之前我们在2022年发布了一篇名为《小白也能安装Pymol​》的专栏，现在由于文章中提到的网址https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/不可用了，且当时是pymol2.6版本，现在pymol已经更新到了3.1版本，因此上述文章已经不适用了。如今有以下几种方案可供选择：

方案一：

1.    首先安装python：https://www.python.org/

2.   接着安装Microsoft Visual C++ Redistributable packages for Visual Studio 2022（https://learn.microsoft.com/en-us/cpp/windows/latest-supported-vc-redist?view=msvc-170#visual-studio-2015-2017-2019-and-2022）后重启电脑。

3.    根据安装python的版本去https://github.com/cgohlke/pymol-open-source-wheels/releases下载对应的whl文件（如果不知道安装的python版本，可以键盘按住win+R键调出运行输入cmd打开命令提示符，输入

python –verison

即可查阅，如我为3.12版本，我就可以下载pymol-3.1.0-cp312-cp312-win_amd64.whl文件即可）。接着根据https://github.com/cgohlke/pymol-open-source-wheels页面指南进行安装，或继续参考本文。

4.    将下载好的whl文件放入指定目录（如果不会cd命令可以直接放入如下路径即可）

5.    在上述cmd中输入：

py.exe -3.12 -m pip install pymol-3.1.0-cp312-cp312-win_amd64.whl

即可（标蓝部分需要与python版本一致，标红部分需要同下载的whl文件名一致）。

6.    此时在cmd中输入pymol即可直接使用了，但是此时是没有GUI的，可以看到上面的工具栏和下面的可视化窗口时分开的，因此我们需要安装GUI界面，在cmd中输入

pip install pyqt5

等待安装好pyqt5的库，接着输入

py.exe -3.12 -m pymol

即可。

7.    再次在cmd中输入pymol即可调用完整版的pymol开源版本。

8.    此种方法安装的pymol.exe启动文件在python安装路径的Scripts文件夹中，可以右键固定到开始，方便后续直接启动。

方案二：依旧使用Anaconda3，如《小白也能安装Pymol》安装好Anaconda3后，在打开的Anaconda Prompt中输入：

conda install conda-forge::pymol-open-source

等待然后根据提示从键盘输入

y

即可安装，然后在Anaconda Prompt中输入pymol即可调用完整版的pymol开源版本。此种方法安装的pymol.bat启动文件在Anaconda3的安装路径下的Scripts文件夹，可以右键固定到开始，方便后续直接启动。