1. 在终端输入如下两行命令：

vmd > set cell [pbc set {31.0 15.64 15.64} -all]      

(注：上面的数值的单位为Angstrom.)

vmd  > pbc box -center origin -color black -width 1

vmd > pbc box -on

vmd > pbc wrap -all

(OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all)

2. 到VMD main 窗口，点开Representation菜单，程序会弹出Graphical Representations窗口。此时，选择Periodic 按钮，选择要画的周期性图像(Select periodic images to draw). 如图：

图1. 选择在X轴方向重复出盒子。

3. 最终显示出的盒子边界，如图2

图2. 模拟盒子的周期性边界.

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附：

1. 临时改变背景颜色。例如，要把背景色改为白色，方法如图3

图3. 设置背景色的方法.