这个清单整体很强，方向对。结论先说：80%你已经有了雏形，但还没“制度化执行”。
我按“已在做/建议补上”给你快速过一遍：
1) SOUL.md:
已有，且很完整。
2) USER.md:
已有，够用。
3） HEARTBEAT.md 批处理：
有文件，但目前基本空，等于没启用任务。
4） TOOLS.md 本地事实库：
已有，但内容偏少，可继续补机器/服务细节。
5 LEARNINGS.md（错题本）：
X现在没有独立learnings 机制，建议加。
6） MEMORY.md 长期记忆：
有，但内容很少，且没做“100行内+子文件拆分”。
7） daily memory 日志：
机制有，但执行不稳定。
8） Text beats brain（写入优先）：•原则已写进 AGENTS。
9） 安全改配置前先查文档+备份：
• 原则有，执行还不够硬。
10）立即修错（别光汇报）：在做，但需要加“修完验证”标准。
11 Git 历史保护：
原则已有。
12） 统一secrets（.secrets）：
X 目前是分散在config/env，建议统一。
13） 反AI腔（vibecoding）：
你的 SOUL已覆盖。
14） 队列纪律（不静默丟消息）：
• 需要显式落规则。
15） DoD 必须验证证据：/建议强制（命令输出/hash/url）。
16） 3+步骤先计划：
现在偶尔做，建议强制。
17） 工具清单（Gemini/Brave/Netlify等）：可写进 TOOLS.md，但按需，不必一次全加。
18） Mission Control 看板：值得做，但优先级中等。
19） 内容发布必须人工审批：
目前基本是人工确认，但没做成流程开关。
20）多 Agent 权限层级+浏览器规则：
•浏览器规则你已经在用，权限层级可再明