当顺利的。
轨道上下降中的，隶属于奥古的吉姆II部队
再之后便是在7月8日，亚伽玛成功回收了脱离地球的高达Mk-II和卡缪。随后亚伽玛队在和提坦斯的TMS交战途中获得了新型MS Z高达，并作为卡缪的专用机使用。而高达Mk-II则交给了艾玛中尉驾驶。
驾驶高达Mk-II的艾玛中尉
而提坦斯为了直接切断奥古的命脉，选择直接镇压背后金主所在的月面基地冯-布朗，在8月10日发起了阿波罗作战。跟随提坦斯部队一起加入战局还有多戈斯•基亚级这等庞然大物。最终多戈斯•基亚级沿着防线薄弱处成功进入冯-布朗，预示着冯-布朗落入提坦斯之手，而奥古部队只能暂时撤往格拉纳达。
之后亚伽玛也和提坦斯部队在冯-布朗外围以及市内爆发了战斗，但实际上从拉迪修出发的别动队成功占领了冯-布朗的能源设施从而控制了这里的命脉，迫使提坦斯撤退，也代表着奥古重新夺回了这座月面都市。
UC 0087年，提坦斯发动阿波罗作战镇压冯-布朗，该照片拍摄于紧接着展开的夺还作战，并刊登在奥古的新闻媒体上
不过提坦斯并未忘记这次耻辱而准备好了计划准备报复。在8月下旬，“叛逃”而来的萨拉带来了不可忽视的情报：SIDE-4的27番地已经进入了月球的交汇轨道，提坦斯打算坠落殖民地来一劳永逸的解决的格拉纳达。
于是亚伽玛和拉迪修在8月24日展开了阻止殖民地坠落的作战。在战斗中卡缪等大部队作为诱饵正面交战，而艾玛中尉则驾驶Mk-II悄悄接近并成功点燃了殖民地上的核脉冲引擎，将其推离了轨道。虽然坠落引发的巨大动能冲击着格拉纳达，但好在都市整体完好无损。
成功点燃核脉冲引擎而撤退了艾美机
随后亚伽玛为主的奥古部队核提坦斯部队在接下来的一个月里互相战斗，不时爆发激战。提坦斯此时决定给殖民地来一次杀鸡儆猴，警告殖民地不准向亚伽玛等奥古部队提供补给。于是在9月21日时派出部队准备向SIDE-2的25番地注入G3毒气制造屠杀。最终这场惨剧在开始之前便被赶到的亚伽玛队所阻止。
随后在10月10日，化妆为平民的萨拉潜入冯-布朗在其生命支持系统的关键部位上安装炸弹，但幸亏被卡缪所发觉，在爆炸前即使疏散，所幸没有什么伤亡。而爆炸的主要集中点港口中的奥古舰队也提前出航而没收到什么损失。不过亚伽玛在爆炸前刚刚出港而遭受了一些损伤。
紧急从格拉纳达港口中撤出的亚伽玛
随后在10月14日，亚伽玛等部队和多戈斯•基亚级为首的提坦斯部队爆发战斗。亚伽玛也被对方压倒性的数量逼得喘不过气来，但就在此时，阿克西斯的加萨部队突然出现将提坦斯部队逼退。这也代表着格林普斯战争中的又一大势力登上了舞台。
随后在11月2日，为了支援乞力马扎罗基地攻略战，亚伽玛前往轨道上提供支援。在作战中卡缪和百式意外的掉入大气层，并加入了乞力马扎罗基地的地面作战。两人最终于11月17日返回亚伽玛。
由警戒中的雷姆所拍下的亚伽玛
在11月24日，亚伽玛前往SIDE-2 的13番地观光殖民地莫加顿进行修理和补给。机师们也趁此机会进行休假放松。然而提坦斯的魔爪也伸向了这里。这里不仅有着两台特装型高扎古在悄咪咪的打狙，并一直将战斗延伸至殖民地内。随后卡缪还在这里遇到了强化人罗莎米娅，由于她的记忆遭到篡改，因此无条件的仰慕着卡缪这位“哥哥”，并跟着卡缪一起登上了亚伽玛。
在接连的作战失利后，恼羞成怒的巴斯克决定先利用殖民地镭射直接攻击殖民地，并成功将SIDE-2的18番地破坏，亚伽玛虽然察觉到了殖民地镭射但也无可奈何。随后巴斯克再次派遣部队再次向殖民地灌入G3毒气，而目标则是SIDE-2的21番地，和上次不同的是，这一次的毒气注入很成功，这里重现了30番地的惨剧。
被格林普斯II炮击的SIDE-2 18番地
这次作战成功后，罗莎米娅也从亚伽玛归队。于是巴斯克打算再次实施注入毒气计划，并由罗莎米娅担任护卫。亚伽玛自然再次出动部队前去阻止，战斗也在SIDE-2的13番地莫加顿附近打响，但这一次亚伽玛成功阻止了毒气的注入。但是在这段时间内，格林普斯II已经完成了移动，将格拉纳达纳入了射程范围。
因此AE会长梅拉尼心生一计，决定和哈曼联手。双方在12月26日展开谈判，以承诺萨比家复兴并转让SIDE-3为条件换来了阿克西斯这位盟友。
在亚伽玛上进行谈判的奥古和阿克西斯
同日，双方联手向殖民地镭射发起进攻，最终成功破坏了核脉冲引擎，暂时瘫痪了殖民地镭射。
虽然哈曼此时作为奥古的盟友，但她也开始和贾米托夫进行接触，而地点则被指定为提坦斯的据点：色当之门，也就是曾经的阿-巴瓦-空。至于实际意图则是哈曼打算对其进行刺杀但最终失败。而亚伽玛为了支援盟友也来到了L3宙域，并最终和格瓦丹一起撤退。
亚伽玛和其他部队一同开火，联合阿克西斯舰队一起摧毁提坦斯的军事据点色当之门
在UC 0088年1月18日，提坦斯在知晓阿克西斯舰队正在逼近后开始逐步撤出色当之门。得知此事的奥古立马重新编组舰队，展开了阻止提坦斯舰队逃离的作战。虽然以多戈斯•基亚级为主的主力舰队逃脱，但由于阿克西斯的撞击导致色当之门崩坏，产生的大量残骸和巨大冲击波也损毁了多数舰艇。可以说经此一战后提坦斯元气大伤。
色当之门崩坏后赶忙撤离的提坦斯部队
随后奥古为了从阿克西斯手中夺回殖民地镭射而执行了漩涡作战。奥古此时将舰队分成5队，部署在殖民地镭射格林普斯II的周围，分别围绕成漩涡状发起进攻。这样的特殊阵型不仅是为了防范殖民地镭射一炮将其包了饺子，同时也是为了牵制阿克西斯舰队。作战执行日期为UC 0088年2月2日，也是距离格林普斯战争结束前20天。
参加大漩涡作战的奥古舰队
最终逐渐熟悉战争的奥古开始逐步从阿克西斯手中扳回劣势，夏亚等人更是大胆飞跃入侵格林普斯II，破坏微波能源接收板，成功让格林普斯II的机能暂时停止允许。再加上奥古舰队的包围网，使得阿克西斯舰队不得不撤离。不过在撤退前哈曼还是给奥古留下了一份礼物，那便是之前的阿克西斯。现在阿克西斯已经改变了轨道坠向格拉纳达。
夺取格林普斯II的奥古部队
而为了阻止阿克西斯的坠落，奥古打算使用格里普斯II炮击使其改变轨道。由于周边的米诺夫斯基粒子浓度过高，想要从亚伽玛联络格林普斯II无疑不大可行。因此有人提出利用阿克西斯内部的镭射通信设施和格林普斯II取得联系，从而进行定位射击。
然而当亚伽玛抵达阿克西斯时，多戈斯•基亚级以及强化人部队也抵达了这里。之前的强化人罗莎米娅也驾驶精神力高达Mk-II出击。可惜最终在战斗中失控并被Z高达击毁。之后亚伽玛队完成了任务，成功让殖民地镭射炮击阿克西斯并改变了轨道。在完成任务后的亚伽玛也迅速返航前往格林普斯II。
Z高达向靠近亚伽玛的精神力高达Mk-II射击
最终在UC 0088年2月20日，对于在格林普斯II宙域已经完成布阵的奥古部队，提坦斯舰队发起了总攻。而且这场战斗因为新吉翁的介入而变得一场激烈。对此以拉迪修为核心的奥古舰队一边退后，一边努力维持战线。当次日2月21日，亚伽玛从月球宙域返航归队时，战局并无太大变化。
在亚伽玛立即派出MS部队后不久，在最前线战斗的僚舰拉迪修被击沉，舰长汉肯在内的大半人员一同殉职。随后夏亚、哈曼、西洛克以及卡缪等众多王牌机师均加入了战局。在战斗中，蕾柯亚战死，艾玛重伤随后不治身亡，至于亚赞则在机体被Z高达击毁后使用逃生舱脱离了战线。
漩涡作战中，百式准备和大炮一起弹射
待到2月22日，亚伽玛舰长布莱德为了打破僵局决定使用殖民卫星炮。位于射击线上以亚历山大号为首的提坦斯主力舰队遭到了毁灭性的打击，使得提坦斯损失了大半战力。而确认格林普斯II启动的哈曼决定让阿克西斯舰队以及MS后撤。
然而这一战之后虽然让提坦斯等同毁灭，但奥古也损失了大半舰队和MS，加上夏亚本人失踪，使得战斗力和组织力大幅减弱，已经无力干涉战后的局势。剩余部队也前往SIDE-4进行休整，并意外撞上了叛逃至纽迪赛斯的艾诺舰队，大为增强的SIDE-4方面战力也让艾诺舰队意外损失了两艘战舰。而在这场纷争中，唯一保留战力就是后撤的阿克西斯势力了。
格林普斯战争结束后依旧保存实力的唯一势力：阿克西斯
而真正主力新型MS和战舰完好无缺的阿克西斯也在UC 0088年2月29日派遣镇压部队前往各个SIDE。
而在格林普斯战争期间相当活跃的亚伽玛到了第一次新吉翁战争爆发时，卡缪丧失作战能力，艾玛、阿波利等奥古代表王牌机师战死，舰体本身也遭受重创，战力只剩下残缺不全寥寥数台MS，可用的机师更是只剩下花-园丽。
格林普斯战争后伤痕累累的亚伽玛
因此只好于UC 0088年3月3日前往SIDE 1的香格里拉停泊，一边修理舰体，一边进行补给并补充人员。此时窘迫的亚伽玛只能招募军方的候补机师以及捷多这样一群民间人士加入，并且领取了MSZ-010 ZZ高达，重新编组了高达部队投入到和新吉翁的交战中去。
进入香格里拉的亚伽玛在这里也招募一些新加入的成员，绝大半都是一些在当地登记在案的不良少年
然而感慨命运潮流的是，正是捷多这样一群少年，再配上诸多高达型机体的高达部队，在日后会逐渐成长为奥古的核心战力。而且此时的奥古在重编战力的同时，为了阻止哈曼而把亚伽玛这一唯一还保有作战能力的部队投入战斗。且奥古高层队亚伽玛给予了异常的期待，虽然作战中有船坞舰玫瑰人生担任后援，但所有的战斗几乎都是靠亚伽玛单独一舰负责执行。
在UC 0088年3月19日，亚伽玛成功和玫瑰人生会和开始进行维修改装作业。然而稀少的人员以及参差不齐的素质也给改装作业蒙上了一层阴影。再加上身后的新吉翁部队也让亚伽玛感到了极为沉重的压力。
在玫瑰人生中进行维修作业的亚伽玛
在3月25日，亚伽玛和玫瑰人生意外的发现了殖民地月月，并在这里和新吉翁部队发生了冲突，并于26日击沉了敌舰恩多拉俘获了指挥官。
最终亚伽玛于3月28日在玫瑰人生上完成了改装作业，换装了超绝MEGA粒子炮。在4月1日时还遭到了原恩多拉船员的跳帮战，但最终以失败告终。紧接着便接到了队阿克西斯的进攻命令，随后于4月12日使用超绝MEGA粒子炮进行了试射。
之后便是发生在5月19日，亚伽玛执行了对阿克西斯的进攻作战。在途中虽然捷多因害怕损毁居住区伤害平民而意图阻止亚伽玛的炮击，但最终并未成功。亚伽玛还是在布莱德的命令下使用超绝MEGA粒子炮攻击阿克西斯的引擎部分，但可惜收效甚微。
亚伽玛发射超绝MEGA粒子炮炮击阿克西斯
之后为了追击准备降下到达喀尔的新吉翁舰队，亚伽玛不得不前往格林纳达进行整修改装作业。之后在离开格林纳达后再次接受了一次补给，并补充了百式。自此日后被称为高达部队的各机自此到齐，随后这支高达部队也将一直活跃直至第一次新吉翁战争结束。
在格林纳达进行改装整修作业的亚伽玛
从格林纳达出发的亚伽玛接到了阻止阿克西斯舰队降落地球并击沉沙达兰的命令。但是最终在8月1日，阻止阿克西斯舰队的任务宣告失败，捷多等人只能和亚伽玛一起降落至地球。对于亚伽玛来说，虽然还可以在地球行动，但却无法自己返回宇宙，只能留在这里。
降落地球的亚伽玛
在8月2日，迎击阿克西斯舰队失败的亚伽玛在达喀尔南方约400公里的海上降落。同时达喀尔则遭到了阿克西斯的先遣部队以及吉翁残党的镇压。不巧的是亚伽玛所在的海域是吉翁残党的控制范围，这群吉翁残党从新吉翁那里接受了一批两栖MS后便和亚伽玛队爆发战斗，但是很快便被亚伽玛队击溃。
降落到海面上的亚伽玛
为了夹击达喀尔，布莱德决定让母舰和MS部队分头行动，亚伽玛走海路，而港大部队则从陆路前往达喀尔。
在8月31日夜，当新吉翁在迎宾馆举办庆祝晚宴时，卡拉巴和奥古的联军也对达喀尔发起了攻势。高达部队担任先锋潜入达喀尔，奇袭驻扎在市内的新吉翁主力部队。然而奇袭并未奏效，新吉翁的MS部队很快就进入迎战状态，双方也陷入到了市区的巷战中。
亚伽玛队的MS在达喀尔中进行巷战
接着卡拉巴所属的迦楼罗级超大型运输机奥多姆拉抵达战区，并派出MS部队，使得战况出现了变化。虽然新吉翁期间沙达兰向奥多姆拉开火，但奥多姆拉利用贴海飞行造成的水幕作为掩护，使得MEGA粒子炮无法发挥有效的威力，而导弹则因米粒干扰无法命中。另外在战斗中，沙达兰也察觉到亚伽玛正在靠近。
贴海飞行把水幕作为屏障的奥多姆拉
此时从西南方向接近的亚伽玛确实正准备用超绝MEGA粒子炮炮击沙达兰。因此沙达兰撤退越过市区上空，打算从另一侧海面撤出战场。而亚伽玛因不想造成达喀尔损伤，而选择朝市区的东侧发射。
发射超绝MEGA粒子炮的亚伽玛
随着沙达兰的撤退，达喀尔的战斗告一段落。奥古和卡巴拉联军也没有继续驻守在这里。因此达喀尔的这场攻防战并未给任何一方造成致命的打击。对于新吉翁而言，资源有限的情况下并不适合长期占领这里，其目的便是为了逼迫地球联邦让渡SIDE-3，另外还需要占领提坦斯的废弃基地来获取对方遗留的军事技术并牵制联邦军等。
从达喀尔撤退的新吉翁舰队开始占领提坦斯设置在乞力马扎罗的设施，针对奥古和卡巴拉的扫荡作战也开始频繁化。在这种状态下山多拉的指挥官格雷米萌生了反叛哈曼的野心
而亚伽玛也决定和卡巴拉一起一同北上，因为两者目前都没有太多战力，但却能对新吉翁主力舰队发起攻击，其最终目标便是希望地球联邦军一同合作击败新吉翁。但此时的联邦军也正处于重建战力的状态，联邦军高层也对新吉翁的出现抱着消极的态度，倾向于让渡SIDE-3的和平谈判方式而非正面冲突。而布莱德决定都柏林的一大原因便是为了和这些态度消极的军方高层进行交涉。
抵达都柏林进行伪装的亚伽玛
卡拉巴在绿洲都市埃尔戈雷雅设有一处补给基地，在9月21日得知这一消息后奥古斯特便带领AMX-009德莱森部队攻击该地，虽然之后被高达部队所击退，但卡拉巴的补给基地也已经濒临毁灭。
亚伽玛在10月21日抵达了麦利尔湖，并停靠在这里的卡拉巴补给基地。然而此时却遭到了来自山多拉的MS部队攻击。虽然这里有着卡巴拉的吉姆III守卫，但最终得益于高达部队的即使抵达，成功逼退了明多拉。而之前独立行动的高达部队边和亚伽玛合流朝都柏林前进。
在麦利尔湖旁的补给基地启航交战的亚伽玛
也正是在都柏林，亚伽玛和卡巴拉合流后。布莱德和小林隼人这一对经历一年战争的老朋友再次相遇，但此时两人已经不再是当初的少年，而是作为有子女的大人。隼人也登上了亚伽玛，并前往了他养子卡兹的房间。虽说这里被亚伽玛的众人整理过了，但是战舰经过连番作战，因此卡兹的房间门甚至都被卡住了，给这个房间蒙上了更深一层的阴影和悲伤。而卡兹在这个房间里留下的只有他和兄弟姐妹以及养父母的合影，其他的都在进入地球前被处理了。对于隼人来说，特别是作为父亲来说，心中的悲伤也只能通过手指的颤抖能感受到。
在卡兹房间中的两位父亲
而在10月28日，新吉翁为进一步恐吓地球联邦政府，以及奥古、卡拉巴等敌对组织，决定将一座SIDE-4的殖民地坠落到都柏林市。同时为了阻扰都柏林市民逃生，而选择了击沉医疗船、破坏连通市区桥梁和道路，意图造成最大的伤亡。亚伽玛和卡巴拉虽然尽全力救助市民，但却因新吉翁的攻击而没有起到什么作用。这起最大规模的恐怖袭击事件也等同于是向全地球圈宣示，新吉翁是正统的吉翁公国后裔。
目睹殖民地坠落在都柏林的亚伽玛和奥多姆拉
虽然坠落之后的殖民地还保有原状，但都柏林却被完全摧毁。而且在殖民地坠落后的10月31日，精神力高达MK-II也随之出击，和ZZ高达之间爆发了激战。
在此战中奥多姆拉带着众多难民勉强逃生，但卡巴拉的前线领导者小林隼人在此战中阵亡，留在都柏林的卡巴拉成员全数阵亡。而普露也在此役中战死。
在付出惨痛代价的战斗后，亚伽玛的众人在黑雨中为战死的众人默哀
等到时间来到UC 0088年11月2日时，舰上官兵从地球重返宇宙时，服役超过一年半的亚伽玛因无法返回宇宙，便被让渡给了地球上的盟友卡拉巴所使用。但此后，这艘有着光辉历史的亚伽玛动向就没有留下使用记录了。
布莱德在进入宇宙的穿梭机看着移交给卡巴拉的亚伽玛
不过大名鼎鼎的亚伽玛级并不单单只有亚伽玛这一艘船，目前已知的亚伽玛级除了亚伽玛还有另外三艘。
飞马III作为作为亚伽玛级的二号舰，在各项设计上均和一号舰亚伽玛保持一致，但和亚伽玛不同的是，飞马III是在地球上建造的。
飞马III
该舰隶属于联邦军，编号CVW-07。但是将可伸出旋转产生人工重力的居住区重新改为了固定式，同时推进器两侧的辅助推进器也进行了简化。除了一般航行舰桥外，将原先的舰长室改装为一个小小的战斗舰桥，至于舰长室则被改设在舰身内部。且由于舰名为飞马III的关系，因此舰桥的天线也采用了白色基地的样式。
飞马III
就像当初飞马级战舰白色基地作为第13独立部队的旗舰一样，飞马III在UC 0088年作为阿尔法特遣队的旗舰，搭载各类高达型机体前去讨伐纽迪赛斯。在2月25日，飞马III和另外四艘萨拉米斯改从拜努尔发射基地起飞前往宇宙。阿尔法特遣队在编制上隶属于低轨道待命的本星舰队。这一特遣队看似是一支为该任务专门编组的精锐舰队，毕竟舰队中的萨拉米斯改虽然仅仅是堪用，但旗舰却是新造的亚伽玛级。但实际上特遣队中却是毫无作战经验的舰长及舰艇，还有便是竞标失败的MS试验机所编组而来的纸老虎部队。
以飞马III为旗舰，在地球轨道上的阿尔法特遣队
在进入低轨道后，阿尔法特遣队来到了浮动船坞兼联络太空站五芒星进行了最后的整装。这列也是地球本星舰队的驻屯地。随后剩余的船员和MS等装备也在这里送至舰上。随后飞马III以及阿尔法特遣队于次日出发，一边在路途上进行着MS战等机种转换训练，一边航向培曾。
在初次交手后，纽迪赛斯成功利用MS队拖延时间完成了防卫网的设置，之后便开始利用卫星飞弹和MEGA粒子炮向阿尔法特遣队开火。然而还是有两艘萨拉米斯改高雄号和长滩号，被卫星导弹击中并沉没。
以飞马III为旗舰,参加战斗的阿尔法特遣队
虽说之后S高达和Ζ-plus出击并进行了又一轮MS战，但之后阿尔法特遣队还是和纽迪赛斯进入了互相监视的紧张状态里，但双方并没有爆发进一步的冲突。直到2天后来自SIDE 5的另外两艘萨拉米斯改尤里西斯和昆布兰填补空缺。
于此同时为了镇压培曾，本星舰队编组了X分遣队于3月6日 出发前往镇压，然而艾诺提督宣布叛变加入纽迪赛斯。更加恶化的情势使得联邦军只能派出一部分月球轨道舰队和阿尔法特遣队合流攻占培曾。虽然攻略战困难重重，但随着飞马III的持续作战，众人发现将要攻占的培曾是一个陷阱后便纷纷返回母舰。而纽迪赛斯一方在发现对方没有中计后也只能被逼将培曾爆破。
飞马III在作战行动中弹射MS
在那之后，纽迪赛斯展开将月面都市埃尔斯市卷入其中的顽抗，而率领阿尔法特遣队的飞马III在3月12日收到情报后，亦展开追击进行镇压。
在3月13日，阿尔法特遣队开始了作战准备镇压埃尔斯市，舰队本身由15台MS指挥，剩下的30台则飞向了纽迪赛斯的舰队，其中15台还装备了月面降落装备用于镇压月面都市。但是如今他们面对的可不仅仅是纽迪赛斯和埃尔斯市的舰艇，还有着与之合流的艾诺舰队，这直接导致阿尔法特遣队失去了战局的主导权。
阿尔法特遣队准备向月球都市进军
最终首次攻击的结果还是相当的惨重，新出现的高达型MS、逻辑炸弹等等因素，导致出击进攻的30台MS死伤惨重，包括S高达和FAZZ在内仅剩十台。而正当众人感觉绝望之时，本星舰队在无视推进剂消耗的情况下成功赶到，将战力的天平拉了回来。
飞马III的舰桥
阿尔法特遣队也趁此重编了MS部队，同时本星舰队调出了四艘舰船组成贝塔特遣队用于支援。随后制定了于3月17日开始的苍鹰坠落行动。
在苍鹰坠落行动中，本星舰队将负责消灭艾诺舰队，而阿尔法和贝塔特遣队则是负责攻占降落轨道突入点，并和纽迪赛斯的舰队交战。在作战中包括飞马III在内的9艘战舰也将炮火集中在了纽迪赛斯的旗舰乞力马札罗上。
包括飞马III在内的联邦舰队正准备执行苍鹰坠落行动
在作战中，联邦军和对方虽然打的还是相当惨烈且损失不小，但基本上还是占据了战场的主导权。在3月24日，艾诺舰队损失半数战力不得不向SIDE 5撤退，而讨伐队也成功攻入埃尔斯市。距离成功镇压也仅仅剩下倒计时了。但是在3月28日，随着新吉翁的介入，战局再度发生变化。联邦军出于政治考量停止了进攻，而新吉翁也趁此机会回收了剩余的纽迪赛斯官兵。但是埃尔斯市也因此而消失。至于滞留于此S高达和Z-Plus也被召回飞马III准备接受新一波的任务。
月球轨道上的飞马III
为了追击搭救纽迪赛斯官兵的新吉翁舰队，飞马III脱离了阿尔法特遣队全力追赶，因此此时只有飞马III足够快能追上。到了4月，纽迪塞斯从新吉翁手中获得了大型MA，并决定将该机体作为质量炸弹使用，借此攻击作为联邦军总部预定位置拉萨。
从飞马III上出击的训练型耐罗
在4月2日，原先打算驶入L1暗礁宙域搜索纽迪赛斯的飞马III意外撞上了之前和纽迪赛斯分道扬镳的新吉翁舰队。虽说新吉翁目前不打算主动挑起战斗，但其所属的加萨C也做出了高速飞跃飞马III舰桥这种颇具挑衅意味的动作，而飞马III这边则坚守联邦军的命令不能主动挑起战争而一再回避。最后实在是忍不下去的飞马III决定派出MS警戒并警告对方，同时舰艇以最大战速脱离空域前往目的地。
飞越飞马III舰桥的加萨部队
然而当飞马III于4月3日抵达后却发现这里空无一人，反而是五芒星被偷家占领。于是单舰前往五芒星于4月4日进行武装侦察。随后被发现的飞马III遭到了大型MA佐迪亚克的攻击，一发MEGA粒子炮下去直接把右引擎整个削去，同时右舷的居住区也被波及而有着不少伤亡。
但最终佐迪亚克放过了飞马III返回守卫五芒星。但最终结果便是飞马III及其部队夺回了五芒星并击毁了向拉萨坠毁的佐迪亚克，并于4月5日宣告了任务的完成。
抵达五芒星附近的飞马III及其MS部队
另一艘亚伽玛级便是尼凯亚号尼凯亚的出现和卡拉巴脱不开关系，当初卡拉巴希望寻求一艘有着米诺夫斯基飞航技术并可以在大气内运用的战舰，便订购了这样一艘亚伽玛级。毕竟在第一次新吉翁战争期间，隶属于奥古的亚伽玛在降下地球后因无法自力返回宇宙，便留给了其盟友卡拉巴使用。但是随着第一次新吉翁战争的结束，尼凯亚这艘船就显得有些多余了。
尼凯亚
于是便被FSS捡走成为了FSS的所属船只。不过该舰和亚伽玛在MEGA粒子炮以及舰桥造型上还是有所差异。随后在UC 0090年代各方势力争夺光塔的纷争中，成为了FSS所属部队的核心战力，成为了包括威莱德、尤玛在内多名王牌的母舰。
被胡佛从达喀尔弄出来的尼卡亚
在各方势力于贾布罗的旧址开打时，时任FSS老大的胡佛便弄出了这艘船，并从达喀尔通过弹道飞行前往贾布罗。随后在贾布罗周围的海域里首次发威，在一开始便展现出了相当不错的战力摧毁了敌军的两栖MS部队。
停泊在海面上的尼凯亚
随后在一众老员工的帮助下，为尼凯亚装上了原先给麦哲伦级准备的火箭助推器，随后依靠质量加速器成功将舰船带入了宇宙。
装载麦哲伦级的助推火箭，用于脱离大气层的尼凯亚
之后在所罗门的暗礁宙域中成功抢夺了从贾布罗发射的桑格雷-亚斯尔后便前往了荆棘之园休整。这里作为迪拉兹舰队的前大本营，如今却被阿纳海姆买下，并将其改造为自己的据点。这里甚至还有着新建的农业工厂为其提供粮食。而除了休整外，阿纳海姆也为FSS以及收编的吉翁残党部队提供了包括MS和各项武器等。这些前吉翁MS机师也因此换装了更先进的雷姆等机，同时战舰上也换上了光束扰乱幕等新玩意儿，属于是实打实的鸟枪换炮打起了富裕仗。
停泊在荆棘之园中接收补给的尼凯亚
在获得联邦主席的认可后，FSS之后的行动也正式升格为联邦政府所认可且授权的军事行动。并前往光塔执行任务，不过过程也并非完全一帆风顺。虽然刚开始还行，但是因为部队里有机师因熟练度不够而装上残骸，从而让其他部队的人发现了踪迹。其中不仅有葛普的势力，还有蠢蠢欲动的新吉翁也是如此。话不多说三方自然开打，但FSS和葛普毕竟都是联邦的一方，因此最终还是夏亚带领的新吉翁部队之间展开了交战。在战斗中夏亚也展现了极为强大的战斗力，以一敌多。不过最终众人还是成功完成了目标，将光塔的威胁成功解除。
在菲留斯的帮助下，击沉了打算对尼凯亚发起特攻的龙飞组件
同时还有一艘亚伽玛改，被称为玉龙号，编号为CVWA-10。该舰是奥古的参谋本部转换方向打算对抗新吉翁时所订购的船只，并在月面都市安曼的船坞中制造。其造型也和原先的亚伽玛差别较大。其主船体龙骨被大幅延长，舰体和机库结构也进行了大幅修改。
亚伽玛级改：玉龙号
该舰在UC 0089年时作为SIDE 2夺还作战的旗舰使用，并和残存的新吉翁舰队交战，而其领导者自称是哈曼，即应当死在第一次新吉翁战争中的新吉翁领导者。舰上也搭载了包括Z II V型在内的高性能机体。
航行中的玉龙号
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