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1-CLICK DOCKING 在线工具

本文介绍了一款在线分子对接工具：1-CLICK DOCKING

蛋白质（酶）和核酸或小分子相互作用形成超分子复合物的能力在蛋白质的动力学中起着重要的作用，这可能增强或抑制其生物学功能。小分子在靶蛋白结合口袋中的行为可以通过分子对接来描述，该方法旨在识别蛋白质结合袋中配体的正确结合模式，并预测配体与蛋白质之间的亲和力。这在网络药理学中常用作对药物小分子与核心靶标的结合验证。通过计算机寻找特定配体的结合模式或对接分数时往往十分琐屑，1-Click Docking是一个理想的在线解决方案。它可以简单帮你深入了解配体如何与靶标结合，以及它在结合位点形成的关键相互作用。

网站地址：

https://mcule.com/apps/1-click-docking/

操作演示① 进入网址，通过邮箱进行账号的注册

（免费账号目前一个月可进行50次对接，应该已经够用了）

（免费账号目前一个月可进行50次对接，应该已经够用了）

②绘制配体：

1.可以手绘：

手绘

2.我们这还是用第二个选项输入编号吧：

首先，在pubchem搜索配体名称并复制SMILES：

pubchem搜索配体名称并复制SMILES

然后，在1-click中粘贴并绘制配体

1-click中粘贴并绘制配体

②绘制受体：

1.可以直接搜索内置的9871个蛋白受体，也可以自行上传pdb或pdbqt格式的受体文件

2.我们这就直接用内置的了，搜索TP53，点击绿色进行选择

直接搜索内置的9871个蛋白受体

③以上步骤完成，点击最下方的dock键就可以进行对接了

进行对接

结果展示演示

对接得分：

对接得分

自带的对接可视化：

自带的对接可视化

下载结果的pdb文件再用Discovery Studio软件绘制一下2d图和残基-配体交互情况：

2d图

残基-配体交互情况

也算像模像样了

就分享到这