从零开始的科研之旅之五——全网最快的microRNA引物设计
hesc999
2021年10月23日 12:49

一分钟设计microRNA引物你信不信

第一步:到miRBase下载想要的miRNA序列:

进入http://www.mirbase.org,在右上角搜索框中输入想要的miRNA;

比如,这里我输入“hsa-miR-133a-3p”;

如果miRBase里面有这个条目会自动进入这个页面:

滑动页面,找到hsa-miR-133a-3p,注意这个页面同时有hsa-miR-133a-5p,不能选错!

点击序列下方 Get sequence 按钮,这样我们就获得了hsa-miR-133a-3p的成熟体序列 。

序列默认是FASTA格式,从5‘端到3’端排列

5‘  UUUGGUCCCCUUCAACCAGCUG 3’

第二步,打开下面的链接,下载设计软件:

进入http://www.vazyme.com/companyfile/7/,下载Vazyme miRNA引物设计软件;

下载后解压,双击运行miRNA Design V1.01,开始进行引物设计。

如果提示打开错误请看文末说明。

输入miRNA序列后点击设计引物,即可得到逆转录引物序列及qPCR引物序列

这里还是以“hsa-miR-133a-3p”为例实操一下:

复制③和④那一共3条引物序列,一起送公司合成,建议PAGE级别。


miRNA Design软件打不开的解决方法:

1.      在安装软件miRNA Design时,如果出现“Component 'RICHTX32.OCX&#​39; or one of its dependencies not correctly registered:a file is missing or invalid”错误(见下图),说明系统文件Richtx32.ocx丢失或无效,导致无法注册,首先注册文件,该方法如下:

 

2.      查看系统类型。鼠标移至计算机,右键,选择属性,在弹出的窗口中查看系统类型(见下图)。 

Win7系统界面

Win10系统界面

3.      如果是32位系统,将Richtx32.ocx(在文件夹里面)复制到C:\Windows\System32目录下;64位系统,Richtx32.ocx文件复制到C:\Windows\SysWow64  (见下图)

注意32位系统和64位系统目录名不一样

4.       用管理员身份进入cmd窗口。程序---附件---命令提示符(管理员身份进入)(见下图)

Win10系统可以点击放大镜按钮输入cmd,右侧选择“以管理员身份运行”

5.       输入命令。

32位系统,输入”regsvr32 richtx32.ocx";

64位系统,输入“cd c:\windows\SysWow64",回车,最后输入&#​34;regsvr32 richtx32.ocx"。(见下图)

 

32位系统

64位操作系统

 

6.       确认操作。成功注册系统会弹出:"注册成功&#​34;提示框。(见下图)

7.       再去打开miRNA Design,即可。