混元珠能量巨大，由天地灵气孕育而出，元始天尊将它提炼成灵珠和魔丸。

灵珠投胎为人，助周伐纣时可堪大用；而魔丸则会诞出魔王，为祸人间。

元始天尊启动了天劫咒语，三年后天雷将会降临，摧毁魔丸。

然后他派遣徒弟太乙真人将灵珠托生于陈塘关李靖的儿子哪吒身上，完成任务后就将他升为十二金仙之一。

这件事引起了元始天尊另外一位徒弟申公豹的嫉妒。他自认为能力非凡，却不受重用。

申公豹想要破坏这次任务，于是引诱太乙真人酗酒。

趁他疏忽之时，申公豹使用傀儡符将灵珠和魔丸掉包。

这导致本应是灵珠转世的哪吒却成了混世魔王，一出生便攻击陈塘关百姓。

百姓们想要处死这个魔童，母亲殷夫人和李靖全力回护小哪吒。

太乙真人则用乾坤圈暂时压制哪吒身上的魔气。

申公豹盗取灵珠后，去和负责镇压海底妖兽的龙王合作，将灵珠注入龙王之子敖丙的体内，并收他为徒，教他本领准备将来除掉魔丸，在封神之战中建功立业。

小哪吒在百姓们的偏见以及同龄小孩的疏远中，艰难成长。为了排遣满腹孤独与愤怒，他经常闯祸。

父母为他操碎了心，李靖为了让哪吒走正道，说他是灵珠转世，天生神力。

调皮捣蛋、顽劣不堪的哪吒被激发起了英雄之心，拜太乙真人为师，在山河社稷图中学习斩妖除魔，希望将来能为民除害。

第二年的一天，哪吒从山河社稷图中出来后，追杀抓走小女孩的海夜叉。

期间哪吒结识了敖丙，两人联手制服了会石化术的海夜叉，救下小女孩。

敖丙送给哪吒一个可以联络他的海螺，他们成为了彼此唯一的朋友。

哪吒做好事反遭误解，百姓对他拔刀相向，父母却相信他。

敖丙回到龙宫后，方才得知原来哪吒就是魔丸。

申公豹告诉他：三年后天劫降临，魔丸会大开杀戒，就是你拯救陈塘关，名正言顺成为灵珠之时，你只有在封神大战中建功立业，封神登天，才有机会将龙族带离这海底炼狱。

敖丙对魔丸是否真的十恶不赦存有疑虑。

龙王则告诫他：你的成败关乎全族的命运，切莫被假象蒙蔽了心智。

第三年，李靖抓获了海夜叉，为了还哪吒清白，特意举行生辰宴，邀请百姓们来参加。

哪吒也邀请敖丙来参加。

生辰宴时，申公豹又出来搞破坏，告诉哪吒他不是灵珠而是魔丸，并传授他解封乾坤圈的口诀。

然后哪吒解封乾坤圈，彻底被魔丸魔化，当着陈塘关所有百姓的面，大杀四方。

敖丙身披斗篷出现，压制住哪吒，救了所有人，众百姓感恩。

李靖却嗅出异样的气息，忽然上前摘掉了他的斗篷。

在发现敖丙头上有犄角后，众百姓忘恩负义，纷纷嘲讽他原来是妖精。

敖丙落荒而逃，申公豹出言蛊惑说：只有把这些人杀了，事情才不会败露。

敖丙内心挣扎，纠结几番后还是把海水冰冻到天空，想要直接把陈塘关砸烂。

太乙真人的坐骑猪让在愤怒孤独中等死的哪吒，看到了之前李靖为了让他活着，上天去求元始天尊，并不顾太乙真人的阻拦，向看门仙求得换命符，要在三年天劫到来之时，引雷给自己，以命换命。

哪吒终于明白自己从来没被父母抛弃。不仅如此，还恰恰相反，父母对他的爱至坚至纯。

深受感动之下，哪吒决定像父亲守护陈塘关一样，去拯救危在旦夕的百姓们。

哪吒和敖丙再次开打，对他说：老子虽是个魔丸，都比你活得像个人样。

敖丙闻听此言，幡然醒悟，你是谁，不取决于是魔丸还是灵珠，而是取决于你的所作所为。

此时天劫降临，生而为魔的哪吒却没有屈从于命运安排，最后选择舍身战天雷。

敖丙也抛弃执念，和哪吒一起对抗天劫，并肩而战。

最终两个人肉身被毁，好在太乙真人用七色宝莲护住了他们的魂魄。