在1587年的伴天连放逐令之际，拥有宇久家实权的大叔父宇久盛重(宇久盛长之父）因为在领内开始迫害天主教，家臣团的一部分(大滨玄雅等人)亡命长崎等，在宗门问题上开始走向对立。

1592年一统天下的秀吉计划征伐朝鲜。宇久家因此开始了“文禄之役”的参加，以此次战争为契机将姓氏从“宇久”改为“五岛”。又忌惮大和中纳言(丰臣秀保)，将官位的名字改为若狭守。

而宇久盛长的正室之细子姬美貌出众，被造访五岛的丰臣秀吉家臣看中，秀吉听说此事后，命令她到名护屋城的阵中出仕。但是，据说细子姬在出仕途中坚守贞节自杀了。

在1587年的伴天连放逐令之际，拥有宇久家实权的大叔父宇久盛重(宇久盛长之父）因为在领内开始迫害天主教，家臣团的一部分(大滨玄雅等人)亡命长崎等，在宗门问题上有对立。

1592年一统天下的秀吉计划征伐朝鲜。宇久家因此开始了“文禄之役”的参加，以此为契机将姓氏从“宇久”改为“五岛”。又忌惮大和中纳言(丰臣秀保)，将官位的名字改为若狭守。

在朝鲜之役中，五岛纯玄和刚从长崎回来的叔父大浜玄雅共同出阵。

五岛家士兵700、军船17艘、属船8艘渡海的五岛军，属于小西行长的一番队而活跃着。

1594年7月的休战交涉中，纯玄得了疱疮，也就是天然痘（天花）。在甲斐治疗，但因护理无效病逝了。享年33岁。

“可惜了。日本的医术终究是不行呢，但太阁殿驱逐了南蛮人，吾命休矣！让大浜玄雅作为继承人。”纯玄临死前留下嘱托道。

纯玄的重臣平田甚吉、青方善助等人将纯玄的遗书献给了小西行长。玄雅跟随纯玄前往朝鲜，行长根据纯玄的遗书决定让玄雅继承家督。

但是玄雅因为家中对立的原委并且以前争夺过纯尧之后的家督所以婉拒了。在小西行长的劝说下，玄雅虽然有嫡男，但将堂兄弟宇久盛长(宇久盛重之子)的长子五岛盛利收为养子作为继承人，得到了反对派的认可，成为了家主。

之后，纯玄的遗体被浸在酒中运往五岛，葬于福江大圆寺。与镰仓时代的祖先宇久五岛家5代宇久竞一起被并祀于始祖城山大权现，作为城山神社的三柱神被祭祀。

另外，据说纯玄的夫人喝了三杯浸有遗体的酒，就告辞回平户老家去了。

家督继承者协商的结果，是以宇久盛长之子为养子为条件，家督由纯玄的叔父五岛玄雅(大滨玄雅)继承。

1596年，回国的玄雅从事捕鲸业，作为一名虔诚的天主教徒，在秀吉的二十六位圣人殉教之后也将传教士留在城内。但是没有被秀吉发现。

1597年，玄雅得到了丰臣姓氏的下赐。庆长之役继续出征。

1600年关原之战参加了由松浦镇信为核心的，以肥后各豪族大名今后路线为主题的神集岛会议，玄雅在会议中明确表达了其中立的立场。

“小西行长曾经对我有恩，如果没有他我可能到现在都当不上家督。之前和他父亲小西隆佐也是旧识。他打算加入西军。会议前我也已经加入了西军。

但是现在这次战争很明显是德川占据优势，西军已经是兵败如山倒了。现在我五岛家转投东军东西抵消应该算中立吧，这也算是报答了小西恩情又没有得罪德川，使得领地安堵吧。如果行长能够认清局势就好了，可惜他一根筋支持西军，认为是正义所为。”五岛玄雅发言道。

而其他人诸如大村喜前，有马晴信，松浦镇信等人因不同原因和理由都发表了加入东军的念头，他们之后都获得了安堵。

后来到了战后，家康已经在江户开幕府了，五岛玄雅被家康召到骏府。

“听说你在关原之战的时候一开始是西军，后来才投靠我军。”家康问道。

“是的。小西家对我有恩，我得报答他们。但我依旧希望能够本领安堵。”玄雅说道。

“安堵？这个嘛也不是不行。但凡事都是要付出代价的，你为了你的恩和义也是要付出代价的。我听说你信仰吉利支丹，即使是丰臣秀吉驱逐伴天连的时代依旧藏匿宣教师。只要你放弃你的宗教信仰，并且一直留在骏府，我就同意你的请求。”家康说道。

“可以，我可以放弃我的信仰，我也可以不回去五岛。”纯雅思前想后，最后回答道。

于是玄雅成了福江藩初代藩主，虽然直到1612年去世都没回到领地。

养子五岛盛利继承了家督。后来，由此引发了“大滨主水事件”。

主水是玄雅的亲生儿子，角右卫门的养子，向幕府控诉了盛利的继承问题和失政。

“可恶，本来家督应该是我主水的。软弱的父亲却收了盛定的儿子当养子。”主水不满道。

但是，幕府承认盛利的正统性，盛利处于孤立无援的状态，于是主水一伙人被盛利排除处刑。

1613年，盛利为了加强作为藩主的权力。把在乡的家臣团移居到城下,层层推进了兵农分离和福江直等军事和民生政策。

1614年8月15日居城江川城被烧毁。再加上大坂冬之阵开始，不得不出兵，因此暂时受挫。

“我本来励志推进利国利民的政策，休养生息的。可没想到原以为是泰平盛世了，居然还要再次打仗，但是不出兵领地可能就被德川幕府没收了，真是郁闷呢，只能出兵啊。”五岛盛利想到