在荷鲁斯之乱前后的机械教的军团，尤其是机神禁卫军常以在战场上使用各种机兵和赛博奴兵作为主要战力。但是机神禁卫军本质上仍然是动员军（尽管他们十分强大），相比起机械教护教军，很少有禁卫军部队能完全达到经典的护教军军团的强大与复杂性。作为机械教除泰坦外的另外的主要军力，机械教那些制造护教军的密会对待护教军改造十分认真，这使得护教军的改造过程成为了复杂的系统性工程，而非如奴兵那样，简单地把义体装到刚被剥离的身体上然后赶出门外。这些护教军的改造过程虽然复杂，但是主要过程是一种被称为“肉体剥离”的严酷考验，即通过外科手术切除凡人的肉体上不需要的部分。然后换上一整套神圣的被称为“护教军械体”（corpus-skitarii）的义体-装甲套件系统。

这套装甲几乎取代了被改造者的整个人体，用钢铁的力量和确定性取代了无用且易犯错的肉体。而在这种物理强化外，“护教军械体”最神奇的地方，在于这一改造过程会将其历代所有前任受改造者的集体战斗经验和能力注入受试者的心智，从而同步实现精神上的改造。而注入的经验和知识，都是被提炼的原始数据洪流。这种直接冲入受试者大脑放数据洪流，足以粉碎较弱的心智。而在原有的心智被粉碎后，他们已经被洗脑的心智将会得到重塑。其结果往往是在由千百个前世碎片的基础上，重新构成一个新的人格，一个全新的，护教军的人格。这就导致，新改造的护教军却会呈现出许多前人特质，以至于很多迷信的敌人会说护教军永远无法真正被消灭。

而这一精神改造带来的瞬时战斗经验的注入，结合护教军械体本身义体增强带来的超人力量，便能实现瞬间将无害的劳工转变为坚强老兵，从而使得护教军的成军和重建速度（在有前人数据的前提下），远远超过任何其他精英部队（如星际战士）。而只有如此强大是护教军中才会被铸造总监接受，并在纷争年代和后续的大远征当中，使得机械教寻找失落黑暗时代科技的旅程得以在银河系各地展开。

而随着荷鲁斯之乱的爆发，当火星分裂将机械教一分为二，护教军也发生了分裂。随着忠诚派机械教任命凯恩作为后来机械修会的铸造总监后，忠诚派的护教军都理所应当的加入了凯恩的旗帜。相应，也有相当多的护教军也加入了凯尔博-哈尔的黑暗机械教团。不过虽然为不同的主人而战，但是护教军们依然履行着其最高的宗教职责，即搜寻银河系中的隐藏技术宝藏，而在荷鲁斯之乱中，他们也有充足机会发挥他们的战斗技能。

一旦被派遣执行任务，护教军就专注于追击，服从命令，即使这意味着毁灭自己，尤其是对于朝圣者部队更是如此。若是真的需要集结战斗，护教军朝圣者那超长的机械腿部就非常适合各种侦查和探测任务。他们结合了出色的射击技术和奇异的爆燃伏特射铳（voltlock arquebuses）——一种经过特化的，在射程和威力上更强的爆燃武器——在敌方反应过来前就迅速击杀关键目标。

同时，护教军朝圣者他们那非自然的机械腿，加上冷静的逻辑思维和对自身安危的完全漠视，使护教军尤其是朝圣者部队常难以合作。但每当盟友在其侧翼突然出现敌人，被有序的火力齐射撕裂后，他们往往会对机械教这些护教军战斗朝圣者的技能产生新的尊重。只是，这个合作的过程往往需要和他们寻找遗物或者其他任务符合，否则他们很可能会觉得你不值得他们关注……