搭载核武器的步行战车“合金装备”在全世界普及的时代。 为对抗合金装备而成立的非政府组织“Philanthropy”的成员索利德·斯内克在追踪一种神秘的新型合金装备时,落入了原FOXHOUND队员山猫的陷阱,随油轮一起消失在哈德逊湾。 两年后……。在海湾内建造的原油处理设施“Big Shell”被恐怖分子占领,恐怖行动的主谋自称是理应已死的索利德·斯内克。为解救被挟持为人质的美国总统,政府派遣了新生FOXHOUND部队的新人——“雷电”前往“Big Shell”。 MEME(模因,文化基因)是本作潜藏的核心主题。 故事由两部分构成:追踪新型合金装备、索利德·斯内克单枪匹马潜入伪装油轮的“油轮篇”,以及新生FOXHOUND部队的雷电潜入被恐怖分子占领的海上工厂“Big Shell”的“工厂篇”。
