RNA聚合酶由五种亚基组成的六聚体（α2ββ'ωσ）分子量约500 000。其中α2ββ&#​39;ω称为核心酶（coreenzyme），σ因子与核心酶结合后称为全酶（holoenzyme）。

图1 左为RNA聚合酶核心酶结构图，右为RNA聚合酶全酶结构图。

1. α亚基

α亚基由αCTD和αNTD两部分组成，两个部分之间是由柔性组件进行连接的，其中αNTD与RNAP的其余部分进行连接，αCTD与启动子上游元件进行连接，而由于α亚基两部分之间是柔性连接的，所以αCTD 可以占据启动子上游的不同位置。

图2 α亚基示意图

图3 α亚基结构图

2. β亚基和β'亚基

β亚基和β'亚基分别由rpoB和rpoC编码得到，在MG1655菌株基因组中，ropB基因和ropC 基因是相邻的。β-亚基和β′-亚基通过与α-亚基的N端结构结合而组装，组装形成一个裂缝，在其中是RNA聚合酶的活性位点。

图4 左为β亚基结构图，右为β’亚基结构图。

3. ω亚基

ω亚基由rpoZ基因编码，ω亚基具有保护β′亚 基、帮 助β′亚 基 折 叠 和 协 助RNA聚 合 酶组装等功能。研究发现，大肠杆菌的rpoZ基因缺失突变体在常规培养基中的生长比野生型菌株显著减慢，说明ω亚基在大肠杆菌细胞生长繁殖过程中起重要作用。

图5 ω亚基结构图

4. σ亚基

σ70亚基由rpoD基因编码，是由四个结构域组成的，这四个结构域分别能够跟启动子上的不同元件进行连接。σ因子的作用是引导RNA聚合酶在启动子处的定位，然后协调开放复合物的形成。因此，RNA聚合酶和启动子特异性取决于其σ因子。

图5 σ（σ70）亚基结构图