1871年7月14日午后2时，东京笼罩在大雨中，部分在京的旧藩主急匆匆地被召入皇居大广间。明治天皇忽然现身，身旁的右大臣三条实美宣读诏书，“为保护亿万子民、为崛起于世间万国”，全国土地为新政府直辖，旧藩主全部离开旧藩地移居东京。闻听此诏，几乎在场所有人都怀疑起自己的耳朵，废藩置县实行之突然出乎了大多数人的预料。这可以说是一次规模前无古人后无来者的削藩运动，江户时代留下的261藩被一片诏书全部消灭，幕藩体制完全退出历史舞台，中央集权的明治政府终于诞生了。而这一切要从最初的废藩开始讲起：
16世纪，南部晴政、南部信直作为东北地区最大的豪强之一，与丰臣、德川、伊达共同活跃于战国时代。关原合战鼎定天下后，德川家康承认了南部氏在日本东北地区的利益。江户时代，南部家与伊达、上杉、佐竹、会津松平共同成为东北大藩。
1869年，象征维新胜利的戊辰战争结束。东北诸藩作为对抗新政府的顽固势力，被处以重罚。会津藩没收全部领地，伊达家的仙台藩从62万石被削至28万石。南部家的盛冈藩从20万石削减至13万石，主城也被没收，移居磐城白石。之后，藩内发起了复归运动，新政府以70万两献金的条件答应了他们的要求。于是部分保守派开展了砸锅卖铁凑献金的运动，士族放弃俸禄、出卖家产武具，一年后也仅凑出了五万四千两，藩财政却因此彻底破产，而这时新政府派往盛冈藩的按察使要求，剩余献金以进一步上缴三万五千石石高为代价。新政府的过分要求激怒了盛冈藩，明治三年，藩知事南部利恭向新政府提出辞表。7月，新政府批准了盛冈藩的废藩请求，设立了盛冈县，盛冈藩超过300年的传承不复存在。
同时期，由于倒幕战争中站在了幕府一方，姬路藩被列为朝敌，藩主酒井忠惇被勒令隐居，并被要求上缴军费。新任藩主酒井忠邦站在新政府一边，与父亲忠惇、祖父忠绩分为两派，展开了激烈的藩内斗争。酒井忠绩曾任幕府老中，有着忠邦难以比拟的政治威信。在此情况下，酒井忠邦先后两次向新政府提出了废藩置县的申请。这时的废藩置县申请，成为了新任藩主打击旧势力树立个人权威的手段。新政府并没有批准他的请求，酒井忠邦得以在天皇和新政府的基础上再次建立正当性，树立了对藩内的统制，姬路藩也消除了朝敌的名号。
除了姬路、盛冈这些较大的藩，这一时期诸多小藩也由于各种原因提出了废藩请求，仅有1万石的狭山藩由于藩财政严重亏空，主动向新政府提请废藩，而狭山藩主就是大家熟悉的北条家后人——北条氏恭。他和另外几名小藩藩主一同奉命搬入东京，以新政府发放的家禄为生。
这些事件，侧面反映了废藩置县得以实现的历史背景。1869年1月20日，长州藩主毛利敬亲、萨摩藩主岛津忠义、肥前藩主锅岛直大、土佐藩主山内丰范四人联署建议书上奏新政府，请求奉还领地，再由政府重新建章立制、分封领国，从而加强中央政府权力。这一建议书背后推动者实际是萨摩大久保利通、长州广泽真臣、土佐板垣退助和肥前大隈重信。领地奉还后，大部分旧藩主失去了领地所有权成为知事，名义上全部领土都属于中央政府，但知事甚至可以世袭。虽然缺乏实质性进展，但这拉起了废除幕藩体制、建立中央集权政府的帷幕。
鸟羽伏见战胜后，新政府率先在部分地区开展建立中央集权统治的尝试。戊辰战争胜利后，新政府为实行废藩置县反复与各藩开展了沟通协调，219名各藩代表中赞成郡县制的有102名，支持府藩县并行体制115名，郡县制赞成者中又分为实质郡县派和形式郡县派，府藩县并行制赞成者构成更为复杂，公议完全难以统合。中央集权的程度、各藩究竟享有多大的自主权意见难以统一。新政府最具有发言权的维新三杰中，改名木户孝允的桂小五郎是最为激进的中央集权论者，而已成为萨摩藩最大话事人的西乡隆盛则倾向各藩保持最大限度独立。大久保利通则成为了相对务实的推动者，前面的四强藩建议书就是一种相对妥协的结果。大久保利通、木户孝允、西乡隆盛等人也产生了复杂的理念分歧，引发了权力争斗。新政府一度因此陷入空摆，难以调和的分歧使得任何重大政策都难以形成。
其实在这种争论中，在中央政府有意削藩集权的情况下，各藩也面临着严峻的形式，有利于废藩的条件已经具备了：
首先，各藩面临着普遍性的财政困难。根据明治政府成立初期调查，1868年全部藩债高达6691万日元。1870年，诸藩债务总额达到了收入的三倍，五万石以上的大中型藩平均2.63倍，小藩平均达到了3.58倍。财政层面上，藩体制已经处于难以为继的层面。城郭的维护费用被取消，士族俸禄普遍被削减1-4成。静冈、仙台、米泽这些曾经站在维新政府对立面的朝敌藩和部分小藩大幅削减中上层士族俸禄，上下层士族平均化。武士们大面积陷入贫困，甚至三餐难以保证，对藩体制的核心阶层武士们造成了严重的心理打击。前面提到的狭山北条家就是出于这种原因主动提出废藩请求的。
其次，藩主阶层普遍失去了藩政主导权。江户后期开始，多数藩政由中下级武士主导，明治维新更加剧了这一进程，倒幕战争阶段各藩的外交和军事指挥权由重臣代理，新政府成立后，西乡、木户、板垣等人在藩内的发言权甚至已经高过了传统领主岛津、毛利和山内。这也是我们在整个倒幕维新过程中，很少能够看到那些熟悉姓氏的原因。藩主阶层威信急速下落，与藩士旧有的君臣关系日渐薄弱。同时由于幕末主导意识形态是尊王论，活跃的藩士阶层日渐臣民化，象征全国的天皇地位超过了作为地方领主的藩主。
最后，新政府拥有了一支强大的军队。1871年2月，在西乡隆盛主导下，萨长土三藩向朝廷贡献兵员，整合为“御亲兵”，这支部队虽然人数仅有6000-8000人，但由倒幕阶段战胜幕府军的三藩精锐组成，可以说是当时日本国内最强战力。御亲兵之外，新政府进一步在全国设置了四大镇台，建立了15000人的官军。与西乡隆盛的亲兵政策同时，山县有朋开始建立征兵制度，这虽然与西乡建立以士族为中心的天皇亲军的理念相抵触，但这毫无疑问更符合近代潮流，军队国家化更加有利于中央集权的实现。兵部省为此设立了大阪兵学寮，全国范围吸收人才。虽然仍旧以各藩士族为主，但新制度最大限度地排除出身地和等级因素，以有“枪口指向藩主的觉悟”为目标，建立政府军。
关于政府组织形式的争论一直持续到1871年。也许木户、西乡、大久保等人也洞察到了现状，三人终于达成了一致，依靠萨长两藩即刻实施废藩。这次重要决定是明治三年7月9日东京木户孝允家做出的，当时正下着大暴风雨。出席密谋者共七人，萨摩的西乡隆盛、大久保利通、西乡从道、大山岩，长州的木户孝允、山县有朋、井上馨。木户提出，马上向各藩发出旧藩主限期上京的命令，“断然处置”不服决定的藩，西乡和山县都表示，“用兵的事情可以交给我”。七人约定一旦废藩计划失败，共同辞职，悬即将他们的结论报告给朝廷最高负责人岩仓具视和三条实美，一直希望走稳健协调路线的岩仓具视大跌眼镜，却也无可奈何。
在上述人等的推动下，明治四年七月十四日上午10点，长州毛利元德、萨摩岛津忠义、肥前锅岛直大、土佐代理板垣退助四人，在皇居正式向天皇提出率先版籍奉还的建议书，天皇赞许了他们的行为。随后尾张德川庆胜、熊本细川护久、鸟取池田庆德和德岛蜂须贺茂韶也提出了版籍奉还的请求。4个小时后，开篇的一幕就出现了，削藩就这样轻而易举地实现了。
可以看出，废藩计划的突然实施和当年小御所会议后断然发动王政复古政变如出一辙，同样属于密室政治。萨长两派人着实在倒幕维新这场变革中发挥了最为关键的作用，以快刀斩乱麻的方式引导了时局。参与这次决策的，全部成为日后左右日本政局的大人物，三杰死后，参与最终决策的其余四人全部成为元老，再加上过程中一直坚定站在木户一侧的伊藤博文，早期的八位元老中六位都发迹于废藩置县运动，萨长藩阀得以顺利传承。其他活跃如肥前大隈重信、土佐板垣退助和佐佐木高行等人，也成为了日后政界举足轻重的人物，废藩置县运动不仅造就了明治政府，甚至为战前日本政府奠定了基调。
废藩置县过程的风波很难称得上强烈，反对中央政府集权的地方势力，与幕末遗留下来的排外攘夷志士搅在一起，长州藩奇兵队也发生了脱队骚动，东京、京都、九州等地发生了诸多不稳的事态，浪客剑心的原型河上彦斋在熊本藩显露了反对新政府的态度，日田和松代地区士族和农民联手发动一揆，久留米藩全藩卷入颠覆政府的阴谋，1871年1月，积极推动版籍奉还的长州藩中心人物、中央政府参议广泽真臣被暗杀，凶手至今不明，这一事件一定程度上坚定了中央集权论者们的意志。2月，新政府出兵九州、四国等地，3月，搜捕了东京府内各藩邸，对政府内地方封建派的协助者进行了弹压。8月到次年2月，西日本掀起挽留旧藩主起义16次，但马上就被镇压。旧藩主则由于华族制度，摆脱了已经无解的藩政和债务实现了华丽转身，反而毫无顾忌地陆陆续续迁居东京。
1871年10月8日的纽约时报这样报道：日本政府颁布了废除大名身份的法令，这个法令使统治各地超过300年的领主们失去了统治者的身份，他们的领地并入了中央政府直辖领地中。至此，日本政府终于完成了中央集权。
