核武器搭载步行战车"Metal Gear"在全球普及的时代。 组建反Metal Gear非政府织"Philanthropy"的索利德·斯内克在追查神秘新型Metal Gear时， 落入原FOXHOUND成员左轮山猫的圈套，连同油轮一起消失在哈德逊湾。 两年后—— 建在湾内的大型原油处理设施"Big Shell"被恐怖分子占领， 恐怖分子头目竟自称是理应死去的索利德·斯内克。 为解救被挟持的美国总统，政府派出新生FOXHOUND部队的新人"雷电"潜入Big Shell。