趁有些知识还记得，先留个档，以后可能会有用，有时间再记录

（1）一般的模拟步骤有这几个步骤：无定形晶胞——结构优化——模拟退火——然后进行动力学分析计算。据说可以考虑精度按从粗到细的顺序来兼具速度与精度，但是我没试过。在建立无定形晶胞时，可以建模后用Forcite单独优化和平衡构型，也可用Amorphous Cell模块一步到位。但是听说一步到位计算时优化默认只用单核，可能会很慢。

（2）分子动力学涉及到外部环境的选择，也就是系综的选择，常用的有NPT、NVT、NVE 等，固定变量与名称所表示物理量相同，如P为压强，T为温度，大多数实验在NPT下进行，有时在NVT下进行。在真实模拟中，可能需要运行至少50000次运行步数（50 ps）才能正确平衡晶胞。

（3）如果你的密度模拟出来的和实际相差有些差距，有可能是由于实际材料进行了加工处理/改性制备（比如PMMA树脂），可以考虑用RDF/PCF补充说明

（4）一般情况下，当温度和能量在某一值上下波动，并且波动的范围小于10％之时，即可认为体系已达到平衡。

（5）不要直接对退火等处理产生的xtd轨迹文件进行分析。一般来说可以新建一个xsd文件，选出xtd你需要的那一帧，将它复制到xsd里，然后对它进行分析，可以减少许多不必要的麻烦。

（6）网上流传最广的那个中科大的教学文件有些模块似乎在后面的ms模块里被删除了，学习的时候可能会有些问题，注意甄别。