up爆肝6小时,SnapGene入门操作和序列比对新手教程
港都居士司马仲达
2022年11月07日 08:30

大家晚上好,今天的视频的主角是snapgene

之前的视频已经分享过snapgene的安装了,今天和大家介绍snapgene软件的使用。

snapgene是一款分子克隆软件,帮助我们更高效,更高大上的构建我们所需的质粒。

废话不多说,我们直接进入snapgene的使用教程,我将直接以我的实验案例向大家展示snapgene软件的使用。

首先打开后缀名为.DNA名字为H11_EF1α_CBE4_dCas9_T2A_cherry的文件,如果你之前没有使用snapgene的话,先右键选择打开方式,选中snapgene打开

打开以后映入眼帘的是一个环形的质粒图谱,质粒名称是H11_EF1α_CBE4_dCas9_T2A_cherry,质粒的长度是13895bp,

这个图谱呢是我的目标,我想要把这个图谱的质粒构建出来。这就好像是房子的设计图纸,虽然我还没有拿到房子,但是我可以好好欣赏着设计图纸。

这个history功能非常实用,它可以告诉我们,我是怎么绘制出我的质粒图谱的,它反映的是我绘制图谱的过程

01:49 history功能介绍

03:55 单片段同源重组引物设计方法

06:04 Kozak序列GCCACC

08:05 你的第一个质粒图谱制作

11:02 4天就可以完成的质粒构建流程

1 10月26号着手构建这个质粒,设计了引物,纯化方式选择HAP,是3毛5一个bp

2 10.27 Pac1 Enzyme digestion H11_EF1α_donor和用设计好的引物以Rosa_EF1α_CBE4_dCas9_T2A_cherry为模板P出CBE4_dCas9_T2A_cherry

3 C115 Homologous recombination+转化

4 10.28 挑菌,摇菌,质粒小提,送测序

13:53 超重点序列比对功能来啦

最后重点介绍snapgene的序列比对功能,之前我在B站发布了DNAstar套装里的seqman来进行序列比对,那是因为我之前没有接触到snapgene,snapgene的序列比对非常好用,强烈安利给大家。

可以直接显示峰图,

可以高通量比对测序结果,100条测序结果都可以

可以直接正反向都比对