无数种合金装备的变体在全球各个角落涌现
在影子摩西岛事件之后，合金装备的绝密技术经由左轮山猫的暗中操作流入了黑市。结果，无数种合金装备的变体在全球各个角落涌现，使得这种武器在拥核国家的武装部队中变得越来越常见。 在这一切之中，如今身为反合金装备组织“慈善组织”（Philanthropy）成员的固蛇（Solid Snake）获悉，美国海军陆战队开发了一种新型合金装备原型机，并且正在秘密运输。为了查明更多关于该原型机的情报，并在同样身为“慈善组织”成员的奥塔肯（Otacon）通过Codec提供的支援下，斯内克必须伪装成油轮，潜入正沿着纽约哈德逊河顺流而下的运输船。然而，就在斯内克即将开始他的任务时，油轮被一个神秘的武装组织劫持了。
