引发一系列事件的起因是这样的：亚甸国的国王德马维，在自己的游船上被一位强壮的光头狩魔猎人杀害，还被残忍地割头。（游戏开场CG）

于此同时，泰莫利亚国的国王弗尔泰斯特正在平叛，玛丽·露易丝·拉·瓦雷第夫人，也就是弗尔泰斯特国王的情妇，和自己的儿子拉·瓦雷第男爵叛乱了，而且拉·瓦雷第夫人将她和国王所生的一对儿女也给带走。

在拉·瓦雷第城堡攻坚战中，守护在弗尔泰斯特国王身旁的是位很著名的人物，那就是绰号“白狼”的狩魔猎人——利维亚的杰洛特。战争期间他一直保护着国王，甚至面对巨龙也尽忠职守绝不退缩。

然而，事情却发生了戏剧性的转变，尽职尽责的保王者在一瞬间就变成了凶狠残暴的弑王者。整个事情的真实的情况是这样的：在攻克了拉·瓦雷第城堡后，弗尔泰斯特国王终于见到了自己的私生儿女，因为害怕杰洛特吓到他们，所以国王遣开了他。这时伪装成瞎眼僧侣的刺客突然动手了，他撕下眼罩持刀向国王脖子抹去，察觉不对的杰洛特虽然飞身阻止，却已为时已晚。国王遇刺身亡后，刺客也跳窗而逃，而刺客就是那名杀害亚甸国国王德马维的光头狩魔猎人。杰洛特当时手持利剑正在查看国王尸体，却被随后赶到的士兵看到，于是百口难辩的杰洛特被指控谋杀国王，锒铛入狱。

不过蓝衣铁卫的指挥官弗农·罗契却有些疑惑，于是他亲自审讯了杰洛特，并最终相信了杰洛特的解释。他决定帮助杰洛特越狱，条件是让杰洛特帮助追查真正地国王刺客。

在越狱前，罗契调出了杰洛特的档案，在他的帮助下，杰洛特恢复了部分记忆：原来在1268年9月25日，利维亚爆发了一场人类屠杀非人类的暴乱，杰洛特挺身而出，谁料竟被一位名叫罗布的农夫用草叉刺中了心脏，深爱着杰洛特的叶奈法，为了尝试拯救杰洛特而献出了自己的生命，随后他们的尸体被一位灰白发色的神秘年轻女人带走。（本段所述剧情为原著小说最后一部《The Lady of the Lake》的结局）

罗契出去牢房时，故意将镣铐钥匙留给杰洛特，杰洛特自然也轻轻松松搞定狱卒，逃出了监狱。

罗契告诉杰洛特，有人之前在亚甸国见到过那名光头刺客，于是杰洛特、特莉丝、罗契一行人前往浮港，准备从这儿前往亚甸国，谁料在途中他们碰到了松鼠党头领——伊欧菲斯，和他在一起的就是那位刺杀国王的光头狩魔猎人，双方当即大打出手，好在依靠特莉丝的魔法，三人在松鼠党的围攻下顺利逃走。

来到浮港，杰洛特正好遇见自己的老朋友丹得里恩和卓尔坦要被绞死。通过和浮港的指挥官罗列多交涉，杰洛特暂时救下了他们两个，但是要想完全免除他们死刑，罗列多要求杰洛特必须晚上9点去他的府邸商谈。杰洛特和两位损友来到旅馆正在闲聊，突然有章鱼巨兽攻击码头，杰洛特和特莉丝赶去，恰巧看到女术士席儿击退了怪兽，于是杰洛特和席儿商定，俩人合作击杀怪兽，俩人平分赏金。

到了晚上，杰洛特和罗契一起来到罗列多府邸，在罗契地帮助下，杰洛特偷偷潜入了府邸后院调查一番，在这里杰洛特发现席儿和罗列多正在秘密商议什么事情，以及发现罗列多还用各种手段搜刮了不少商人的财物，总之这位指挥官并不是什么好人。随后杰洛特和罗列多会面，罗列多希望杰洛特能抓住伊欧菲斯，这样他就免除丹德里恩和卓尔坦的死刑，而且还会付给他一大笔酬金，杰洛特只能选择接受/或者彻底得罪罗列多。

经过一番安排，杰洛特和席儿来到章鱼巨兽出没的地方，席儿引出了章鱼巨兽，杰洛特则经历了一场生死搏杀，并最终杀死了章鱼巨兽。就在杰洛特刚领完赏金的时候，正好碰到正四处寻找他的特莉丝。特莉丝告诉他，伊欧菲斯的副官席朗被抓，被囚禁在囚犯驳船上，于是两人匆匆赶过去。仔细询问过席朗后，俩人得知那名刺杀国王的光头狩魔猎人名叫雷索，而雷索在利用完松鼠党后，竟然又背叛了他们，企图干掉伊欧菲斯。权衡利弊，杰洛特准备去找伊欧菲斯，与他联手对付雷索。

席朗在临死前喃喃念叨，将要回归苹果树的花丛下，不料又令杰洛特恢复了部分记忆：那位灰白发色的年轻女人名叫希里，她救活了杰洛特和叶奈法，并把他们两人带到了苹果树岛——阿瓦拉克岛，随后希里就离开了，去了另一个世界。在这座岛上杰洛特和叶奈法度过了一段短暂而温馨地生活，然而没过多久狂猎来了，狂猎是一队精灵骑兵，来自于一个时间流逝很慢的世界，他们是死亡和厄运的预兆，他们的出现往往也预示着战争，他们绑架人类，并强迫人类加入他们的行列，从来没有人能够逃脱他们的追杀。狂猎抓走了叶奈法，而杰洛特则拼死想要找到他们救回叶奈法。

由于席朗还提到了记忆玫瑰，特莉丝突然想到可以利用记忆玫瑰帮助杰洛特恢复记忆，所以他俩又赶往生长着记忆玫瑰的地方。俩人到达该处后，恰巧有几个人要拆除这儿的情侣雕像，双方一言不合拔刀相向，在干掉一个想要偷袭特莉丝的家伙后，俩人失足掉入一个地洞。不想地洞竟是一间古老而神秘地澡堂，二人随即共沐了一场旖旎而香艳的鸳鸯浴。拿到记忆玫瑰后，特莉丝告诉杰洛特想要恢复他的记忆，必须花费几天时间来布置魔法阵，于是杰洛特决定先去找卓尔坦，询问伊欧菲斯的落脚处。

卓尔坦领着杰洛特和伊欧菲斯会面，伊欧菲斯不相信雷索要杀他，于是他们决定到雷索藏身处对质。伊欧菲斯伪装成被杰洛特擒获，以此来试探雷索，果然雷索很痛快就承认了自己利用松鼠党，且准备杀死伊欧菲斯。就在这时罗契领着士兵也杀来，杰洛特面临着两难抉择，帮助伊欧菲斯/还是将伊欧菲斯交给罗契。跟着杰洛特和雷索就厮杀在一起，最终杰洛特战败，但雷索并没有杀杰洛特，而是告诉杰洛特，他们曾经并肩作战过，而且杰洛特还救过他的命，所以他这次不杀杰洛特，他准备去抓特莉丝，来胁迫特莉丝将他传送到亚甸。在雷索离开后，杰洛特也匆匆赶往浮港，想要保护特莉丝。

此处杰洛特的选择不同，事情的后续发展也将完全不一样，本文为伊欧菲斯路线（帮助伊欧菲斯。）

伊欧菲斯路线

回到浮港后，由于之前杰洛特帮助了伊欧菲斯，所以引发了整个浮港动乱，人类对非人类肆意殴打、屠杀。杰洛特在旅馆见到丹德里恩才得知，这次冲突是罗列多让士兵冒充平民挑动起来的。丹德里恩还告诉杰洛特，特莉丝去找席儿了，俩人一同来到席儿的房间，却发现房间发生过打斗，特莉丝也不见了。通过一番调查，杰洛特得知席儿在和科德温国合作，还和女术士菲丽芭联系过。之后，杰洛特又找到了曾保护特莉丝的赛锥克，并从身负重伤的赛锥克口中得知，雷索果然绑架了特莉丝，并胁迫特莉丝一起传送到了上亚甸的矮人城镇弗坚附近，赛锥克想要保护特莉丝，却被雷索打成重伤。

临死前赛锥克告诉杰洛特，在亚甸有一处地方被黑魔法污染，有很多战死的人仍在战斗，如果解救他们的灵魂，会对杰洛特恢复记忆有很大好处。

赛锥克死后，丹德里恩和卓尔坦找到了杰洛特，丹德里恩告诉杰洛特，罗列多企图投靠科德温国的赛亨特国王，所以罗契准备对罗列多有所行动，而卓尔坦则告诉杰洛特，松鼠党准备去囚犯驳船解救囚犯，杰洛特衡量再三决定帮助松鼠党。

杰洛特和伊欧菲斯占领了囚犯驳船，正当他们启航驶往庞塔尔山谷的亚甸国城镇弗坚时，罗列多出现了，他抓了些精灵女人囚禁于房子里，并放火点燃了房子，杰洛特义无反顾地去救下了这些精灵女人，却让罗列多逃掉了。

庞塔尔山谷是北方四国泰莫利亚、瑞达尼亚、亚甸、科德温的交界处，因其特殊的地理位置，而成为战略要地。由于四个国家都想占据此处，因此庞塔尔山谷常年处于征战之中，加上松鼠党掺杂其中，使该地更是混乱不堪。

由于亚甸国的国王德马维被暗杀，他的邻国科德温的国王亨赛特趁此机会，开始攻打亚甸国在庞塔尔山谷的控制区上亚甸，打算一举占领庞塔尔山谷。亚甸国的农民反抗军首领屠龙女萨琪亚和国王德马维之子史登尼斯王子出于各自目的，被迫放下仇恨，开始联手对抗入侵者亨赛特。

亨赛特带着他的宫廷术士戴斯摩以及席儿，与萨琪亚和史登尼斯共同召开了军事谈判，但最终谈判失败，双方大打出手。在拼斗最激烈的时刻，亨赛特杀死的一名牧师的血渗入了一块奇特的雕塑，瞬时间整片区域被迷雾包围，很多战灵涌出，亨赛特、戴斯摩和席儿见状，迅速传送走了。这时杰洛特一行人恰巧赶到此处，他们施以援手救起了萨琪亚和史登尼斯，但是四处弥漫的战争迷雾却令他们无法离开，这时飞来一只猫头鹰，引领着他们逃离该处，随后猫头鹰幻化回了真身，原来是女术士菲丽芭，她一直在保护着萨琪亚。

众人来到上亚甸的弗坚城后，召开了战争会议，议定联手对抗亨赛特，但不知是谁给萨琪亚的酒杯中下了一种叫法师之痛的毒药，菲丽芭勉强保住了她的性命，但要想完全治愈还需要山鼠曲草、龙之梦、记忆玫瑰和王室血液。由于寻找特莉丝需要菲丽芭的帮助，于是杰洛特决定帮菲丽芭寻找解药。

在寻找解药的过程中，杰洛特从一只巨魔口中得知，特莉丝和雷索确实曾经传送到了附近，而且不知何故，雷索留下了特莉丝，独自一人离开了，但随后特莉丝也失踪了，只留下了一条头巾。后来杰洛特又在人面妖鸟的巢穴，通过观看雷索的梦，发现居然是席儿命令雷索杀害的亚甸国王德马维。

正在杰洛特和菲丽芭商议之时，愤怒的平民包围了史登尼斯王子，他们认为是他下毒给萨琪亚。杰洛特经过一番调查，基本确定史登尼斯确实有参与，这里可以选择处死王子/还是关押王子。如果这里没有处死史登尼斯王子，他最终会称帝。

尼弗迦德国占据着整个南方大陆，也是世界上最大的国家，它一直对北方这些国家馋涎欲滴，而菲丽芭通过千里镜侦测到特莉丝的位置，恰巧就在战争迷雾另一边的尼弗迦德营地。杰洛特执意要去寻找特莉丝，于是她护送杰洛特穿越了战争迷雾。

穿过战争迷雾后，杰洛特在一具死尸身上发现一个奇怪的雕像，他带着该雕像潜入尼弗迦德营地，随后被尼弗迦德大使希拉德捉住。希拉德搜出雕像，并破除了雕像上的伪装，杰洛特惊愕地发现该雕像居然是被施了法的特莉丝。希拉德决定带特莉丝雕像前往洛穆涅，并下令杀死杰洛特。关键时刻，罗契和女卫士薇丝赶到，救下了杰洛特，而杰洛特从遗留的信件上得知，菲丽芭的侍女辛西娅是尼弗迦德国的间谍。

杰洛特和菲丽芭匆匆赶回弗坚，却发现辛西娅已经逃离，好在由于逃跑的过于匆忙，把特莉丝的记忆玫瑰遗留了下来。终于凑齐了所有药物，菲丽芭施法救活了萨琪亚。

随后菲丽芭又协助杰洛特解除了战争迷雾，在此过程中，杰洛特得知在三年前科德温和亚甸的战争中，科德温的女术士萨宾娜因战事不利，居然释放禁咒，将参战双方的将士全部烧死，随后她也被愤怒的科德温国王亨赛特处死，临死前萨宾娜对亨赛特实施了血咒，所以此处才遗留下战争迷雾。

战争迷雾消失后，强大的魔力令杰洛特又恢复了一部分记忆：杰洛特为了救出叶奈法，一路追寻着狂猎的足迹，中途他从滑翔蜥蜴的尾巴下救出了古雷塔的雷索，雷索和他的两位同伴是来自于蝮蛇派的狩魔猎人，于是几人联手一起追踪狂猎。

因为阻隔亚甸和科德温的战争迷雾消散，短暂的休战结束，科德温部队开始大举进攻弗坚，杰洛特协助弗坚抵抗住了他们的进攻。这时反抗军首领萨琪亚突然想起有一条暗道连接着弗坚城，必须保证不能被科德温部队发现，于是二人迅速来到暗道，结果正碰到领着部队杀来的戴斯摩。双方随即战到了一起，躲在远处的戴斯摩突然暗施杀手，用法术击倒了杰洛特，危急时刻，萨琪亚居然变成了一条巨龙，戴斯摩见状慌忙传送走了，此时杰洛特才知道萨琪亚真身是条巨龙，与屠龙女的称号恰巧相反，她应该被称为龙女萨琪亚才对。

暗道安全后，俩人又返回弗坚城，不料戴斯摩却用法术开启了弗坚城的大门，亨赛特国王领着部队杀进了弗坚，就在这时伊欧菲斯率领精灵参战，精准的箭雨给亨赛特的部队带来重创，随后杰洛特掩护卓尔坦又将弗坚大门关闭，把亨赛特困在了弗坚城内。

亨赛特被迫投降，菲丽芭和龙女萨琪亚，要求亨赛特承认庞塔尔山谷独立，处决戴斯摩，并任命席儿为科德温的皇室顾问，满足这些要求才会释放他，亨赛特被迫执行。杰洛特却发现不太对劲，毕竟席儿曾下令刺杀过国王，而且萨琪亚的眼神也很涣散，如同嗑了麻药一般。杰洛特感觉菲丽芭和席儿似乎有什么阴谋，就在他追上去的时候，菲丽芭带着萨琪亚传送走了。

在仔细调查了菲丽芭的房间，杰洛特发现治疗法师之痛的解药并不需要记忆玫瑰，而菲丽芭额外使用记忆玫瑰是为了控制萨琪亚。

洛穆涅即将举办北方所有国王以及女术士协会的最高峰会，由于之前尼弗迦德大使希拉德带着特莉丝雕像前往，而且现在菲丽芭和萨琪亚肯定也会去，所以杰洛特和伊欧菲斯决定走一趟。

杰洛特和伊欧菲斯来到了洛穆涅，并从守卫口中得知，菲丽芭被瑞达尼亚国国王拉多维德抓入大牢。杰洛特想尽办法来到牢房，看到了瑞达尼亚国王拉多维德和尼弗迦德大使希拉德联手审讯菲丽芭。这里杰洛特将面临两难抉择：是去解救特莉丝/还是放了菲丽芭。如果去救特莉丝，希拉德会被杀死；如果放了菲丽芭，可以解除控制萨琪亚的法术。

不管怎样，杰洛特最终得知了事情的真相，在导致大量术士丧命的仙尼德岛大屠杀后，术士威信大幅降低，包括特莉丝在内的九名女术士组建了“女术士集会所”，不过由于特莉丝和杰洛特的亲密关系，特莉丝渐渐被集会所摒弃，以菲丽芭和席儿主导的集会所，企图在庞塔尔山谷建立一个由女术士控制的国家。

席儿决定以亚甸国为突破口，所以联系了雷索刺杀了德马维国王，而菲丽芭则协助龙女萨琪亚，领导平民反抗军在庞塔尔山谷闹独立，试图建立新的国家，并利用记忆玫瑰使萨琪亚变为傀儡，来达到她们控制新建国家的目的。

特莉丝则是在使用席儿千里镜时候，发现席儿和雷索有联系，随后她被雷索绑架并传送，由于是强行传送，特莉丝在施法时身负重伤，随后她逃往菲丽芭住处时，被尼弗迦德间谍辛西娅使用化器封形（神器压缩）法术变为了雕像，后来就是杰洛特无意中把特莉丝雕像带给了希拉德。希拉德让女术士艾希蕾解除了化器封形（神器压缩），并将特莉丝关押起来。

在术士高峰会，席儿刺杀国王的阴谋被最终戳穿，就在准备逮捕她之时，被控制的龙女萨琪亚变回巨龙救下了她，由于其他人被巨龙吐出的火焰隔开，杰洛特独自一人持剑冲了上去。席儿正准备传送，并告诉杰洛特，女术士集会所只下令刺杀亚甸国国王德马维，并没有下令刺杀泰莫利亚国国王弗尔泰斯特，之所以会这样，是因为雷索真正听命的是南方大国尼弗迦德国，尼弗迦德国国王恩希尔企图利用刺杀北方诸国国王，来造成北方各国内乱，他好趁机入侵北方，统一整个大陆。

说完这些，席儿准备传送，却突然发现传送所需的钻石被人换了，这里杰洛特又面临着抉择：救下席儿/或者看她被法术活活撕碎。如果你救下了席儿，她会告诉你去尼弗迦德国，在那儿可以找到叶奈法。

随后巨龙萨琪亚开始攻击杰洛特，杰洛特瞅准机会一剑刺入巨龙背部，巨龙吃痛带着杰洛特朝远处飞去，一番生死搏杀，摔落到地面的巨龙被一棵大树刺穿了胸膛。如果之前杰洛特救的菲丽芭，这时就会为巨龙解除控制，如果之前杰洛特去救特莉丝，杰洛特又将面临抉择：杀死巨龙/还是默默离开。

返回洛穆涅，杰洛特得知雷索在等他。杰洛特前去与雷索会面，见到雷索后，杰洛特发现席儿传送的钻石是被雷索调换的。在与雷索的对话中，杰洛特恢复了最后一部分记忆：

1270年冬至，狂猎停了下来，在吊刑吏之树这儿，从掳走的人群中挑选加入狂猎的人选，叶奈法也被选中。而杰洛特和雷索这时终于追上，并与狂猎大打出手，奈何狂猎的妖灵骑士太多，杰洛特无法取胜，无奈之下杰洛特只好与狂猎商定，用自己的灵魂换回叶奈法。

雷索告诉了杰洛特所有事情的真相：由于尼弗迦德国的狩魔猎人都是被放逐的，所以狩魔猎人们连城镇都不准许进入，然而国王恩希尔则告诉雷索，如果他肯听命与自己，就会在全国重建蝮蛇派狩魔猎人学院，于是雷索接受了他的命令，尽可能多杀死北方各国的国王，然后把责任推给女术士，以此来挑起北方各国动乱。

在杰洛特问到叶奈法的近况时，雷索告诉他，叶奈法被杰洛特交换回来后，也失忆了，并且性情大变，到处闯祸，雷索无奈只好领着她在各省之间游荡，直到被尼弗迦德的秘密警察头子瓦提尔抓住，雷索最终和恩希尔国王达成协议，帮他做事，而叶奈法则被尼弗迦德国严密看管了起来。

最后，杰洛特还要做出抉择，放过雷索/还是与他决一死战，只是不管怎么样，这个世界的结局已经注定。经历了这么多，整个世界也不可避免的发生了一系列大变动，但最引人注目的还是瑞达尼亚和科德温瓜分了泰莫利亚，庞塔尔山谷的上亚甸独立，以及南方大国尼弗迦德全面入侵北方诸国，整个世界被战火笼罩。

【巫师2结束】