基于CentOS7命令行系统的并行VASP.6.1环境设置及编译安装
做个有个性的绅士
编辑于 2022年08月03日 11:22

前言

使用本文需自行准备好vasp6安装包、intel_parallel_studio_xe_2019及以上编译器

1. 安装CentOS7,基础服务器,勾选”开发环境”

*未勾选时安装gcc总会出错,勾上省事

*官方iso下载:http://isoredirect.centos.org/centos/7/isos/x86_64/

2. 联网

cd /etc/sysconfig/network-scripts/

#修改所有网卡文件

*将“ONBOOT = no” 改为 “ONBOOT = yes”

#重启网络

service network restart

3.安装htop(类似于win任务管理器)

yum install epel-release

yum install htop

4.安装开发环境GTK2,3, Xrog

yum install gtk2 gtk3 libXScrnSaver

5. 安装intel_parallel编译器(某宝搞的教育版,带证书文件)

每步通过google翻译即可知道意思,看着选就行

(图形界面 Graphic_xxx相关的可以忽略)

***在安装选项中选择自定义安装组件***

***取消勾选所有GUI选项***否则安装报错

*4. [Custom] Intel VTune Amplifier 2019 Update 4

*5. [Custom] Intel Inspector 2019 Update 4

*6. [Custom] Intel Advisor 2019 Update 4

***可能提示缺少32位库,忽略就好***

# 在~/.bashrc文件尾添加

source /opt/intel/parallel_studio_xe_2019.4.070/psxevars.sh

#重新加载环境

source ~/.bashrc

# 编译lib

cd /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.4.243/linux/mkl/interfaces/fftw3xf

make libintel64

6. 安装Intel_openmpi库(包含在oneAPI HPC Toolkit中)

由于HPC基于基础版oneAPI Base Toolkit

Basement下载(3.5GB): 

https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/tools/oneapi/base-toolkit/download.html

HPC下载(1.3GB):

https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/tools/oneapi/hpc-toolkit/download.html?operatingsystem=linux&distributions=webdownload&options=offline

安装环境调试:

#NSS库*可能提示找不到liblzma.so.5库,此时进行链接

ln -s -f /lib64/liblzma.so.5.2.2 /opt/intel/intelpython3/lib/liblzma.so.5

yum install nss

# /opt目录空间可能不足,我安装在/home目录

#按说明安装

./l_BaseKit_p_2021.3.0.3219_offline.sh

./l_HPCKit_p_2021.3.0.3230_offline.sh

# 安装成功后

# 在~/.bashrc文件尾添加

export PATH=$PATH:/home/intel/oneapi/mpi/2021.3.0/bin

#重新加载环境

source ~/.bashrc

7.VASP编译安装

# 解压

# 提取并行版安装文件

cp /安装目录/vasp.6.1.0/arch/makefile.include.linux_intel_omp /安装目录/vasp.6.1.0/makefile.include

# 开始编译

make all

#若成功,进入vasp.6.1.0目录,应发现有vasp_gam等共3个文件

#在~/.bashrc最后添加

export PATH=$PATH:/安装目录/vasp.6.1.0/bin

#重新加载环境

source ~/.bashrc

8.测试vasp

# 新建测试文件夹

mkdir TEST

cd TEST

# 运行

vasp_std

# 出现上下两个&#​34;ERROR"字样, 并标识 &#​34;No INCAR found, STOPPING"

安装成功的话是这样的